More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Suden_1169 on replicon NC_007575
Organism: Sulfurimonas denitrificans DSM 1251



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  100 
 
 
318 aa  654    Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  56.77 
 
 
306 aa  359  3e-98  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  58.22 
 
 
312 aa  355  3.9999999999999996e-97  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  55.16 
 
 
310 aa  348  5e-95  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  54.72 
 
 
307 aa  347  2e-94  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  55.37 
 
 
307 aa  344  1e-93  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.96 
 
 
308 aa  328  9e-89  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.96 
 
 
305 aa  325  6e-88  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.63 
 
 
308 aa  323  3e-87  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  51.31 
 
 
308 aa  320  1.9999999999999998e-86  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 
336 aa  236  3e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  41.38 
 
 
320 aa  232  8.000000000000001e-60  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.39 
 
 
343 aa  228  7e-59  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.32 
 
 
351 aa  226  4e-58  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.32 
 
 
328 aa  226  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
346 aa  226  6e-58  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  40 
 
 
350 aa  221  9.999999999999999e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.07 
 
 
337 aa  218  1e-55  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.87 
 
 
333 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  38.34 
 
 
326 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  38.34 
 
 
326 aa  216  4e-55  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.2 
 
 
337 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  44.57 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  44.57 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  44.57 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  44.57 
 
 
322 aa  213  3.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.58 
 
 
332 aa  213  4.9999999999999996e-54  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  37.89 
 
 
322 aa  213  4.9999999999999996e-54  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  39.55 
 
 
331 aa  212  5.999999999999999e-54  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  38.78 
 
 
327 aa  210  2e-53  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.81 
 
 
353 aa  209  4e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.61 
 
 
333 aa  208  8e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  39.23 
 
 
322 aa  208  1e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.99 
 
 
332 aa  208  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
319 aa  207  2e-52  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 
321 aa  207  2e-52  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.89 
 
 
320 aa  207  2e-52  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  43.84 
 
 
322 aa  206  3e-52  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  43.12 
 
 
322 aa  206  3e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 
322 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 
322 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  43.12 
 
 
322 aa  207  3e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.76 
 
 
328 aa  206  4e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.34 
 
 
381 aa  206  6e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  40.13 
 
 
331 aa  205  9e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  40.76 
 
 
338 aa  205  1e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.39 
 
 
322 aa  205  1e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1003  hypothetical protein  35.74 
 
 
323 aa  204  2e-51  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  40.07 
 
 
320 aa  204  2e-51  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  40.26 
 
 
354 aa  203  2e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.86 
 
 
356 aa  203  3e-51  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.38 
 
 
332 aa  202  4e-51  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  38.83 
 
 
331 aa  202  4e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 
355 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.8 
 
 
355 aa  202  6e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 
357 aa  202  6e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  39.16 
 
 
322 aa  202  7e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
355 aa  202  7e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.98 
 
 
343 aa  202  7e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.74 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.94 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  39.94 
 
 
355 aa  202  8e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  38.72 
 
 
356 aa  202  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  38.96 
 
 
332 aa  201  9e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.94 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.96 
 
 
355 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.13 
 
 
338 aa  201  9.999999999999999e-51  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.69 
 
 
332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.5 
 
 
317 aa  199  3e-50  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.04 
 
 
326 aa  200  3e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
347 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.69 
 
 
332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  41.52 
 
 
323 aa  199  5e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  38.11 
 
 
337 aa  199  7e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.77 
 
 
332 aa  198  7.999999999999999e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
332 aa  198  9e-50  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.69 
 
 
332 aa  198  9e-50  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.08 
 
 
332 aa  198  9e-50  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.08 
 
 
332 aa  197  1.0000000000000001e-49  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1745  YjbN family TIM-barrel protein  38.04 
 
 
327 aa  198  1.0000000000000001e-49  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.856345  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.54 
 
 
324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  40.91 
 
 
319 aa  198  1.0000000000000001e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.17 
 
 
336 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  36.54 
 
 
324 aa  198  1.0000000000000001e-49  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
327 aa  197  1.0000000000000001e-49  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
354 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.16 
 
 
337 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.98 
 
 
324 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  39.93 
 
 
325 aa  196  3e-49  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.96 
 
 
352 aa  196  3e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.88 
 
 
317 aa  196  4.0000000000000005e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
322 aa  196  4.0000000000000005e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  41.73 
 
 
322 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.81 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.1 
 
 
332 aa  195  8.000000000000001e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  35.08 
 
 
347 aa  195  1e-48  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>