More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Emin_1472 on replicon NC_010644
Organism: Elusimicrobium minutum Pei191



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010644  Emin_1472  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
318 aa  632  1e-180  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  40.06 
 
 
328 aa  220  3e-56  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.17 
 
 
320 aa  212  7.999999999999999e-54  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64180  hypothetical protein  38.56 
 
 
332 aa  211  9e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5572  hypothetical protein  38.56 
 
 
332 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.06 
 
 
322 aa  210  3e-53  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  37.14 
 
 
322 aa  205  8e-52  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  36.96 
 
 
325 aa  200  1.9999999999999998e-50  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  35.87 
 
 
332 aa  200  3e-50  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  37.05 
 
 
335 aa  197  2.0000000000000003e-49  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.96 
 
 
322 aa  197  2.0000000000000003e-49  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  38.18 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4695  nifR3 family TIM-barrel protein  38.24 
 
 
337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.05 
 
 
332 aa  196  5.000000000000001e-49  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4820  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 
337 aa  194  1e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  36.84 
 
 
343 aa  194  1e-48  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0351  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.11 
 
 
343 aa  194  2e-48  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.175072 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.96 
 
 
343 aa  194  2e-48  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4873  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 
337 aa  194  2e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  36.16 
 
 
332 aa  193  3e-48  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  35 
 
 
331 aa  193  3e-48  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4610  NifR3 family TIM-barrel protein  37.93 
 
 
337 aa  192  5e-48  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.51242  normal  0.0845933 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0808  cell division protein, FtsL -like  35.71 
 
 
336 aa  192  6e-48  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.648535  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.33 
 
 
327 aa  191  1e-47  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0615  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  37.62 
 
 
336 aa  191  2e-47  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.150397  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  37.42 
 
 
319 aa  191  2e-47  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.08 
 
 
347 aa  189  4e-47  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.13 
 
 
354 aa  189  5.999999999999999e-47  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3225  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.74 
 
 
323 aa  189  5.999999999999999e-47  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000851136  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.62 
 
 
337 aa  188  9e-47  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  35.53 
 
 
332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  36.68 
 
 
332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  35.53 
 
 
332 aa  188  1e-46  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.99 
 
 
358 aa  188  1e-46  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2287  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.45 
 
 
343 aa  188  1e-46  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  34.82 
 
 
347 aa  188  1e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.76 
 
 
352 aa  188  1e-46  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0231  putative transcriptional regulator  35.71 
 
 
325 aa  188  1e-46  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  33.12 
 
 
332 aa  187  2e-46  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  35.53 
 
 
332 aa  187  2e-46  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.67 
 
 
332 aa  187  2e-46  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1252  dihydrouridine synthase  35.62 
 
 
355 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  36.68 
 
 
332 aa  187  2e-46  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4864  TIM-barrel protein, putative, NifR3 family  37.5 
 
 
337 aa  186  3e-46  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  34.38 
 
 
325 aa  186  4e-46  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2551  NifR3 family TIM-barrel protein  34.89 
 
 
357 aa  186  4e-46  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.344775  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.45 
 
 
393 aa  186  6e-46  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.91 
 
 
332 aa  186  6e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  33.33 
 
 
333 aa  185  8e-46  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  33.75 
 
 
322 aa  185  8e-46  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.71 
 
 
348 aa  185  9e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.59 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  34.91 
 
 
332 aa  184  1.0000000000000001e-45  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  35.47 
 
 
326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  35.47 
 
 
326 aa  185  1.0000000000000001e-45  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.58 
 
 
326 aa  184  1.0000000000000001e-45  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  36.39 
 
 
346 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  35.81 
 
 
324 aa  184  2.0000000000000003e-45  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0953  nifR3 family TIM-barrel protein  36.22 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000000354539  hitchhiker  0.0013853 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.91 
 
 
333 aa  183  3e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.7 
 
 
321 aa  183  3e-45  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  32.2 
 
 
333 aa  183  3e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1825  NifR3/Smm1 family protein  36.96 
 
 
325 aa  183  4.0000000000000006e-45  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3688  tRNA-dihydrouridine synthase B  36.33 
 
 
321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.51601  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.02 
 
 
321 aa  183  4.0000000000000006e-45  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  34.9 
 
 
327 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1211  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.62 
 
 
355 aa  182  7e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000054155  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4404  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.05 
 
 
337 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.558017  normal  0.835067 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0386  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.62 
 
 
321 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000000879086  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  34.76 
 
 
330 aa  181  1e-44  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0453  tRNA-dihydrouridine synthase B  37.62 
 
 
321 aa  181  1e-44  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  decreased coverage  0.000154281  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0710  nifR3 family TIM-barrel protein  36.28 
 
 
332 aa  181  1e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  33.23 
 
 
373 aa  181  1e-44  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.22 
 
 
325 aa  180  2e-44  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  36.08 
 
 
326 aa  180  2e-44  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  34.38 
 
 
333 aa  181  2e-44  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0169584  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2691  NifR3 family TIM-barrel protein  35.31 
 
 
354 aa  181  2e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  34.7 
 
 
388 aa  181  2e-44  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1445  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.31 
 
 
346 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.92 
 
 
354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.09 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.84 
 
 
327 aa  180  2.9999999999999997e-44  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0429  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.27 
 
 
381 aa  179  4e-44  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.244047  normal  0.096876 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03118  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.220754  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0446  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000559244  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4577  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000029753  normal  0.0792821 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03069  hypothetical protein  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.249652  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3555  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000000446962  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0446  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000179057  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2358  dihydrouridine synthase  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3745  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000491919  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3401  dihydrouridine synthase  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.65899  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3360  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0272  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  33.33 
 
 
331 aa  179  4.999999999999999e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3453  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  1.247e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3643  tRNA-dihydrouridine synthase B  35.64 
 
 
321 aa  179  4.999999999999999e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000124193  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1133  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2538  tRNA-dihydrouridine synthase B  34.69 
 
 
354 aa  179  4.999999999999999e-44  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.488207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>