More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Svir_37590 on replicon NC_013159
Organism: Saccharomonospora viridis DSM 43017



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 379 aa  769    Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  73.53 
 
 		 393 aa  551  1e-156  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  68.78 
 
 		 455 aa  514  1.0000000000000001e-145  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  68.95 
 
 		 389 aa  511  1e-144  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.88 
 
 		 394 aa  506  9.999999999999999e-143  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  66.31 
 
 		 398 aa  501  1e-141  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  69.23 
 
 		 377 aa  496  1e-139  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  69.48 
 
 		 370 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  69.48 
 
 		 370 aa  492  9.999999999999999e-139  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  69.21 
 
 		 370 aa  489  1e-137  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.18 
 
 		 396 aa  486  1e-136  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.27 
 
 		 379 aa  468  1.0000000000000001e-131  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.18 
 
 		 394 aa  455  1e-127  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.94 
 
 		 419 aa  455  1e-127  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  62.92 
 
 		 391 aa  454  1.0000000000000001e-126  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  63.11 
 
 		 388 aa  444  1.0000000000000001e-124  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.08 
 
 		 400 aa  445  1.0000000000000001e-124  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  63.43 
 
 		 406 aa  442  1e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.93 
 
 		 400 aa  438  9.999999999999999e-123  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.8 
 
 		 380 aa  437  1e-121  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.18 
 
 		 436 aa  432  1e-120  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.78 
 
 		 415 aa  430  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  61.84 
 
 		 392 aa  429  1e-119  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.61 
 
 		 442 aa  426  1e-118  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  64.23 
 
 		 368 aa  427  1e-118  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.22 
 
 		 392 aa  424  1e-117  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  58.98 
 
 		 373 aa  419  1e-116  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.87 
 
 		 397 aa  418  1e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  59.4 
 
 		 386 aa  398  9.999999999999999e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  54.21 
 
 		 414 aa  380  1e-104  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.66 
 
 		 384 aa  362  4e-99  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.67 
 
 		 328 aa  246  6.999999999999999e-64  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.57 
 
 		 322 aa  244  9.999999999999999e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.77 
 
 		 347 aa  238  9e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.99 
 
 		 319 aa  238  1e-61  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.2 
 
 		 324 aa  238  1e-61  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.74 
 
 		 321 aa  235  8e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.51 
 
 		 324 aa  231  1e-59  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.32 
 
 		 347 aa  232  1e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.43 
 
 		 321 aa  230  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.31 
 
 		 325 aa  229  6e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.01 
 
 		 322 aa  228  2e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.73 
 
 		 342 aa  228  2e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.18 
 
 		 332 aa  225  1e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 		 333 aa  225  1e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.54 
 
 		 326 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.54 
 
 		 326 aa  224  1e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  37.88 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.75 
 
 		 325 aa  222  7e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.02 
 
 		 334 aa  222  8e-57  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 		 332 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.31 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.41 
 
 		 332 aa  220  3e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 		 332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.41 
 
 		 332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.94 
 
 		 350 aa  218  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  37.62 
 
 		 332 aa  218  2e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.1 
 
 		 332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.62 
 
 		 353 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.98 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 		 370 aa  215  9.999999999999999e-55  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.69 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.91 
 
 		 320 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.69 
 
 		 324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.9 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.53 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.07 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.15 
 
 		 325 aa  211  2e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.65 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 		 333 aa  211  2e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.41 
 
 		 327 aa  210  4e-53  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.81 
 
 		 332 aa  209  8e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.32 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.09 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.94 
 
 		 329 aa  207  3e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  37.11 
 
 		 320 aa  206  5e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.62 
 
 		 333 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.9 
 
 		 357 aa  206  5e-52  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  39.47 
 
 		 351 aa  206  6e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  39.3 
 
 		 332 aa  206  7e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 		 318 aa  205  1e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  39.3 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.8 
 
 		 327 aa  204  2e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.3 
 
 		 328 aa  203  4e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.39 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 		 346 aa  202  7e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.69 
 
 		 351 aa  202  7e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  40.2 
 
 		 327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.06 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.07 
 
 		 332 aa  199  5e-50  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.51 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.96 
 
 		 343 aa  199  6e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  35.67 
 
 		 325 aa  199  7e-50  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40.39 
 
 		 337 aa  199  9e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.08 
 
 		 370 aa  199  9e-50  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.6 
 
 		 358 aa  199  9e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  37.15 
 
 		 322 aa  199  1.0000000000000001e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.96 
 
 		 343 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>