More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dde_0389 on replicon NC_007519
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  100 
 
 
378 aa  766    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  64.01 
 
 
449 aa  404  1e-111  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  65.22 
 
 
351 aa  399  9.999999999999999e-111  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  56.21 
 
 
331 aa  358  8e-98  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  49.2 
 
 
324 aa  328  9e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  46.13 
 
 
328 aa  287  2.9999999999999996e-76  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  36.18 
 
 
318 aa  207  2e-52  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.79 
 
 
324 aa  205  1e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.31 
 
 
325 aa  203  4e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  41.61 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.93 
 
 
321 aa  201  9.999999999999999e-51  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  37.05 
 
 
306 aa  201  1.9999999999999998e-50  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 
341 aa  197  2.0000000000000003e-49  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.16 
 
 
330 aa  197  2.0000000000000003e-49  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 
321 aa  197  2.0000000000000003e-49  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  33.77 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  33.77 
 
 
326 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.86 
 
 
342 aa  196  5.000000000000001e-49  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
325 aa  195  9e-49  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 
324 aa  193  4e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.62 
 
 
328 aa  192  8e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.13 
 
 
349 aa  190  2.9999999999999997e-47  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.44 
 
 
322 aa  189  9e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  39.79 
 
 
329 aa  187  3e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.24 
 
 
351 aa  187  3e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 
326 aa  186  4e-46  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.98 
 
 
358 aa  186  6e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.82 
 
 
326 aa  186  8e-46  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  32.46 
 
 
319 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.64 
 
 
322 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  33.77 
 
 
347 aa  185  1.0000000000000001e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  37.58 
 
 
347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 
326 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.63 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  34.19 
 
 
324 aa  180  2.9999999999999997e-44  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.99 
 
 
332 aa  180  4e-44  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.98 
 
 
333 aa  179  7e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
332 aa  179  1e-43  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.89 
 
 
321 aa  178  1e-43  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.2 
 
 
331 aa  178  1e-43  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.35 
 
 
332 aa  179  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.35 
 
 
332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.67 
 
 
332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.35 
 
 
332 aa  177  2e-43  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
335 aa  176  5e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
324 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
324 aa  176  7e-43  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3919  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.38 
 
 
394 aa  175  9.999999999999999e-43  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
332 aa  175  9.999999999999999e-43  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 
320 aa  175  9.999999999999999e-43  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.03 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.07 
 
 
327 aa  173  2.9999999999999996e-42  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  38.8 
 
 
389 aa  173  3.9999999999999995e-42  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.3 
 
 
354 aa  173  5e-42  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  33.44 
 
 
362 aa  172  6.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  32.9 
 
 
333 aa  172  7.999999999999999e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.8 
 
 
335 aa  172  9e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3537  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.69 
 
 
396 aa  171  2e-41  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.193197  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.24 
 
 
346 aa  171  2e-41  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.72 
 
 
379 aa  171  3e-41  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.41 
 
 
357 aa  171  3e-41  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.8 
 
 
335 aa  170  4e-41  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.59 
 
 
335 aa  169  5e-41  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.58 
 
 
354 aa  170  5e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.02 
 
 
329 aa  168  1e-40  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.04 
 
 
335 aa  169  1e-40  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  30.74 
 
 
329 aa  169  1e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.05 
 
 
337 aa  169  1e-40  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.06 
 
 
381 aa  167  2e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.07 
 
 
306 aa  167  2e-40  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  33.55 
 
 
347 aa  168  2e-40  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.89 
 
 
352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.74 
 
 
348 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  32.05 
 
 
335 aa  167  4e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  32.59 
 
 
336 aa  166  5e-40  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.52 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  33.67 
 
 
353 aa  166  6.9999999999999995e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.5 
 
 
370 aa  166  8e-40  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.67 
 
 
353 aa  166  9e-40  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.64 
 
 
398 aa  164  2.0000000000000002e-39  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1667  nifR3 family TIM-barrel protein  37.5 
 
 
455 aa  164  2.0000000000000002e-39  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  33.44 
 
 
351 aa  164  3e-39  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  31.53 
 
 
356 aa  163  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.32 
 
 
329 aa  162  6e-39  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.12 
 
 
318 aa  162  7e-39  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  30.84 
 
 
333 aa  162  8.000000000000001e-39  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.58 
 
 
334 aa  162  9e-39  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.35 
 
 
336 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.35 
 
 
336 aa  162  1e-38  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.07 
 
 
347 aa  162  1e-38  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_11870  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.24 
 
 
419 aa  161  2e-38  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0673914  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.84 
 
 
356 aa  160  3e-38  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 
352 aa  160  3e-38  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.1 
 
 
393 aa  160  3e-38  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0382  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.77 
 
 
355 aa  160  3e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  35.33 
 
 
373 aa  160  3e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.01 
 
 
352 aa  160  4e-38  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  30 
 
 
331 aa  160  4e-38  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>