More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Krad_3365 on replicon NC_009664
Organism: Kineococcus radiotolerans SRS30216



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 388 aa  781    Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  68.52 
 
 		 380 aa  525  1e-148  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.43 
 
 		 406 aa  510  1e-143  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.36 
 
 		 419 aa  500  1e-140  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.64 
 
 		 436 aa  496  1e-139  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.05 
 
 		 397 aa  496  1e-139  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.45 
 
 		 400 aa  494  1e-139  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.58 
 
 		 415 aa  491  9.999999999999999e-139  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  65.03 
 
 		 392 aa  490  1e-137  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.4 
 
 		 392 aa  489  1e-137  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.2 
 
 		 442 aa  476  1e-133  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.6 
 
 		 398 aa  465  9.999999999999999e-131  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  59.84 
 
 		 373 aa  442  1e-123  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  63.11 
 
 		 379 aa  444  1e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.39 
 
 		 393 aa  439  9.999999999999999e-123  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.04 
 
 		 394 aa  438  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.48 
 
 		 379 aa  431  1e-120  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  60.72 
 
 		 391 aa  432  1e-120  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  58.44 
 
 		 455 aa  420  1e-116  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.1 
 
 		 394 aa  413  1e-114  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.39 
 
 		 396 aa  414  1e-114  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  59.14 
 
 		 389 aa  412  1e-114  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  59.48 
 
 		 377 aa  408  1e-113  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.21 
 
 		 400 aa  407  1.0000000000000001e-112  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.96 
 
 		 368 aa  401  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.22 
 
 		 414 aa  398  9.999999999999999e-111  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  57.84 
 
 		 370 aa  395  1e-109  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  57.82 
 
 		 370 aa  395  1e-109  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  58.33 
 
 		 386 aa  397  1e-109  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  57.82 
 
 		 370 aa  395  1e-109  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.34 
 
 		 384 aa  389  1e-107  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 		 322 aa  246  6e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.26 
 
 		 328 aa  245  9.999999999999999e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 		 319 aa  241  2e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 347 aa  233  5e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.51 
 
 		 322 aa  230  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.74 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.74 
 
 		 326 aa  228  1e-58  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.69 
 
 		 318 aa  225  1e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.18 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.37 
 
 		 321 aa  223  4.9999999999999996e-57  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.31 
 
 		 325 aa  222  9e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.7 
 
 		 321 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  41.42 
 
 		 342 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.78 
 
 		 320 aa  221  1.9999999999999999e-56  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.64 
 
 		 325 aa  219  7e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.56 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.35 
 
 		 327 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.88 
 
 		 333 aa  218  1e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  39.69 
 
 		 370 aa  216  8e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 		 332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.31 
 
 		 350 aa  214  9.999999999999999e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.02 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 		 325 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.05 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.22 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 324 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  37.76 
 
 		 346 aa  213  5.999999999999999e-54  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 		 324 aa  213  5.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.91 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.4 
 
 		 332 aa  211  1e-53  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.3 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.74 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.99 
 
 		 328 aa  211  2e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.59 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.02 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 		 355 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.92 
 
 		 354 aa  210  4e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.32 
 
 		 337 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.25 
 
 		 343 aa  208  1e-52  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.93 
 
 		 343 aa  208  2e-52  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  36.31 
 
 		 319 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40 
 
 		 334 aa  206  4e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.92 
 
 		 335 aa  207  4e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.3 
 
 		 355 aa  206  5e-52  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.45 
 
 		 330 aa  206  6e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.31 
 
 		 355 aa  206  6e-52  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 		 333 aa  206  7e-52  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  40.18 
 
 		 332 aa  205  9e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 357 aa  205  1e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.76 
 
 		 327 aa  205  1e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.28 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.1 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.71 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.94 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.98 
 
 		 355 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.91 
 
 		 381 aa  203  4e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.98 
 
 		 355 aa  203  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.05 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.17 
 
 		 343 aa  202  6e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.05 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>