More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Arth_1336 on replicon NC_008541
Organism: Arthrobacter sp. FB24



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
392 aa  793    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  94.64 
 
 
392 aa  731    Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  75.58 
 
 
436 aa  598  1e-170  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  72.75 
 
 
442 aa  535  1e-151  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  66.05 
 
 
406 aa  521  1e-147  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.81 
 
 
380 aa  520  1e-146  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  64.82 
 
 
400 aa  512  1e-144  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  65.23 
 
 
397 aa  509  1e-143  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  65.03 
 
 
388 aa  500  1e-140  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  60.15 
 
 
419 aa  486  1e-136  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  62.66 
 
 
415 aa  477  1e-133  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  61.27 
 
 
373 aa  445  1.0000000000000001e-124  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.68 
 
 
398 aa  444  1e-123  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.84 
 
 
379 aa  438  9.999999999999999e-123  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.81 
 
 
393 aa  432  1e-120  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.58 
 
 
400 aa  422  1e-117  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.91 
 
 
379 aa  417  9.999999999999999e-116  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  59.74 
 
 
391 aa  411  1e-113  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.73 
 
 
414 aa  405  1.0000000000000001e-112  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.13 
 
 
394 aa  404  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  60.56 
 
 
386 aa  401  1e-111  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.57 
 
 
396 aa  401  9.999999999999999e-111  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  53.05 
 
 
394 aa  394  1e-108  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  51.61 
 
 
384 aa  390  1e-107  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  59.52 
 
 
368 aa  382  1e-105  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  54.29 
 
 
455 aa  380  1e-104  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  54.14 
 
 
389 aa  369  1e-101  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  54.29 
 
 
377 aa  365  1e-100  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  54.99 
 
 
370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  54.99 
 
 
370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  54.99 
 
 
370 aa  356  3.9999999999999996e-97  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
347 aa  245  8e-64  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.51 
 
 
322 aa  244  1.9999999999999999e-63  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.99 
 
 
319 aa  243  3e-63  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.72 
 
 
328 aa  239  8e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  39.42 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  39.42 
 
 
326 aa  231  2e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 
332 aa  229  9e-59  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.29 
 
 
332 aa  223  4.9999999999999996e-57  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
333 aa  222  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.24 
 
 
322 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 
332 aa  219  5e-56  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.24 
 
 
324 aa  219  7e-56  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.59 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  35.71 
 
 
325 aa  218  1e-55  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.59 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.17 
 
 
327 aa  218  1e-55  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.01 
 
 
327 aa  218  1e-55  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.65 
 
 
332 aa  218  1e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.59 
 
 
332 aa  218  2e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.61 
 
 
320 aa  218  2e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.69 
 
 
332 aa  216  5e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.27 
 
 
350 aa  216  5.9999999999999996e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.69 
 
 
332 aa  216  7e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.09 
 
 
351 aa  216  8e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
328 aa  215  9e-55  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.28 
 
 
347 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
333 aa  215  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.44 
 
 
334 aa  215  9.999999999999999e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.4 
 
 
333 aa  213  2.9999999999999995e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.06 
 
 
332 aa  213  3.9999999999999995e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.57 
 
 
318 aa  213  5.999999999999999e-54  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 
325 aa  213  7e-54  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 
324 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 
324 aa  212  7.999999999999999e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.98 
 
 
320 aa  212  9e-54  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 
324 aa  211  2e-53  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
332 aa  210  3e-53  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.35 
 
 
334 aa  210  3e-53  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.33 
 
 
353 aa  209  9e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  39.82 
 
 
351 aa  208  1e-52  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.74 
 
 
342 aa  207  3e-52  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.93 
 
 
328 aa  205  1e-51  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.94 
 
 
332 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.42 
 
 
321 aa  204  2e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.58 
 
 
354 aa  203  4e-51  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.34 
 
 
357 aa  203  5e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.67 
 
 
322 aa  202  8e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 
333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  36.78 
 
 
334 aa  200  3e-50  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.76 
 
 
337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.73 
 
 
343 aa  200  3.9999999999999996e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.72 
 
 
338 aa  200  3.9999999999999996e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
347 aa  200  3.9999999999999996e-50  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 
327 aa  199  5e-50  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.11 
 
 
332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
355 aa  198  1.0000000000000001e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.65 
 
 
370 aa  198  1.0000000000000001e-49  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.86 
 
 
323 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.58 
 
 
343 aa  198  2.0000000000000003e-49  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  37.95 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.86 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.79 
 
 
332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
355 aa  197  3e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.76 
 
 
331 aa  197  3e-49  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.58 
 
 
343 aa  197  3e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.96 
 
 
333 aa  197  3e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  34.81 
 
 
346 aa  196  4.0000000000000005e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  36.7 
 
 
338 aa  196  6e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>