More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dret_1079 on replicon NC_013223
Organism: Desulfohalobium retbaense DSM 5692



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 328 aa  670    Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  49.51 
 
 		 449 aa  295  7e-79  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal  1 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  47.02 
 
 		 331 aa  289  4e-77  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  46.13 
 
 		 378 aa  287  2e-76  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  46.86 
 
 		 324 aa  278  8e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  46.71 
 
 		 351 aa  272  7e-72  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.77 
 
 		 321 aa  218  8.999999999999998e-56  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  40.21 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.91 
 
 		 321 aa  207  2e-52  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.06 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.16 
 
 		 325 aa  200  3e-50  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.22 
 
 		 347 aa  200  3e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.92 
 
 		 326 aa  196  6e-49  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.42 
 
 		 325 aa  192  5e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.88 
 
 		 322 aa  191  1e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.33 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 		 306 aa  191  2e-47  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  32.79 
 
 		 324 aa  188  9e-47  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.08 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.08 
 
 		 326 aa  188  1e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.44 
 
 		 329 aa  187  2e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.91 
 
 		 328 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.24 
 
 		 341 aa  182  7e-45  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.21 
 
 		 319 aa  180  4e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  42.08 
 
 		 352 aa  179  5.999999999999999e-44  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.88 
 
 		 320 aa  174  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.57 
 
 		 318 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.54 
 
 		 334 aa  172  5e-42  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.94 
 
 		 354 aa  172  6.999999999999999e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  30.67 
 
 		 324 aa  172  1e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 330 aa  171  1e-41  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  38.29 
 
 		 326 aa  171  2e-41  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.8 
 
 		 333 aa  170  4e-41  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.02 
 
 		 331 aa  170  4e-41  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.75 
 
 		 333 aa  168  1e-40  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  35.11 
 
 		 336 aa  168  1e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.41 
 
 		 308 aa  165  8e-40  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.53 
 
 		 348 aa  165  8e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.12 
 
 		 358 aa  164  2.0000000000000002e-39  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0374  dihydrouridine synthase, DuS  33.22 
 
 		 295 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.918331  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.12 
 
 		 357 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.74 
 
 		 334 aa  162  6e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.64 
 
 		 352 aa  161  1e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.09 
 
 		 379 aa  160  2e-38  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1528  dihydrouridine synthase DuS  32.63 
 
 		 301 aa  160  3e-38  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  decreased coverage  0.0000383307  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.27 
 
 		 346 aa  160  3e-38  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.85 
 
 		 347 aa  160  3e-38  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  33.56 
 
 		 325 aa  159  4e-38  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.72 
 
 		 351 aa  159  6e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.75 
 
 		 328 aa  159  7e-38  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  30.71 
 
 		 325 aa  158  1e-37  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.07 
 
 		 354 aa  158  1e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.17 
 
 		 329 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0158  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.42 
 
 		 305 aa  157  3e-37  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.116258  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  31.19 
 
 		 347 aa  157  3e-37  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  34.59 
 
 		 373 aa  156  4e-37  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0136  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.62 
 
 		 308 aa  156  4e-37  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0118  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.94 
 
 		 308 aa  156  5.0000000000000005e-37  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.93 
 
 		 352 aa  156  5.0000000000000005e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0368  dihydrouridine synthase DuS  32.57 
 
 		 322 aa  155  7e-37  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  30.9 
 
 		 306 aa  155  8e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.88 
 
 		 321 aa  155  9e-37  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.42 
 
 		 326 aa  155  1e-36  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.07 
 
 		 329 aa  154  1e-36  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  30.57 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  32.21 
 
 		 327 aa  154  2e-36  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.22 
 
 		 363 aa  154  2e-36  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.35 
 
 		 337 aa  153  4e-36  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.99 
 
 		 347 aa  153  5e-36  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.26 
 
 		 349 aa  152  5.9999999999999996e-36  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  29.28 
 
 		 333 aa  152  7e-36  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  27.18 
 
 		 327 aa  152  7e-36  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  30.82 
 
 		 334 aa  152  7e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.12 
 
 		 400 aa  152  8.999999999999999e-36  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.11 
 
 		 415 aa  150  2e-35  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.93 
 
 		 348 aa  150  2e-35  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.91 
 
 		 333 aa  151  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.56 
 
 		 351 aa  150  3e-35  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.23 
 
 		 381 aa  150  3e-35  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  28.93 
 
 		 332 aa  149  6e-35  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 		 348 aa  149  7e-35  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.62 
 
 		 388 aa  149  8e-35  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.42 
 
 		 398 aa  148  1.0000000000000001e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1472  dihydrouridine synthase DuS  28.57 
 
 		 318 aa  148  1.0000000000000001e-34  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  31.9 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.21 
 
 		 384 aa  148  1.0000000000000001e-34  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.72 
 
 		 353 aa  147  2.0000000000000003e-34  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  28.71 
 
 		 330 aa  147  2.0000000000000003e-34  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.72 
 
 		 350 aa  147  2.0000000000000003e-34  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.1 
 
 		 327 aa  147  2.0000000000000003e-34  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  30.97 
 
 		 379 aa  147  3e-34  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.53 
 
 		 346 aa  147  4.0000000000000006e-34  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0077  dihydrouridine synthase, DuS  38.08 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.08 
 
 		 333 aa  146  4.0000000000000006e-34  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  38.57 
 
 		 348 aa  146  4.0000000000000006e-34  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  30.31 
 
 		 335 aa  146  5e-34  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  28.87 
 
 		 320 aa  146  6e-34  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  34.78 
 
 		 325 aa  145  6e-34  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.25 
 
 		 343 aa  146  6e-34  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>