More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_0828 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  100 
 
 		 306 aa  619  1e-176  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  52.81 
 
 		 322 aa  301  9e-81  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  46.46 
 
 		 295 aa  252  4.0000000000000004e-66  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  43.19 
 
 		 324 aa  240  2e-62  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  42.3 
 
 		 347 aa  240  2e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.72 
 
 		 321 aa  236  3e-61  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 		 333 aa  234  2.0000000000000002e-60  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.38 
 
 		 321 aa  231  9e-60  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.31 
 
 		 347 aa  230  2e-59  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.7 
 
 		 325 aa  230  3e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  38.94 
 
 		 342 aa  226  4e-58  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.33 
 
 		 325 aa  224  1e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  41.64 
 
 		 318 aa  222  8e-57  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.2 
 
 		 322 aa  218  1e-55  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  39.09 
 
 		 301 aa  214  1.9999999999999998e-54  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.47 
 
 		 358 aa  213  2.9999999999999995e-54  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.85 
 
 		 326 aa  213  3.9999999999999995e-54  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.84 
 
 		 326 aa  209  6e-53  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  38.82 
 
 		 319 aa  209  7e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  37.01 
 
 		 352 aa  208  9e-53  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  41.05 
 
 		 329 aa  207  1e-52  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 		 320 aa  206  4e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  39.19 
 
 		 324 aa  202  5e-51  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.97 
 
 		 328 aa  202  6e-51  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.92 
 
 		 333 aa  202  6e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.34 
 
 		 322 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  37.05 
 
 		 378 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.1 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.1 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.95 
 
 		 327 aa  194  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.93 
 
 		 321 aa  194  2e-48  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.77 
 
 		 354 aa  192  8e-48  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  37.2 
 
 		 328 aa  191  1e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.91 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.32 
 
 		 334 aa  191  2e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.31 
 
 		 332 aa  191  2e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.29 
 
 		 333 aa  189  5e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.99 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.03 
 
 		 329 aa  189  7e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  35.14 
 
 		 327 aa  189  7e-47  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.83 
 
 		 332 aa  188  9e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.99 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.16 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.19 
 
 		 317 aa  187  2e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.31 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.99 
 
 		 324 aa  187  2e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.83 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  34.52 
 
 		 317 aa  187  3e-46  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.87 
 
 		 332 aa  186  3e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.11 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.35 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.61 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 		 334 aa  186  6e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  36.69 
 
 		 449 aa  186  6e-46  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.71 
 
 		 337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.03 
 
 		 335 aa  184  1.0000000000000001e-45  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  34.94 
 
 		 336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.91 
 
 		 337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.03 
 
 		 335 aa  184  2.0000000000000003e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  35.89 
 
 		 351 aa  183  3e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.66 
 
 		 331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.95 
 
 		 335 aa  182  5.0000000000000004e-45  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.59 
 
 		 329 aa  182  7e-45  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  34.08 
 
 		 347 aa  182  7e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  33.55 
 
 		 320 aa  181  9.000000000000001e-45  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.78 
 
 		 327 aa  181  1e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 		 370 aa  181  1e-44  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  36.88 
 
 		 325 aa  181  1e-44  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  37.42 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.03 
 
 		 357 aa  180  2e-44  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.66 
 
 		 346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 		 347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.52 
 
 		 332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  35.71 
 
 		 350 aa  179  4e-44  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.65 
 
 		 348 aa  179  4e-44  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.08 
 
 		 352 aa  179  4e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.42 
 
 		 308 aa  179  4.999999999999999e-44  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.33 
 
 		 351 aa  179  4.999999999999999e-44  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.03 
 
 		 322 aa  179  7e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.11 
 
 		 341 aa  179  7e-44  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.79 
 
 		 333 aa  179  7e-44  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.13 
 
 		 332 aa  178  9e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.2 
 
 		 356 aa  178  1e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.13 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.79 
 
 		 345 aa  178  1e-43  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_002620  TC0013  NifR3/Smm1 family protein  34.54 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  34.09 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.3 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.45 
 
 		 370 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.86 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.33 
 
 		 334 aa  177  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.75 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  32.48 
 
 		 333 aa  177  3e-43  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>