More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfum_1813 on replicon NC_008554
Organism: Syntrophobacter fumaroxidans MPOB



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 
352 aa  710    Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  45.12 
 
 
347 aa  258  1e-67  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.9 
 
 
324 aa  246  4.9999999999999997e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.5 
 
 
320 aa  237  3e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.15 
 
 
321 aa  236  5.0000000000000005e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.38 
 
 
325 aa  236  7e-61  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.38 
 
 
321 aa  234  1.0000000000000001e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.72 
 
 
333 aa  232  6e-60  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.8 
 
 
354 aa  231  1e-59  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.16 
 
 
328 aa  231  1e-59  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  43.26 
 
 
325 aa  231  2e-59  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.76 
 
 
322 aa  231  2e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  42.95 
 
 
342 aa  230  3e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.8 
 
 
332 aa  229  4e-59  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.49 
 
 
332 aa  228  1e-58  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
332 aa  227  2e-58  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.88 
 
 
332 aa  227  2e-58  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  42.54 
 
 
318 aa  227  2e-58  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  40.18 
 
 
332 aa  226  3e-58  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  40.18 
 
 
332 aa  226  3e-58  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
332 aa  226  4e-58  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.57 
 
 
332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.57 
 
 
332 aa  226  6e-58  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.27 
 
 
322 aa  225  8e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 
351 aa  225  8e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.98 
 
 
326 aa  224  1e-57  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  40.47 
 
 
347 aa  225  1e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.88 
 
 
337 aa  223  3e-57  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  43.71 
 
 
329 aa  223  4.9999999999999996e-57  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.46 
 
 
327 aa  222  8e-57  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.25 
 
 
319 aa  222  9e-57  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 
324 aa  221  9.999999999999999e-57  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
324 aa  221  1.9999999999999999e-56  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.88 
 
 
321 aa  221  1.9999999999999999e-56  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  39.6 
 
 
320 aa  220  3e-56  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.58 
 
 
333 aa  219  3.9999999999999997e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 
347 aa  218  1e-55  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.65 
 
 
326 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.65 
 
 
326 aa  217  2e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  42.5 
 
 
336 aa  217  2e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.5 
 
 
332 aa  217  2.9999999999999998e-55  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.87 
 
 
326 aa  217  2.9999999999999998e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  38.51 
 
 
331 aa  216  5e-55  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.49 
 
 
327 aa  216  5e-55  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
329 aa  216  5.9999999999999996e-55  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.02 
 
 
343 aa  215  9.999999999999999e-55  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1676  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.18 
 
 
362 aa  215  9.999999999999999e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.433168  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.28 
 
 
334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  36.92 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.92 
 
 
328 aa  213  2.9999999999999995e-54  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.75 
 
 
353 aa  213  3.9999999999999995e-54  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.12 
 
 
358 aa  213  3.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.73 
 
 
343 aa  213  4.9999999999999996e-54  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  38.46 
 
 
330 aa  213  5.999999999999999e-54  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 
343 aa  212  5.999999999999999e-54  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  40.85 
 
 
347 aa  212  5.999999999999999e-54  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.42 
 
 
317 aa  212  7.999999999999999e-54  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  45.68 
 
 
333 aa  212  1e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
306 aa  212  1e-53  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
306 aa  212  1e-53  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.09 
 
 
317 aa  210  3e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.94 
 
 
329 aa  210  3e-53  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.22 
 
 
335 aa  208  1e-52  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.5 
 
 
354 aa  208  1e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  39.05 
 
 
308 aa  208  1e-52  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.67 
 
 
345 aa  207  2e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
330 aa  207  2e-52  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  40.22 
 
 
329 aa  207  2e-52  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  37.38 
 
 
325 aa  207  3e-52  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.49 
 
 
370 aa  207  3e-52  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.74 
 
 
332 aa  207  3e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  39.88 
 
 
353 aa  207  3e-52  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  39.35 
 
 
332 aa  205  8e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  36.99 
 
 
335 aa  205  9e-52  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.23 
 
 
332 aa  204  1e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 
352 aa  204  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
355 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  36.97 
 
 
327 aa  204  2e-51  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
355 aa  204  2e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.91 
 
 
334 aa  204  2e-51  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  39.75 
 
 
354 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  35.98 
 
 
333 aa  204  3e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  37.42 
 
 
325 aa  203  4e-51  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
346 aa  202  5e-51  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.56 
 
 
355 aa  202  7e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  43.2 
 
 
327 aa  201  9.999999999999999e-51  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.76 
 
 
348 aa  202  9.999999999999999e-51  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  39.13 
 
 
355 aa  202  9.999999999999999e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  47.3 
 
 
332 aa  200  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  47.3 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0527  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.38 
 
 
327 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
337 aa  200  3e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  39.56 
 
 
337 aa  200  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36 
 
 
357 aa  199  5e-50  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.26 
 
 
327 aa  199  5e-50  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>