More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sdel_0536 on replicon NC_013512
Organism: Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
312 aa  646    Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  60.39 
 
 
307 aa  376  1e-103  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  59.09 
 
 
307 aa  369  1e-101  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  59.34 
 
 
310 aa  364  1e-99  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.86 
 
 
308 aa  360  2e-98  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  58.22 
 
 
318 aa  355  3.9999999999999996e-97  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.21 
 
 
306 aa  355  6.999999999999999e-97  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.21 
 
 
305 aa  353  1e-96  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.03 
 
 
308 aa  352  5.9999999999999994e-96  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.03 
 
 
308 aa  350  1e-95  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  38.31 
 
 
320 aa  207  1e-52  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.2 
 
 
328 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.51 
 
 
355 aa  206  4e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.22 
 
 
351 aa  205  1e-51  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.19 
 
 
355 aa  204  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  38.78 
 
 
355 aa  204  2e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.39 
 
 
337 aa  202  4e-51  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.39 
 
 
346 aa  202  6e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
337 aa  201  9.999999999999999e-51  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.74 
 
 
350 aa  201  9.999999999999999e-51  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.19 
 
 
381 aa  201  9.999999999999999e-51  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  38.46 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.19 
 
 
356 aa  200  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.86 
 
 
356 aa  197  1.0000000000000001e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
357 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.89 
 
 
317 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.82 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
355 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  196  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.25 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 
355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
355 aa  196  5.000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
354 aa  195  8.000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.57 
 
 
317 aa  192  7e-48  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.74 
 
 
332 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  35.39 
 
 
333 aa  191  1e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
354 aa  191  1e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.82 
 
 
354 aa  191  1e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.04 
 
 
324 aa  190  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 
333 aa  190  2e-47  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.42 
 
 
331 aa  190  2.9999999999999997e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.39 
 
 
319 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  39.53 
 
 
327 aa  189  7e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  35.06 
 
 
336 aa  189  7e-47  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 
321 aa  188  9e-47  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  37.97 
 
 
347 aa  187  2e-46  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.94 
 
 
337 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.66 
 
 
353 aa  186  3e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.22 
 
 
321 aa  186  3e-46  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  36.98 
 
 
337 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  33.88 
 
 
325 aa  185  7e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.2 
 
 
326 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.2 
 
 
326 aa  185  7e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.3 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.45 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  37.66 
 
 
331 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 
353 aa  183  3e-45  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.99 
 
 
347 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.51 
 
 
348 aa  182  5.0000000000000004e-45  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.48 
 
 
343 aa  182  5.0000000000000004e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.16 
 
 
331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.53 
 
 
320 aa  182  6e-45  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.11 
 
 
322 aa  182  6e-45  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.99 
 
 
331 aa  182  7e-45  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  36.48 
 
 
338 aa  182  9.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.76 
 
 
338 aa  182  9.000000000000001e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.93 
 
 
327 aa  182  9.000000000000001e-45  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.94 
 
 
336 aa  181  1e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.12 
 
 
324 aa  181  1e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.62 
 
 
352 aa  181  1e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.83 
 
 
333 aa  181  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
353 aa  179  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.05 
 
 
328 aa  179  4.999999999999999e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
346 aa  179  5.999999999999999e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  37.25 
 
 
332 aa  179  7e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.12 
 
 
327 aa  178  8e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.75 
 
 
322 aa  178  9e-44  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.56 
 
 
326 aa  178  1e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  34.82 
 
 
323 aa  177  2e-43  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.85 
 
 
325 aa  176  3e-43  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.83 
 
 
343 aa  177  3e-43  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  36.77 
 
 
337 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.91 
 
 
332 aa  176  4e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.35 
 
 
333 aa  176  5e-43  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.27 
 
 
353 aa  176  5e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.91 
 
 
332 aa  176  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.9 
 
 
321 aa  176  6e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.73 
 
 
323 aa  175  8e-43  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  36.45 
 
 
337 aa  175  9e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  35.26 
 
 
356 aa  175  9e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>