More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Mvan_5086 on replicon NC_008726
Organism: Mycobacterium vanbaalenii PYR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  95.49 
 
 		 455 aa  719    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5086  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 377 aa  765    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4895  nifR3 family TIM-barrel protein  88.04 
 
 		 370 aa  627  1e-179  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  0.495548 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4512  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  88.32 
 
 		 370 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4599  nifR3 family TIM-barrel protein  88.32 
 
 		 370 aa  630  1e-179  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  82.49 
 
 		 389 aa  620  1e-177  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  77.45 
 
 		 394 aa  604  9.999999999999999e-173  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  71.91 
 
 		 396 aa  554  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  69.23 
 
 		 379 aa  513  1e-144  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  67.11 
 
 		 393 aa  513  1e-144  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.05 
 
 		 398 aa  461  1e-129  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  62.01 
 
 		 379 aa  454  1.0000000000000001e-126  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  61.37 
 
 		 419 aa  441  1e-123  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal  1 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.25 
 
 		 394 aa  435  1e-121  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3809  nifR3 family TIM-barrel protein  59.69 
 
 		 391 aa  425  1e-118  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0210631 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.48 
 
 		 388 aa  422  1e-117  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  59.72 
 
 		 406 aa  418  1e-116  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1779  TIM-barrel protein, nifR3 family  56.53 
 
 		 397 aa  417  9.999999999999999e-116  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.081766  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  57.26 
 
 		 373 aa  412  1e-114  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.45 
 
 		 380 aa  414  1e-114  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  58.63 
 
 		 400 aa  412  1e-114  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  58.29 
 
 		 436 aa  412  1e-114  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  57.62 
 
 		 415 aa  410  1e-113  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3432  nifR3 family TIM-barrel protein  60.11 
 
 		 368 aa  402  1e-111  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.113177 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  57.7 
 
 		 400 aa  404  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2181  TIM-barrel protein, nifR3 family  59.28 
 
 		 442 aa  390  1e-107  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.14819 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  57.42 
 
 		 386 aa  388  1e-106  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  51.1 
 
 		 414 aa  373  1e-102  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1336  nifR3 family TIM-barrel protein  54.29 
 
 		 392 aa  371  1e-101  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_1372  TIM-barrel protein, nifR3 family  54.85 
 
 		 392 aa  370  1e-101  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    decreased coverage  0.00000000000190113 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  50.56 
 
 		 384 aa  362  5.0000000000000005e-99  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.49 
 
 		 328 aa  239  4e-62  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.65 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.28 
 
 		 325 aa  226  4e-58  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.11 
 
 		 319 aa  226  5.0000000000000005e-58  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.39 
 
 		 322 aa  225  1e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.52 
 
 		 324 aa  224  2e-57  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 		 347 aa  222  7e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.23 
 
 		 324 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.29 
 
 		 326 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.29 
 
 		 326 aa  222  9.999999999999999e-57  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 		 321 aa  219  5e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 		 320 aa  216  5e-55  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40 
 
 		 342 aa  215  9.999999999999999e-55  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.61 
 
 		 347 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.04 
 
 		 322 aa  210  4e-53  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.43 
 
 		 325 aa  209  7e-53  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.16 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.97 
 
 		 333 aa  207  2e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.36 
 
 		 353 aa  207  3e-52  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  41.21 
 
 		 327 aa  205  9e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.91 
 
 		 350 aa  205  1e-51  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.17 
 
 		 321 aa  204  2e-51  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  36.7 
 
 		 370 aa  204  2e-51  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  38.78 
 
 		 325 aa  203  3e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.91 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 		 329 aa  202  7e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  37.88 
 
 		 334 aa  201  9.999999999999999e-51  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.65 
 
 		 346 aa  201  9.999999999999999e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.2 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.92 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.75 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.31 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  199  7e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.31 
 
 		 332 aa  199  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  199  9e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36 
 
 		 332 aa  199  9e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.81 
 
 		 318 aa  199  9e-50  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 		 332 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  38.6 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  37.07 
 
 		 326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.78 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 		 337 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.43 
 
 		 332 aa  196  8.000000000000001e-49  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.12 
 
 		 354 aa  195  1e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 		 355 aa  194  2e-48  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.92 
 
 		 337 aa  194  3e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.39 
 
 		 332 aa  194  3e-48  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.14 
 
 		 351 aa  194  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.39 
 
 		 381 aa  193  3e-48  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.85 
 
 		 324 aa  193  5e-48  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.85 
 
 		 324 aa  193  5e-48  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 332 aa  193  5e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.69 
 
 		 356 aa  192  7e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 333 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.13 
 
 		 320 aa  192  1e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.25 
 
 		 335 aa  192  1e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 		 355 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.71 
 
 		 356 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 357 aa  191  2e-47  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.19 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 		 330 aa  191  2e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.58 
 
 		 327 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  38.83 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>