More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gbro_3919 on replicon NC_013441
Organism: Gordonia bronchialis DSM 43247



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
394 aa  800    Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  78.48 
 
 
455 aa  597  1e-169  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  75.32 
 
 
396 aa  580  1e-164  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  77.45 
 
 
377 aa  579  1e-164  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  75.93 
 
 
389 aa  572  1.0000000000000001e-162  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  77.3 
 
 
370 aa  554  1e-157  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  77.3 
 
 
370 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  77.3 
 
 
370 aa  555  1e-157  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.34 
 
 
393 aa  502  1e-141  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  65.88 
 
 
379 aa  493  9.999999999999999e-139  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.32 
 
 
398 aa  451  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.55 
 
 
419 aa  432  1e-120  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.33 
 
 
379 aa  428  1e-119  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.04 
 
 
388 aa  426  1e-118  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.32 
 
 
394 aa  421  1e-117  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  58.4 
 
 
391 aa  418  1e-116  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.92 
 
 
400 aa  410  1e-113  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  56.25 
 
 
436 aa  410  1e-113  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  56.84 
 
 
373 aa  410  1e-113  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.51 
 
 
400 aa  402  1e-111  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  54.79 
 
 
406 aa  399  9.999999999999999e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.83 
 
 
380 aa  399  9.999999999999999e-111  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.28 
 
 
397 aa  399  9.999999999999999e-111  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  55.56 
 
 
415 aa  393  1e-108  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  57.98 
 
 
368 aa  389  1e-107  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  56.4 
 
 
386 aa  382  1e-105  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.4 
 
 
392 aa  376  1e-103  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  55.96 
 
 
442 aa  372  1e-102  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  53.05 
 
 
392 aa  372  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  48.62 
 
 
414 aa  347  2e-94  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.27 
 
 
384 aa  345  7e-94  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.97 
 
 
328 aa  248  2e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.33 
 
 
347 aa  244  1.9999999999999999e-63  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.49 
 
 
326 aa  239  8e-62  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.49 
 
 
326 aa  239  8e-62  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.31 
 
 
322 aa  235  1.0000000000000001e-60  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.4 
 
 
342 aa  233  4.0000000000000004e-60  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.3 
 
 
319 aa  229  7e-59  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 
324 aa  224  1e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.06 
 
 
320 aa  224  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.32 
 
 
324 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.08 
 
 
333 aa  224  2e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 
347 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.08 
 
 
322 aa  222  9e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.95 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.95 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.78 
 
 
333 aa  220  3e-56  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.35 
 
 
332 aa  219  7e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.35 
 
 
332 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.35 
 
 
332 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.39 
 
 
325 aa  218  1e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.65 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
332 aa  217  2e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.38 
 
 
325 aa  218  2e-55  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.1 
 
 
353 aa  217  2.9999999999999998e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.05 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.19 
 
 
327 aa  215  9.999999999999999e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.92 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 
321 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.26 
 
 
329 aa  209  6e-53  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.24 
 
 
325 aa  207  2e-52  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.14 
 
 
350 aa  207  2e-52  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.84 
 
 
334 aa  207  2e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 
332 aa  207  2e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 
324 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 
324 aa  207  3e-52  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.16 
 
 
332 aa  206  7e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.93 
 
 
321 aa  205  9e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.03 
 
 
332 aa  203  4e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.1 
 
 
320 aa  203  6e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 
332 aa  202  6e-51  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.59 
 
 
351 aa  202  9.999999999999999e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.92 
 
 
346 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  38.36 
 
 
353 aa  201  1.9999999999999998e-50  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.3 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.76 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.88 
 
 
337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.65 
 
 
331 aa  200  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 
354 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.76 
 
 
326 aa  199  5e-50  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
337 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.08 
 
 
351 aa  199  6e-50  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.13 
 
 
333 aa  199  7e-50  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.63 
 
 
334 aa  199  7.999999999999999e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.05 
 
 
318 aa  199  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.36 
 
 
335 aa  199  1.0000000000000001e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.26 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.84 
 
 
381 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.67 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 
355 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.13 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.27 
 
 
355 aa  197  3e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.68 
 
 
337 aa  197  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.89 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.63 
 
 
358 aa  197  4.0000000000000005e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.68 
 
 
337 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 
337 aa  196  5.000000000000001e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.91 
 
 
335 aa  195  9e-49  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>