More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cwoe_1679 on replicon NC_013739
Organism: Conexibacter woesei DSM 14684



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013739  Cwoe_1679  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
333 aa  666    Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.0597141 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.22 
 
 
327 aa  209  6e-53  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.06 
 
 
326 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.06 
 
 
326 aa  208  1e-52  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.44 
 
 
328 aa  205  8e-52  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.38 
 
 
347 aa  199  7e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.51 
 
 
322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  35.56 
 
 
319 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  35.16 
 
 
318 aa  197  3e-49  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.16 
 
 
326 aa  193  3e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  34.71 
 
 
324 aa  192  5e-48  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
322 aa  192  7e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  39.81 
 
 
325 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.03 
 
 
320 aa  190  2.9999999999999997e-47  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.64 
 
 
323 aa  186  4e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.02 
 
 
333 aa  186  5e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  33.64 
 
 
334 aa  185  1.0000000000000001e-45  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.71 
 
 
333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  34.44 
 
 
336 aa  183  4.0000000000000006e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  35.11 
 
 
335 aa  183  4.0000000000000006e-45  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0454  putative TIM-barrel protein, nifR3 family protein  33.44 
 
 
320 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.0000000230608  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  35.63 
 
 
325 aa  183  5.0000000000000004e-45  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.14 
 
 
325 aa  182  8.000000000000001e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  34.17 
 
 
332 aa  182  8.000000000000001e-45  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.48 
 
 
343 aa  182  8.000000000000001e-45  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  36.42 
 
 
332 aa  182  9.000000000000001e-45  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  36.42 
 
 
332 aa  181  1e-44  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.5 
 
 
343 aa  181  2e-44  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  34.6 
 
 
347 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4632  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.2 
 
 
352 aa  179  5.999999999999999e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  34.08 
 
 
343 aa  179  8e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  36.13 
 
 
322 aa  178  9e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.11 
 
 
324 aa  178  1e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.11 
 
 
321 aa  178  1e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  33.01 
 
 
333 aa  177  3e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.14 
 
 
356 aa  177  3e-43  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.12 
 
 
325 aa  177  3e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.95 
 
 
328 aa  177  3e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  30.48 
 
 
320 aa  176  4e-43  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3887  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.81 
 
 
322 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000216775  hitchhiker  0.0000134738 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3939  nifR3 family TIM-barrel protein  34.81 
 
 
322 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.000000494088  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4080  NifR3 family TIM-barrel protein  34.81 
 
 
322 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00000239113  decreased coverage  0.00475521 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3964  nifR3 family TIM-barrel protein  34.81 
 
 
322 aa  176  4e-43  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000000000968701  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.99 
 
 
363 aa  176  7e-43  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0445  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.46 
 
 
322 aa  176  7e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000152787  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3443  nifR3 family TIM-barrel protein  34.38 
 
 
322 aa  175  9e-43  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000354075  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.67 
 
 
332 aa  175  9e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0330  nifR3 family TIM-barrel protein  34.58 
 
 
322 aa  175  9.999999999999999e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000590766  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  34.97 
 
 
332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  35.24 
 
 
346 aa  174  1.9999999999999998e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.8 
 
 
321 aa  174  1.9999999999999998e-42  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0486  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.28 
 
 
349 aa  174  1.9999999999999998e-42  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.322673  normal  0.029488 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.93 
 
 
330 aa  173  3.9999999999999995e-42  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.18 
 
 
327 aa  173  3.9999999999999995e-42  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.96 
 
 
332 aa  172  6.999999999999999e-42  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  34.23 
 
 
338 aa  171  1e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1563  NifR3 family TIM-barrel protein  34.69 
 
 
356 aa  171  1e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.526458 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.86 
 
 
321 aa  172  1e-41  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0394  hypothetical protein  32.48 
 
 
322 aa  171  2e-41  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.44 
 
 
325 aa  171  2e-41  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  32.54 
 
 
342 aa  171  2e-41  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0400  nifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 
322 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000000147464  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3625  nifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 
322 aa  171  2e-41  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000178028  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0399  nifR3 family TIM-barrel protein  32.8 
 
 
322 aa  171  2e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000108898  normal  0.147817 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.23 
 
 
337 aa  170  3e-41  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2456  dihydrouridine synthase  34.28 
 
 
350 aa  170  4e-41  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.69 
 
 
332 aa  170  4e-41  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.85 
 
 
381 aa  170  4e-41  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.98 
 
 
322 aa  170  4e-41  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3215  tRNA-dihydrouridine synthase  34.01 
 
 
319 aa  169  5e-41  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.618108 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  37.2 
 
 
334 aa  169  6e-41  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.07 
 
 
355 aa  169  7e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2909  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 
353 aa  169  8e-41  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0237  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.81 
 
 
321 aa  168  1e-40  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.76 
 
 
321 aa  168  1e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3586  nifR3 family TIM-barrel protein  35.6 
 
 
353 aa  168  1e-40  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.459705 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.08 
 
 
321 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.08 
 
 
321 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  33.03 
 
 
333 aa  168  1e-40  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.37 
 
 
332 aa  167  2e-40  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.37 
 
 
332 aa  167  2e-40  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0505  NifR3 family TIM-barrel protein  33.23 
 
 
322 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000101066  normal  0.0204748 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  31.37 
 
 
332 aa  167  2.9999999999999998e-40  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0241  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.81 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.55 
 
 
343 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3846  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.71 
 
 
321 aa  167  2.9999999999999998e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.123531  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0390  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
322 aa  166  4e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000000241249  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.33 
 
 
346 aa  166  4e-40  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00174  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.23 
 
 
331 aa  166  5e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4118  nifR3 family TIM-barrel protein  33.54 
 
 
322 aa  166  5e-40  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000169739  hitchhiker  0.00096101 
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2154  dihydrouridine synthase, DuS  35.66 
 
 
318 aa  166  5e-40  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  decreased coverage  0.000009638  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  34.36 
 
 
337 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  34.36 
 
 
337 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.05 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  32.05 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.05 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.05 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.37 
 
 
332 aa  166  5.9999999999999996e-40  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.65 
 
 
357 aa  166  5.9999999999999996e-40  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>