More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mmcs_4512 on replicon NC_008146
Organism: Mycobacterium sp. MCS



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  99.73 
 
 		 370 aa  744    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 		 370 aa  747    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  88.59 
 
 		 455 aa  649    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 370 aa  747    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  88.32 
 
 		 377 aa  634  1e-180  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  83.51 
 
 		 389 aa  612  9.999999999999999e-175  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  77.3 
 
 		 394 aa  583  1.0000000000000001e-165  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.39 
 
 		 396 aa  535  1e-151  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.85 
 
 		 393 aa  507  9.999999999999999e-143  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  69.48 
 
 		 379 aa  505  9.999999999999999e-143  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.96 
 
 		 379 aa  449  1e-125  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.51 
 
 		 398 aa  441  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.08 
 
 		 419 aa  431  1e-119  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.26 
 
 		 394 aa  428  1e-119  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.54 
 
 		 436 aa  414  9.999999999999999e-116  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  59.68 
 
 		 391 aa  417  9.999999999999999e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.17 
 
 		 406 aa  412  1e-114  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.97 
 
 		 415 aa  411  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.83 
 
 		 380 aa  409  1e-113  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.96 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.95 
 
 		 388 aa  407  1.0000000000000001e-112  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.9 
 
 		 368 aa  404  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  58.81 
 
 		 373 aa  404  1e-111  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.61 
 
 		 397 aa  401  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.14 
 
 		 400 aa  398  9.999999999999999e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.11 
 
 		 442 aa  381  1e-104  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  52.54 
 
 		 414 aa  377  1e-103  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  57.18 
 
 		 386 aa  375  1e-103  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.56 
 
 		 392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  54.99 
 
 		 392 aa  357  1.9999999999999998e-97  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.56 
 
 		 384 aa  348  1e-94  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.95 
 
 		 328 aa  238  1e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.83 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.83 
 
 		 326 aa  223  3e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 		 322 aa  223  4.9999999999999996e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 325 aa  223  6e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.36 
 
 		 324 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.21 
 
 		 324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.63 
 
 		 347 aa  220  3e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 319 aa  220  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 		 321 aa  215  8e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.31 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.9 
 
 		 321 aa  212  7e-54  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.14 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 332 aa  212  9e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  39.61 
 
 		 347 aa  212  9e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.69 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.38 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.84 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.38 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.77 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.84 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.53 
 
 		 320 aa  211  2e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.41 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.49 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 		 324 aa  210  3e-53  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.18 
 
 		 327 aa  207  2e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.22 
 
 		 353 aa  206  4e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.56 
 
 		 322 aa  204  2e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.12 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.78 
 
 		 318 aa  199  7.999999999999999e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.41 
 
 		 353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.8 
 
 		 325 aa  197  3e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 370 aa  197  3e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.34 
 
 		 329 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.34 
 
 		 346 aa  193  4e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.2 
 
 		 334 aa  193  5e-48  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.02 
 
 		 332 aa  192  7e-48  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  38.94 
 
 		 322 aa  192  7e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.05 
 
 		 335 aa  190  2.9999999999999997e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 		 337 aa  189  5.999999999999999e-47  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.6 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.63 
 
 		 337 aa  187  2e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.42 
 
 		 327 aa  187  2e-46  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 		 337 aa  187  3e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.73 
 
 		 354 aa  186  4e-46  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.32 
 
 		 337 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.02 
 
 		 350 aa  186  6e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.24 
 
 		 320 aa  185  1.0000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.22 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35 
 
 		 334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.14 
 
 		 330 aa  185  1.0000000000000001e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 		 349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.62 
 
 		 334 aa  184  2.0000000000000003e-45  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 355 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.11 
 
 		 355 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.89 
 
 		 335 aa  183  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.94 
 
 		 351 aa  183  5.0000000000000004e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>