More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Caci_7030 on replicon NC_013131
Organism: Catenulispora acidiphila DSM 44928



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
379 aa  766    Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  70.18 
 
 
391 aa  520  1e-146  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  69.64 
 
 
394 aa  521  1e-146  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  71.47 
 
 
368 aa  494  9.999999999999999e-139  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  64.27 
 
 
379 aa  470  1.0000000000000001e-131  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  63.54 
 
 
393 aa  462  1e-129  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.34 
 
 
400 aa  460  9.999999999999999e-129  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  64.34 
 
 
373 aa  457  1e-127  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  63.32 
 
 
455 aa  451  1.0000000000000001e-126  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  61.13 
 
 
398 aa  448  1e-125  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.01 
 
 
406 aa  439  9.999999999999999e-123  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.5 
 
 
380 aa  439  9.999999999999999e-123  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.33 
 
 
394 aa  436  1e-121  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.57 
 
 
400 aa  434  1e-121  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  62.01 
 
 
377 aa  434  1e-120  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  60.16 
 
 
389 aa  428  1e-119  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.73 
 
 
419 aa  431  1e-119  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.6 
 
 
388 aa  429  1e-119  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.84 
 
 
415 aa  431  1e-119  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  63.87 
 
 
386 aa  429  1e-119  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  63.96 
 
 
370 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.6 
 
 
397 aa  426  1e-118  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  63.96 
 
 
370 aa  424  1e-118  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  63.96 
 
 
370 aa  425  1e-118  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.54 
 
 
396 aa  417  9.999999999999999e-116  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  56.5 
 
 
436 aa  414  1e-114  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  54.6 
 
 
414 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  56.91 
 
 
392 aa  403  1e-111  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.5 
 
 
442 aa  400  9.999999999999999e-111  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.65 
 
 
392 aa  394  1e-108  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.08 
 
 
384 aa  388  1e-107  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  41.12 
 
 
319 aa  243  5e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.19 
 
 
328 aa  241  2e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
322 aa  239  4e-62  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.68 
 
 
326 aa  229  6e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.68 
 
 
326 aa  229  6e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 
347 aa  225  9e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 
332 aa  224  2e-57  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.2 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  40.89 
 
 
335 aa  222  8e-57  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.89 
 
 
332 aa  222  9e-57  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 
332 aa  221  9.999999999999999e-57  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.89 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 
332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.27 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.41 
 
 
332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.27 
 
 
332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
321 aa  220  3.9999999999999997e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.15 
 
 
332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.27 
 
 
332 aa  220  3.9999999999999997e-56  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.87 
 
 
333 aa  219  6e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
324 aa  219  8.999999999999998e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 
324 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 
324 aa  218  2e-55  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.16 
 
 
353 aa  216  4e-55  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.43 
 
 
321 aa  215  8e-55  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 
348 aa  214  2.9999999999999995e-54  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.25 
 
 
320 aa  213  2.9999999999999995e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.02 
 
 
325 aa  212  7.999999999999999e-54  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.96 
 
 
333 aa  212  9e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.5 
 
 
342 aa  211  1e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.99 
 
 
325 aa  211  1e-53  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.33 
 
 
328 aa  210  3e-53  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.73 
 
 
324 aa  209  6e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.39 
 
 
354 aa  209  9e-53  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.94 
 
 
327 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.69 
 
 
334 aa  208  1e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
318 aa  206  4e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.28 
 
 
341 aa  205  1e-51  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  36.39 
 
 
325 aa  204  2e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.69 
 
 
352 aa  204  2e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.04 
 
 
326 aa  204  2e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.22 
 
 
334 aa  204  2e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.15 
 
 
320 aa  204  3e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.74 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.54 
 
 
331 aa  201  1.9999999999999998e-50  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.37 
 
 
381 aa  201  1.9999999999999998e-50  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  38.44 
 
 
347 aa  201  1.9999999999999998e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.69 
 
 
337 aa  200  3e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  37.18 
 
 
308 aa  200  3e-50  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 
334 aa  199  7e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 
347 aa  199  9e-50  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.01 
 
 
357 aa  199  9e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.4 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.29 
 
 
351 aa  196  4.0000000000000005e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
327 aa  197  4.0000000000000005e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  35.6 
 
 
355 aa  196  6e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 
355 aa  196  6e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  36.66 
 
 
356 aa  196  7e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.95 
 
 
333 aa  196  7e-49  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 
346 aa  195  8.000000000000001e-49  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 
329 aa  195  9e-49  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 
355 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  35.29 
 
 
354 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.63 
 
 
332 aa  194  2e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.05 
 
 
346 aa  194  2e-48  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.02 
 
 
356 aa  193  4e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  35.21 
 
 
353 aa  193  5e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 
346 aa  193  5e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>