More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHAB381_0533 on replicon NC_009714
Organism: Campylobacter hominis ATCC BAA-381



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009714  CHAB381_0533  NifR3 family protein  100 
 
 
310 aa  637    Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  68.51 
 
 
307 aa  426  1e-118  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  66.23 
 
 
307 aa  416  9.999999999999999e-116  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  62.99 
 
 
306 aa  415  9.999999999999999e-116  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  62.21 
 
 
308 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  60.32 
 
 
308 aa  400  9.999999999999999e-111  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  59.35 
 
 
308 aa  394  1e-109  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  59.61 
 
 
305 aa  392  1e-108  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0536  dihydrouridine synthase DuS  59.34 
 
 
312 aa  364  1e-99  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.0115488  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  55.16 
 
 
318 aa  348  5e-95  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.35 
 
 
328 aa  226  4e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
336 aa  216  4e-55  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
355 aa  212  5.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0397  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.42 
 
 
355 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.561746 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  37.1 
 
 
356 aa  211  9e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.62 
 
 
337 aa  211  9e-54  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  37.78 
 
 
355 aa  209  6e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.14 
 
 
354 aa  208  8e-53  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
357 aa  208  1e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.42 
 
 
356 aa  207  2e-52  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.1 
 
 
381 aa  206  3e-52  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.51 
 
 
343 aa  206  5e-52  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.91 
 
 
346 aa  204  1e-51  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3396  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.14 
 
 
354 aa  204  2e-51  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
355 aa  203  3e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0621  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.83 
 
 
352 aa  203  3e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.267522  normal  0.779049 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
355 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.83 
 
 
355 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
355 aa  202  4e-51  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
355 aa  202  4e-51  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
355 aa  202  5e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  36.83 
 
 
354 aa  202  7e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.74 
 
 
354 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.24 
 
 
337 aa  200  1.9999999999999998e-50  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  35.58 
 
 
350 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
320 aa  199  6e-50  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.62 
 
 
353 aa  197  2.0000000000000003e-49  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  35.9 
 
 
322 aa  197  3e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  36.86 
 
 
332 aa  196  3e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  35.48 
 
 
342 aa  196  6e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.33 
 
 
327 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2686  NifR3/Smm1 family protein  38.06 
 
 
331 aa  195  1e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  decreased coverage  0.000000000024991  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 
333 aa  194  1e-48  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 
332 aa  192  6e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  35.9 
 
 
320 aa  192  8e-48  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.41 
 
 
327 aa  192  9e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.85 
 
 
331 aa  191  9e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.36 
 
 
321 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.22 
 
 
337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.1 
 
 
327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.67 
 
 
328 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2985  nifR3 family TIM-barrel protein  35.37 
 
 
322 aa  189  4e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.867208  normal  0.593327 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.69 
 
 
326 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.69 
 
 
326 aa  189  4e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  37.03 
 
 
332 aa  189  4e-47  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  37.03 
 
 
332 aa  189  5e-47  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.3 
 
 
319 aa  189  5e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.36 
 
 
321 aa  189  5.999999999999999e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.68 
 
 
322 aa  189  7e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.51 
 
 
346 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.48 
 
 
332 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.42 
 
 
321 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.03 
 
 
336 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  34.49 
 
 
322 aa  186  4e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.42 
 
 
321 aa  186  5e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.26 
 
 
317 aa  186  5e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.73 
 
 
332 aa  185  7e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.75 
 
 
343 aa  185  7e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  38.97 
 
 
343 aa  185  9e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.63 
 
 
323 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  37.14 
 
 
317 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.58 
 
 
322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  35.58 
 
 
322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  35.58 
 
 
322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  35.58 
 
 
322 aa  184  1.0000000000000001e-45  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  36.89 
 
 
337 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  37.26 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  34.18 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  34.18 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  34.18 
 
 
322 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3575  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.00000000520187  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3576  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.000000997743  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000576344  normal  0.0689485 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3682  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0164412  normal  0.105701 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3648  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.44 
 
 
321 aa  183  3e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00267806  hitchhiker  0.000397185 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1579  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.53 
 
 
338 aa  183  3e-45  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.637101  normal  0.403253 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  34.18 
 
 
322 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  36.71 
 
 
337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
353 aa  182  7e-45  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4423  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.66 
 
 
321 aa  182  8.000000000000001e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.00000000618743  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  36.48 
 
 
337 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.12 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.12 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.12 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.12 
 
 
321 aa  181  1e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>