More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2300 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 
351 aa  717    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  46.61 
 
 
370 aa  312  5.999999999999999e-84  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  47.94 
 
 
362 aa  310  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.07 
 
 
347 aa  239  5.999999999999999e-62  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.75 
 
 
328 aa  236  5.0000000000000005e-61  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  40.19 
 
 
319 aa  234  2.0000000000000002e-60  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.18 
 
 
322 aa  228  2e-58  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 
321 aa  227  2e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.88 
 
 
322 aa  226  4e-58  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.55 
 
 
320 aa  225  1e-57  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  39.55 
 
 
325 aa  222  7e-57  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  39.27 
 
 
333 aa  221  9.999999999999999e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.95 
 
 
351 aa  219  6e-56  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.86 
 
 
333 aa  218  1e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.03 
 
 
332 aa  217  2e-55  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.03 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.89 
 
 
321 aa  216  4e-55  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  39.49 
 
 
326 aa  216  4e-55  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.03 
 
 
332 aa  216  4e-55  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
318 aa  216  5e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.03 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  216  5.9999999999999996e-55  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  37.7 
 
 
325 aa  216  5.9999999999999996e-55  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  215  8e-55  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  37.38 
 
 
332 aa  215  9.999999999999999e-55  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  40.13 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
324 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.03 
 
 
332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  41.22 
 
 
325 aa  213  4.9999999999999996e-54  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.37 
 
 
370 aa  211  2e-53  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.9 
 
 
326 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.9 
 
 
326 aa  210  2e-53  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.2 
 
 
321 aa  209  4e-53  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  35 
 
 
317 aa  207  2e-52  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.18 
 
 
352 aa  207  3e-52  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.34 
 
 
325 aa  205  8e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.93 
 
 
357 aa  205  1e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.59 
 
 
333 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.9 
 
 
343 aa  204  2e-51  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.56 
 
 
324 aa  202  9e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 
353 aa  201  9.999999999999999e-51  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.75 
 
 
333 aa  202  9.999999999999999e-51  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.45 
 
 
327 aa  200  1.9999999999999998e-50  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  35.69 
 
 
334 aa  200  3e-50  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.54 
 
 
335 aa  200  3e-50  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.54 
 
 
317 aa  200  3.9999999999999996e-50  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.23 
 
 
358 aa  199  5e-50  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  34.62 
 
 
320 aa  199  7.999999999999999e-50  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  37.25 
 
 
342 aa  199  7.999999999999999e-50  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.4 
 
 
345 aa  197  2.0000000000000003e-49  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 
350 aa  197  3e-49  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.91 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  38.89 
 
 
353 aa  196  6e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  40.45 
 
 
356 aa  194  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.99 
 
 
337 aa  195  1e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  35.01 
 
 
351 aa  195  1e-48  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.85 
 
 
353 aa  194  2e-48  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.61 
 
 
350 aa  194  2e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  40.21 
 
 
332 aa  193  3e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  40.21 
 
 
332 aa  193  5e-48  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  40.85 
 
 
353 aa  192  6e-48  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.6 
 
 
337 aa  192  8e-48  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.37 
 
 
347 aa  192  9e-48  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.03 
 
 
346 aa  191  1e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.77 
 
 
331 aa  191  1e-47  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  37.29 
 
 
332 aa  191  1e-47  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  36.36 
 
 
362 aa  191  2e-47  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  37.62 
 
 
327 aa  191  2e-47  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.6 
 
 
327 aa  191  2e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.74 
 
 
348 aa  191  2e-47  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.62 
 
 
381 aa  190  2.9999999999999997e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.33 
 
 
352 aa  190  2.9999999999999997e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.03 
 
 
337 aa  189  5.999999999999999e-47  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.53 
 
 
415 aa  189  7e-47  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  36.31 
 
 
373 aa  188  1e-46  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  39.36 
 
 
334 aa  188  1e-46  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  38.18 
 
 
347 aa  188  1e-46  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  32.4 
 
 
332 aa  187  2e-46  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  36.76 
 
 
355 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  38.97 
 
 
356 aa  188  2e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.79 
 
 
343 aa  187  3e-46  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.5 
 
 
356 aa  187  3e-46  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.32 
 
 
334 aa  187  3e-46  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.63 
 
 
320 aa  186  4e-46  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.79 
 
 
343 aa  186  4e-46  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.29 
 
 
354 aa  186  5e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1169  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.54 
 
 
318 aa  186  5e-46  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.56 
 
 
400 aa  186  5e-46  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.69 
 
 
327 aa  186  6e-46  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  38.51 
 
 
336 aa  186  6e-46  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.53 
 
 
343 aa  185  9e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.83 
 
 
329 aa  185  1.0000000000000001e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1325  nifR3 family TIM-barrel protein  35.05 
 
 
334 aa  184  1.0000000000000001e-45  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.544118  normal  0.772005 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  38.95 
 
 
337 aa  185  1.0000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.99 
 
 
336 aa  184  2.0000000000000003e-45  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  36.54 
 
 
355 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.44 
 
 
352 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>