More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0199 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0199  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
362 aa  737    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.94 
 
 
351 aa  310  2e-83  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  45.38 
 
 
370 aa  308  6.999999999999999e-83  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.3 
 
 
322 aa  215  9.999999999999999e-55  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.17 
 
 
319 aa  211  2e-53  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  37.54 
 
 
347 aa  201  9.999999999999999e-51  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  40.75 
 
 
322 aa  201  1.9999999999999998e-50  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  36.45 
 
 
325 aa  199  7e-50  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.81 
 
 
320 aa  197  2.0000000000000003e-49  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.33 
 
 
370 aa  197  2.0000000000000003e-49  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  37.04 
 
 
362 aa  196  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1088  nifR3 family TIM-barrel protein  40 
 
 
337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.267708  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.74 
 
 
317 aa  196  6e-49  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.92 
 
 
317 aa  195  9e-49  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.87 
 
 
332 aa  195  9e-49  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  40.56 
 
 
327 aa  194  1e-48  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  35.71 
 
 
324 aa  195  1e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.28 
 
 
333 aa  195  1e-48  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.45 
 
 
325 aa  194  2e-48  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.97 
 
 
326 aa  194  2e-48  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.43 
 
 
326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.43 
 
 
326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.13 
 
 
335 aa  191  1e-47  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 
332 aa  191  2e-47  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.64 
 
 
335 aa  191  2e-47  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  37.85 
 
 
318 aa  191  2e-47  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.28 
 
 
343 aa  191  2.9999999999999997e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.77 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  36.83 
 
 
333 aa  189  4e-47  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  33.54 
 
 
320 aa  190  4e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.38 
 
 
351 aa  190  4e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  36.34 
 
 
353 aa  189  5.999999999999999e-47  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  38.11 
 
 
333 aa  189  7e-47  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.77 
 
 
332 aa  189  8e-47  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.57 
 
 
325 aa  189  9e-47  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  38.04 
 
 
332 aa  189  9e-47  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2132  nitrogen regulation protein  40.13 
 
 
332 aa  189  9e-47  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.296899  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  36.53 
 
 
356 aa  188  1e-46  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.34 
 
 
353 aa  188  1e-46  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.14 
 
 
352 aa  188  1e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.64 
 
 
328 aa  187  2e-46  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.96 
 
 
332 aa  187  2e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
333 aa  187  2e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
332 aa  187  3e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
332 aa  187  3e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.41 
 
 
332 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.41 
 
 
332 aa  187  3e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  34.19 
 
 
335 aa  187  3e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  36.08 
 
 
334 aa  187  3e-46  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.41 
 
 
332 aa  187  4e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.33 
 
 
337 aa  186  5e-46  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.65 
 
 
335 aa  186  7e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  37.54 
 
 
350 aa  185  8e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  34.52 
 
 
308 aa  186  8e-46  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.04 
 
 
324 aa  185  9e-46  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  38.04 
 
 
324 aa  185  9e-46  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.45 
 
 
321 aa  185  1.0000000000000001e-45  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.63 
 
 
331 aa  184  1.0000000000000001e-45  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.54 
 
 
349 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.72 
 
 
332 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.39 
 
 
332 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3027  nifR3 family TIM-barrel protein  37.24 
 
 
348 aa  183  3e-45  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.362905 
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  36.07 
 
 
331 aa  183  4.0000000000000006e-45  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.11 
 
 
321 aa  182  7e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  36.01 
 
 
346 aa  182  7e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1617  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.75 
 
 
315 aa  181  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 
351 aa  181  1e-44  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.74 
 
 
332 aa  181  2e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.41 
 
 
332 aa  181  2e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1810  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.4 
 
 
338 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.752321  hitchhiker  0.00592071 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.62 
 
 
388 aa  180  2.9999999999999997e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.33 
 
 
322 aa  180  2.9999999999999997e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.71 
 
 
321 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.75 
 
 
335 aa  181  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.98 
 
 
323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0894  nifR3 family TIM-barrel protein  35.44 
 
 
353 aa  180  4e-44  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.421594 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.29 
 
 
320 aa  180  4e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1691  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.62 
 
 
333 aa  180  4e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.01 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  35.78 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.94 
 
 
350 aa  179  8e-44  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.34 
 
 
330 aa  179  9e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2418  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 
336 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.875829  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2368  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.5 
 
 
336 aa  178  1e-43  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2032  nifR3 family TIM-barrel protein  38.14 
 
 
353 aa  177  2e-43  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.46 
 
 
337 aa  178  2e-43  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  42.24 
 
 
334 aa  177  2e-43  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 
353 aa  177  2e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.64 
 
 
333 aa  178  2e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
355 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
355 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  37.16 
 
 
349 aa  177  3e-43  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
355 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.46 
 
 
355 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  35.46 
 
 
355 aa  176  5e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.19 
 
 
321 aa  176  5e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.27 
 
 
356 aa  176  8e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.46 
 
 
355 aa  175  9e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.01 
 
 
356 aa  175  9.999999999999999e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.87 
 
 
327 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>