More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ccur_07710 on replicon NC_013170
Organism: Cryptobacterium curtum DSM 15641



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013170  Ccur_07710  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  100 
 
 		 331 aa  676    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  0.829113 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  60.76 
 
 		 330 aa  367  1e-100  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  52.96 
 
 		 341 aa  315  7e-85  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.87 
 
 		 321 aa  257  2e-67  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  47.08 
 
 		 328 aa  256  4e-67  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  42.95 
 
 		 322 aa  245  9e-64  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.86 
 
 		 321 aa  243  3e-63  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  43.61 
 
 		 319 aa  239  4e-62  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  41.21 
 
 		 324 aa  239  4e-62  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0800  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.69 
 
 		 363 aa  239  5e-62  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.873611  normal  0.99103 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  42.38 
 
 		 333 aa  238  8e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  41.37 
 
 		 347 aa  237  2e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  40.68 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  40.68 
 
 		 326 aa  237  2e-61  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.92 
 
 		 320 aa  235  7e-61  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.39 
 
 		 322 aa  229  4e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  46.25 
 
 		 334 aa  228  1e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.83 
 
 		 321 aa  228  1e-58  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  41.69 
 
 		 347 aa  227  3e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.5 
 
 		 325 aa  224  2e-57  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  42.95 
 
 		 325 aa  221  9e-57  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.18 
 
 		 324 aa  219  6e-56  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  40.58 
 
 		 318 aa  217  2.9999999999999998e-55  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0127  nifR3 family TIM-barrel protein  46.73 
 
 		 334 aa  216  5e-55  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.000167707  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.08 
 
 		 327 aa  213  2.9999999999999995e-54  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.39 
 
 		 326 aa  212  7.999999999999999e-54  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  39.6 
 
 		 342 aa  212  9e-54  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.52 
 
 		 333 aa  210  3e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_16990  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  39.25 
 
 		 415 aa  209  4e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.56447  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  42.37 
 
 		 332 aa  208  1e-52  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  40.58 
 
 		 332 aa  207  1e-52  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4974  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.63 
 
 		 398 aa  207  2e-52  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.03 
 
 		 328 aa  207  2e-52  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  43.43 
 
 		 333 aa  206  4e-52  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  38.51 
 
 		 332 aa  206  5e-52  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  38.98 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  39.67 
 
 		 332 aa  204  2e-51  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.25 
 
 		 326 aa  204  2e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.3 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.3 
 
 		 332 aa  203  4e-51  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  39.3 
 
 		 324 aa  203  4e-51  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  39.3 
 
 		 332 aa  202  4e-51  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.5 
 
 		 354 aa  202  6e-51  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  39.62 
 
 		 332 aa  202  6e-51  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.5 
 
 		 327 aa  201  9.999999999999999e-51  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6005  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.05 
 
 		 348 aa  200  3.9999999999999996e-50  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  34.3 
 
 		 325 aa  199  5e-50  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0626  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 		 326 aa  199  5e-50  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  37.67 
 
 		 343 aa  199  7e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  37.46 
 
 		 406 aa  198  9e-50  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1670  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.39 
 
 		 400 aa  197  1.0000000000000001e-49  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  41.91 
 
 		 352 aa  196  3e-49  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.33 
 
 		 343 aa  196  6e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.95 
 
 		 358 aa  195  9e-49  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.02 
 
 		 332 aa  194  1e-48  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0645  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.96 
 
 		 350 aa  194  3e-48  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.446085  normal  0.634764 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.76 
 
 		 335 aa  193  3e-48  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7030  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.14 
 
 		 379 aa  194  3e-48  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.417643 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  39.46 
 
 		 351 aa  193  3e-48  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3447  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.48 
 
 		 337 aa  193  3e-48  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_10981  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  36.94 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  34.48 
 
 		 335 aa  193  4e-48  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40 
 
 		 388 aa  193  4e-48  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3612  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.59 
 
 		 357 aa  192  6e-48  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.807702  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.76 
 
 		 323 aa  192  8e-48  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1019  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.48 
 
 		 335 aa  192  9e-48  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.192901  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  39.06 
 
 		 332 aa  191  1e-47  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1724  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.67 
 
 		 330 aa  192  1e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.09 
 
 		 320 aa  191  1e-47  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.31 
 
 		 331 aa  191  1e-47  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  40.19 
 
 		 379 aa  191  1e-47  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2236  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  40.43 
 
 		 347 aa  191  2e-47  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.64486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.5 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_04411  tRNA-dihydrouridine synthase  36.67 
 
 		 330 aa  190  2.9999999999999997e-47  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.324632  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1942  nifR3 family TIM-barrel protein  38.34 
 
 		 386 aa  190  2.9999999999999997e-47  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.439583  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.23 
 
 		 329 aa  189  5e-47  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10838  transcriptional regulator  40.06 
 
 		 389 aa  189  5e-47  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.000011847  hitchhiker  0.0000346308 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1530  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.66 
 
 		 380 aa  189  5.999999999999999e-47  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.85935  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  37.77 
 
 		 373 aa  189  8e-47  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.73 
 
 		 337 aa  189  8e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 393 aa  189  8e-47  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  36.96 
 
 		 320 aa  188  9e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.4 
 
 		 353 aa  188  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.27 
 
 		 348 aa  188  9e-47  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  35.33 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2449  TIM-barrel protein  37.78 
 
 		 351 aa  188  1e-46  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.102177  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1587  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.8 
 
 		 334 aa  188  1e-46  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.65246  normal  0.28847 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3665  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.49 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.97 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.46 
 
 		 356 aa  188  1e-46  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_06240  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  38.05 
 
 		 436 aa  188  1e-46  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1363  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  38.18 
 
 		 328 aa  188  1e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.511706  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2300  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.35 
 
 		 351 aa  188  1e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0905985  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  37.3 
 
 		 329 aa  188  1e-46  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  33.66 
 
 		 325 aa  187  2e-46  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  35.65 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3699  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.7 
 
 		 321 aa  187  2e-46  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.426337  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>