More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cla_0210 on replicon NC_012039
Organism: Campylobacter lari RM2100



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  100 
 
 
308 aa  630  1e-180  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  71.9 
 
 
308 aa  473  1e-132  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  71.57 
 
 
308 aa  469  1.0000000000000001e-131  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  71.8 
 
 
305 aa  469  1.0000000000000001e-131  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  65.69 
 
 
307 aa  421  1e-116  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  64.38 
 
 
307 aa  406  1.0000000000000001e-112  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  62.21 
 
 
310 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  62.3 
 
 
306 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  56.86 
 
 
312 aa  360  2e-98  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  51.31 
 
 
318 aa  320  1.9999999999999998e-86  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.61 
 
 
337 aa  226  4e-58  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 
328 aa  225  6e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
353 aa  224  1e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 
336 aa  223  3e-57  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
355 aa  223  4e-57  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.99 
 
 
354 aa  222  4.9999999999999996e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 
381 aa  223  4.9999999999999996e-57  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.78 
 
 
355 aa  222  6e-57  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.41 
 
 
356 aa  221  9e-57  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
355 aa  220  3e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.71 
 
 
337 aa  219  3.9999999999999997e-56  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.14 
 
 
356 aa  219  5e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.13 
 
 
353 aa  219  5e-56  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.05 
 
 
355 aa  219  5e-56  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.05 
 
 
355 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
355 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
355 aa  218  7.999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
355 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  38.05 
 
 
355 aa  218  8.999999999999998e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.66 
 
 
350 aa  217  2e-55  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
357 aa  217  2e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.63 
 
 
354 aa  217  2e-55  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
346 aa  216  4e-55  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.74 
 
 
352 aa  215  7e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.34 
 
 
343 aa  214  9.999999999999999e-55  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.74 
 
 
354 aa  212  4.9999999999999996e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
338 aa  210  3e-53  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.78 
 
 
317 aa  208  8e-53  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  37.46 
 
 
337 aa  207  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
321 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
337 aa  207  3e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 
327 aa  207  3e-52  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.81 
 
 
338 aa  206  4e-52  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.57 
 
 
332 aa  205  7e-52  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.1 
 
 
322 aa  204  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.1 
 
 
343 aa  204  1e-51  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
333 aa  204  1e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.89 
 
 
331 aa  203  2e-51  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.48 
 
 
332 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.78 
 
 
327 aa  203  3e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.66 
 
 
320 aa  202  6e-51  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.26 
 
 
351 aa  202  6e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  37.46 
 
 
332 aa  202  6e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  39.39 
 
 
343 aa  201  9e-51  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.83 
 
 
317 aa  201  9.999999999999999e-51  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.7 
 
 
332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
322 aa  199  6e-50  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.3 
 
 
347 aa  199  6e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
336 aa  199  6e-50  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.38 
 
 
332 aa  199  6e-50  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.06 
 
 
321 aa  198  1.0000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  36.42 
 
 
322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.37 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 
346 aa  197  2.0000000000000003e-49  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  37.03 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1130  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.98 
 
 
356 aa  196  4.0000000000000005e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0353247  normal  0.37183 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.65 
 
 
332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
322 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
322 aa  195  1e-48  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.31 
 
 
333 aa  194  1e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
322 aa  195  1e-48  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 
322 aa  194  2e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.73 
 
 
353 aa  193  3e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  34.94 
 
 
353 aa  193  3e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  37.34 
 
 
322 aa  193  3e-48  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.26 
 
 
353 aa  192  4e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  34.7 
 
 
356 aa  192  5e-48  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.94 
 
 
321 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.1 
 
 
322 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  37.1 
 
 
322 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  37.1 
 
 
322 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.1 
 
 
323 aa  192  6e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  37.1 
 
 
322 aa  192  6e-48  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  37.06 
 
 
322 aa  192  7e-48  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 
333 aa  192  7e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.97 
 
 
322 aa  192  8e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.48 
 
 
332 aa  192  9e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.36 
 
 
331 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.34 
 
 
322 aa  191  1e-47  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.46 
 
 
331 aa  191  2e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  36.19 
 
 
322 aa  190  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.26 
 
 
321 aa  190  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1580  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.05 
 
 
350 aa  190  2.9999999999999997e-47  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.11671  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  35.57 
 
 
348 aa  190  2.9999999999999997e-47  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>