More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Oter_0935 on replicon NC_010571
Organism: Opitutus terrae PB90-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
370 aa  754    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.61 
 
 
351 aa  312  5.999999999999999e-84  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  45.38 
 
 
362 aa  308  6.999999999999999e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 
332 aa  250  2e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.04 
 
 
343 aa  246  4e-64  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  43.43 
 
 
347 aa  246  4.9999999999999997e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.6 
 
 
356 aa  244  1.9999999999999999e-63  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.53 
 
 
381 aa  242  6e-63  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.89 
 
 
354 aa  241  1e-62  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.55 
 
 
327 aa  240  2.9999999999999997e-62  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.76 
 
 
321 aa  239  4e-62  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
355 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
355 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.4 
 
 
355 aa  238  8e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.51 
 
 
355 aa  238  9e-62  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.4 
 
 
355 aa  238  1e-61  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.7 
 
 
355 aa  238  1e-61  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 
328 aa  237  3e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 
355 aa  235  7e-61  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.1 
 
 
355 aa  235  8e-61  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.1 
 
 
356 aa  235  1.0000000000000001e-60  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
333 aa  235  1.0000000000000001e-60  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.18 
 
 
358 aa  233  4.0000000000000004e-60  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  41.16 
 
 
350 aa  233  5e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 
357 aa  232  8.000000000000001e-60  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.62 
 
 
355 aa  231  1e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
351 aa  231  2e-59  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35.74 
 
 
317 aa  230  3e-59  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.3 
 
 
352 aa  230  4e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  39 
 
 
354 aa  229  6e-59  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.81 
 
 
332 aa  228  9e-59  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
322 aa  227  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
333 aa  227  2e-58  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
331 aa  227  3e-58  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.05 
 
 
317 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
337 aa  226  5.0000000000000005e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.32 
 
 
354 aa  226  6e-58  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  226  7e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.89 
 
 
346 aa  225  8e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.5 
 
 
332 aa  225  9e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
332 aa  225  1e-57  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
332 aa  225  1e-57  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.5 
 
 
332 aa  225  1e-57  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
320 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.24 
 
 
332 aa  224  1e-57  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.19 
 
 
332 aa  225  1e-57  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.23 
 
 
332 aa  224  2e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  37.19 
 
 
332 aa  224  2e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.19 
 
 
332 aa  223  3e-57  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.02 
 
 
318 aa  223  3e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 
337 aa  223  4.9999999999999996e-57  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
319 aa  223  4.9999999999999996e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 
321 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 
322 aa  221  9.999999999999999e-57  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.79 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 
321 aa  220  3e-56  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37 
 
 
327 aa  220  3e-56  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.88 
 
 
332 aa  220  3e-56  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.75 
 
 
321 aa  219  3.9999999999999997e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
333 aa  219  5e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.12 
 
 
321 aa  219  6e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.67 
 
 
331 aa  219  7e-56  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.32 
 
 
332 aa  219  7.999999999999999e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
324 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
324 aa  219  8.999999999999998e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.32 
 
 
332 aa  218  1e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  38.74 
 
 
337 aa  218  1e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.19 
 
 
323 aa  217  2e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.32 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.81 
 
 
325 aa  217  2.9999999999999998e-55  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
337 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.42 
 
 
321 aa  217  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
324 aa  216  4e-55  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 
337 aa  215  9e-55  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.43 
 
 
320 aa  215  9.999999999999999e-55  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 
356 aa  215  9.999999999999999e-55  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.79 
 
 
321 aa  214  9.999999999999999e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
338 aa  215  9.999999999999999e-55  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.97 
 
 
333 aa  215  9.999999999999999e-55  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1517  NifR3 family TIM-barrel protein  39.05 
 
 
350 aa  215  9.999999999999999e-55  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0632964 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 
388 aa  214  1.9999999999999998e-54  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 
337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>