More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene HMPREF0424_0455 on replicon NC_013721
Organism: Gardnerella vaginalis 409-05



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 384 aa  794    Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  80.79 
 
 		 414 aa  648    Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 		 406 aa  402  1e-111  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.83 
 
 		 400 aa  397  1e-109  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.39 
 
 		 397 aa  392  1e-108  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.83 
 
 		 380 aa  388  1e-106  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  51.21 
 
 		 436 aa  386  1e-106  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.08 
 
 		 379 aa  379  1e-104  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  50.54 
 
 		 419 aa  379  1e-104  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  51.21 
 
 		 415 aa  379  1e-104  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  52.92 
 
 		 373 aa  377  1e-103  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.1 
 
 		 442 aa  375  1e-103  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  52.34 
 
 		 388 aa  378  1e-103  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  51.61 
 
 		 392 aa  374  1e-102  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  52.46 
 
 		 391 aa  368  1e-100  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.03 
 
 		 392 aa  366  1e-100  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.42 
 
 		 393 aa  358  8e-98  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  48.92 
 
 		 398 aa  357  1.9999999999999998e-97  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.07 
 
 		 394 aa  354  1e-96  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  52.22 
 
 		 400 aa  351  1e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  51.66 
 
 		 379 aa  348  8e-95  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.27 
 
 		 394 aa  345  7e-94  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  49.45 
 
 		 455 aa  342  8e-93  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  50.56 
 
 		 377 aa  339  4e-92  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  46.7 
 
 		 396 aa  338  7e-92  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  53.54 
 
 		 368 aa  336  3.9999999999999995e-91  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  49.3 
 
 		 389 aa  334  2e-90  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  50.85 
 
 		 386 aa  324  2e-87  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  50.56 
 
 		 370 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  50.56 
 
 		 370 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  50.56 
 
 		 370 aa  318  1e-85  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  39.25 
 
 		 347 aa  231  2e-59  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.63 
 
 		 321 aa  230  3e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.65 
 
 		 322 aa  227  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.01 
 
 		 319 aa  220  3e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  38 
 
 		 325 aa  219  7.999999999999999e-56  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.19 
 
 		 342 aa  219  8.999999999999998e-56  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.12 
 
 		 324 aa  218  8.999999999999998e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.15 
 
 		 321 aa  217  2e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.53 
 
 		 324 aa  216  8e-55  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 		 320 aa  215  9.999999999999999e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.93 
 
 		 328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  37.9 
 
 		 325 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 		 347 aa  211  2e-53  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.14 
 
 		 325 aa  210  3e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.45 
 
 		 333 aa  209  5e-53  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  37.67 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  37.67 
 
 		 326 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.88 
 
 		 353 aa  207  2e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 		 329 aa  205  9e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  36.42 
 
 		 308 aa  205  1e-51  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 		 322 aa  205  1e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.89 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.1 
 
 		 333 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.62 
 
 		 327 aa  203  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.13 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.18 
 
 		 333 aa  202  8e-51  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 		 332 aa  201  9.999999999999999e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  35.2 
 
 		 318 aa  202  9.999999999999999e-51  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.91 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.56 
 
 		 343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.91 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.91 
 
 		 332 aa  200  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  35.56 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.8 
 
 		 335 aa  199  5e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.47 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.12 
 
 		 320 aa  199  7e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 		 336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.14 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.14 
 
 		 324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  37.18 
 
 		 362 aa  194  2e-48  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.67 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  35.17 
 
 		 327 aa  194  3e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.2 
 
 		 334 aa  194  3e-48  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.85 
 
 		 357 aa  194  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.67 
 
 		 331 aa  193  4e-48  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.12 
 
 		 327 aa  192  8e-48  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.14 
 
 		 328 aa  192  9e-48  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  33.03 
 
 		 333 aa  192  1e-47  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  35.17 
 
 		 337 aa  191  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.75 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.71 
 
 		 341 aa  190  4e-47  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.45 
 
 		 350 aa  188  2e-46  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  34.58 
 
 		 332 aa  188  2e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 347 aa  187  3e-46  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.64 
 
 		 322 aa  187  3e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.97 
 
 		 322 aa  186  6e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.74 
 
 		 351 aa  186  6e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  34.59 
 
 		 337 aa  186  7e-46  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.08 
 
 		 346 aa  186  8e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.72 
 
 		 343 aa  185  1.0000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  33.84 
 
 		 351 aa  185  1.0000000000000001e-45  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 		 370 aa  185  1.0000000000000001e-45  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  34.88 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.64 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.79 
 
 		 356 aa  184  2.0000000000000003e-45  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.372686 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>