More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bmur_0286 on replicon NC_014150
Organism: Brachyspira murdochii DSM 12563



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014150  Bmur_0286  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 		 324 aa  661    Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.902686  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.25 
 
 		 322 aa  221  9e-57  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  39.13 
 
 		 319 aa  219  3.9999999999999997e-56  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.95 
 
 		 358 aa  204  2e-51  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 325 aa  198  1.0000000000000001e-49  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 320 aa  194  2e-48  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 		 333 aa  191  2e-47  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2343  TIM-barrel protein, nifR3 family  42.08 
 
 		 328 aa  191  2e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  33.44 
 
 		 335 aa  190  2e-47  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.36 
 
 		 327 aa  190  2.9999999999999997e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.71 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 		 322 aa  189  4e-47  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.58 
 
 		 334 aa  189  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.54 
 
 		 328 aa  189  4e-47  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  37.5 
 
 		 325 aa  189  5.999999999999999e-47  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  36.27 
 
 		 326 aa  188  9e-47  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  36.27 
 
 		 326 aa  188  9e-47  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  34.62 
 
 		 318 aa  188  1e-46  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  34.24 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.81 
 
 		 354 aa  187  2e-46  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.18 
 
 		 330 aa  187  3e-46  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  34.41 
 
 		 336 aa  186  5e-46  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1875  nifR3 family TIM-barrel protein  38.1 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.347558  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.81 
 
 		 353 aa  184  1.0000000000000001e-45  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  36.11 
 
 		 327 aa  184  1.0000000000000001e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.11 
 
 		 351 aa  184  1.0000000000000001e-45  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 		 329 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  41.84 
 
 		 347 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.35 
 
 		 333 aa  184  2.0000000000000003e-45  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.46 
 
 		 332 aa  183  3e-45  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.6 
 
 		 327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0534  NifR3 family TIM-barrel protein  32.29 
 
 		 346 aa  182  9.000000000000001e-45  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0489  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.64 
 
 		 356 aa  181  1e-44  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.636322  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.98 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.95 
 
 		 381 aa  181  1e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  34.67 
 
 		 332 aa  181  1e-44  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  34.68 
 
 		 325 aa  181  2e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  36.59 
 
 		 324 aa  181  2e-44  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  35.19 
 
 		 357 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  31.86 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0389  dihydrouridine synthase family protein  34.19 
 
 		 378 aa  180  2.9999999999999997e-44  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  34.95 
 
 		 329 aa  180  2.9999999999999997e-44  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.17 
 
 		 343 aa  179  4e-44  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.96 
 
 		 345 aa  180  4e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.91 
 
 		 347 aa  179  4.999999999999999e-44  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  35.59 
 
 		 337 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  32.21 
 
 		 347 aa  179  7e-44  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.4 
 
 		 330 aa  179  7e-44  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3779  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.25 
 
 		 355 aa  179  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3790  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.9 
 
 		 352 aa  179  8e-44  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.315896  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.98 
 
 		 354 aa  178  1e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.51 
 
 		 343 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  35.23 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0660  NifR3 family TIM-barrel protein  34.25 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0642  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.91 
 
 		 356 aa  177  2e-43  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.34 
 
 		 324 aa  177  2e-43  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  43.95 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  33.9 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0018  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.14 
 
 		 335 aa  177  2e-43  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.380372  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0209  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.25 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  35.23 
 
 		 337 aa  177  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0693  nifR3 family TIM-barrel protein  34.25 
 
 		 355 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.32 
 
 		 329 aa  177  2e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.15 
 
 		 354 aa  177  2e-43  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0612  NifR3 family TIM-barrel protein  34.49 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.170389 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  34.72 
 
 		 332 aa  176  3e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  34.67 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.37 
 
 		 321 aa  177  3e-43  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0586  nifR3 family TIM-barrel protein  34.25 
 
 		 355 aa  177  3e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.153913  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  35.23 
 
 		 337 aa  176  4e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.02 
 
 		 347 aa  176  4e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.53 
 
 		 325 aa  176  4e-43  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0210  tRNA-dihydrouridine synthase B  38.25 
 
 		 308 aa  176  4e-43  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  33.68 
 
 		 322 aa  176  5e-43  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.79 
 
 		 346 aa  176  5e-43  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.82 
 
 		 332 aa  176  7e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  34.25 
 
 		 354 aa  175  8e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.64 
 
 		 348 aa  175  9e-43  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.91 
 
 		 321 aa  175  9e-43  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.05 
 
 		 388 aa  175  9e-43  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0506  NIFR3-like protein  34.86 
 
 		 356 aa  174  9.999999999999999e-43  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.973131  normal  0.138015 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  35.16 
 
 		 333 aa  175  9.999999999999999e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  34.93 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0550  NifR3/Smm1 family protein  34.75 
 
 		 338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.000498133  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  34.93 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  32.51 
 
 		 332 aa  174  1.9999999999999998e-42  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.38 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1440  nifR3 family TIM-barrel protein  34.23 
 
 		 356 aa  174  1.9999999999999998e-42  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0100604  hitchhiker  0.0000369781 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  32.51 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.92 
 
 		 332 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  32.92 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  32.51 
 
 		 332 aa  174  2.9999999999999996e-42  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.73 
 
 		 341 aa  173  2.9999999999999996e-42  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3339  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.01 
 
 		 354 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.024636 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_10941  nitrogen regulation protein NifR3 family-like protein  33.33 
 
 		 335 aa  173  3.9999999999999995e-42  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.48953  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>