More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2019 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2019  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
351 aa  709    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2907  dihydrouridine synthase, DuS  69.23 
 
 
449 aa  444  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.182902  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  63.78 
 
 
378 aa  406  1.0000000000000001e-112  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2082  dihydrouridine synthase DuS  58.15 
 
 
331 aa  361  9e-99  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3463  dihydrouridine synthase DuS  48.56 
 
 
324 aa  328  6e-89  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1079  dihydrouridine synthase DuS  46.15 
 
 
328 aa  275  1.0000000000000001e-72  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.224362  normal  0.224142 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.61 
 
 
321 aa  229  7e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.95 
 
 
321 aa  220  1.9999999999999999e-56  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.73 
 
 
324 aa  207  2e-52  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.7 
 
 
326 aa  205  1e-51  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  40.66 
 
 
325 aa  202  7e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.81 
 
 
347 aa  199  5e-50  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.58 
 
 
334 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.92 
 
 
347 aa  197  2.0000000000000003e-49  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
318 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.08 
 
 
325 aa  195  1e-48  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.31 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.31 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  34.41 
 
 
322 aa  189  5e-47  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.29 
 
 
330 aa  187  2e-46  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0828  nifR3 family TIM-barrel protein  34.54 
 
 
306 aa  187  3e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00297059  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0851  NifR3 family TIM-barrel protein  34.54 
 
 
306 aa  187  3e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.256251  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  42.01 
 
 
329 aa  181  1e-44  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  36.22 
 
 
342 aa  181  2e-44  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.77 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  34.1 
 
 
319 aa  179  4.999999999999999e-44  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  37.15 
 
 
324 aa  178  1e-43  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.39 
 
 
358 aa  176  5e-43  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.1 
 
 
322 aa  174  1.9999999999999998e-42  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.41 
 
 
333 aa  173  3.9999999999999995e-42  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.37 
 
 
341 aa  172  5.999999999999999e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.29 
 
 
326 aa  172  6.999999999999999e-42  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.65 
 
 
320 aa  172  1e-41  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.72 
 
 
327 aa  169  5e-41  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.33 
 
 
357 aa  167  2e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.59 
 
 
354 aa  168  2e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  34.69 
 
 
326 aa  167  2e-40  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.13 
 
 
334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2731  NifR3 family TIM-barrel protein  34.69 
 
 
333 aa  167  2.9999999999999998e-40  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00411092  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
337 aa  164  2.0000000000000002e-39  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.14 
 
 
321 aa  164  2.0000000000000002e-39  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 
333 aa  164  2.0000000000000002e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.02 
 
 
352 aa  162  6e-39  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  33.04 
 
 
346 aa  162  9e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.48 
 
 
327 aa  161  2e-38  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 
379 aa  161  2e-38  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.09 
 
 
354 aa  161  2e-38  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.76 
 
 
351 aa  161  2e-38  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.55 
 
 
348 aa  160  3e-38  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3909  nifR3 family TIM-barrel protein  35 
 
 
348 aa  160  3e-38  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.329543  normal  0.406839 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  34.93 
 
 
351 aa  160  3e-38  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.42 
 
 
370 aa  160  4e-38  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  32.09 
 
 
330 aa  159  9e-38  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.65 
 
 
352 aa  159  9e-38  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0247  tRNA-dihydrouridine synthase B  29.28 
 
 
306 aa  158  1e-37  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.244881  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.95 
 
 
329 aa  157  2e-37  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  32.59 
 
 
324 aa  157  3e-37  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.27 
 
 
328 aa  157  3e-37  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  31.35 
 
 
327 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2060  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.72 
 
 
394 aa  156  5.0000000000000005e-37  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.453672 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  37.98 
 
 
334 aa  156  5.0000000000000005e-37  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.77 
 
 
352 aa  156  5.0000000000000005e-37  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.08 
 
 
345 aa  156  6e-37  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  32.33 
 
 
349 aa  156  6e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.61 
 
 
363 aa  156  7e-37  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  31.73 
 
 
356 aa  155  8e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3933  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.94 
 
 
348 aa  155  9e-37  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3847  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.94 
 
 
348 aa  155  1e-36  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.63 
 
 
331 aa  155  1e-36  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1752  dihydrouridine synthase (Dus) superfamily protein  29.61 
 
 
307 aa  155  1e-36  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.0711184  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  30.56 
 
 
332 aa  154  2e-36  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  31.58 
 
 
332 aa  154  2e-36  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  31.48 
 
 
332 aa  153  4e-36  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.48 
 
 
332 aa  153  4e-36  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 
351 aa  153  4e-36  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.03 
 
 
335 aa  153  5e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  33.12 
 
 
334 aa  153  5e-36  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.79 
 
 
350 aa  152  5.9999999999999996e-36  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1679  dihydrouridine synthase DuS  36.82 
 
 
333 aa  152  5.9999999999999996e-36  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0597141 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  32.03 
 
 
335 aa  153  5.9999999999999996e-36  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.9 
 
 
332 aa  152  7e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  32.31 
 
 
347 aa  152  7e-36  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.17 
 
 
332 aa  152  7e-36  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.16 
 
 
318 aa  152  8.999999999999999e-36  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.46 
 
 
332 aa  151  1e-35  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.55 
 
 
329 aa  152  1e-35  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  31.83 
 
 
335 aa  152  1e-35  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0937  phosphoribosylamine--glycine ligase  30.34 
 
 
307 aa  151  1e-35  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.2 
 
 
400 aa  152  1e-35  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.93 
 
 
335 aa  152  1e-35  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  31.46 
 
 
332 aa  151  1e-35  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  31.17 
 
 
324 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.17 
 
 
332 aa  151  2e-35  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.17 
 
 
332 aa  150  2e-35  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  31.49 
 
 
343 aa  151  2e-35  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.33 
 
 
347 aa  151  2e-35  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  31.17 
 
 
324 aa  151  2e-35  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  32.09 
 
 
353 aa  150  2e-35  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.13 
 
 
398 aa  151  2e-35  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.56 
 
 
333 aa  151  2e-35  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>