More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_3680 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_3680  dihydrouridine synthase DuS  100 
 
 
322 aa  652    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0425  NifR3 family TIM-barrel protein  38.68 
 
 
324 aa  230  2e-59  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.0176336  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0914  nifR3 family TIM-barrel protein  36 
 
 
347 aa  214  1.9999999999999998e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.106236  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2561  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.51 
 
 
324 aa  212  5.999999999999999e-54  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000534823 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2807  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.92 
 
 
321 aa  211  1e-53  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.100428  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1005  dihydrouridine synthase family protein  35.31 
 
 
325 aa  209  4e-53  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.667167  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2942  TIM-barrel protein, nifR3 family  34.7 
 
 
320 aa  208  8e-53  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.000172076  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0154  TIM-barrel protein, nifR3 family  39.31 
 
 
351 aa  208  1e-52  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.386223  normal  0.0859714 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2788  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.54 
 
 
325 aa  207  3e-52  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00335838  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1403  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.65 
 
 
321 aa  203  4e-51  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000126451 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0247  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.75 
 
 
322 aa  201  9.999999999999999e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.0897176  normal  0.676091 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0074  TIM-barrel protein, nifR3 family  35.55 
 
 
333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0864  nifR3 family TIM-barrel protein  38.49 
 
 
349 aa  196  5.000000000000001e-49  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  33.76 
 
 
332 aa  195  9e-49  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2083  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.75 
 
 
328 aa  194  1e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2685  nifR3 family TIM-barrel protein  39.43 
 
 
322 aa  195  1e-48  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00000366446  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2783  putative dihydrouridine synthase  34.2 
 
 
326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2469  putative dihydrouridine synthase  34.2 
 
 
326 aa  193  4e-48  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3077  nifR3 family TIM-barrel protein  33.97 
 
 
329 aa  192  6e-48  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_2184  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.83 
 
 
346 aa  191  1e-47  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.067096  normal  0.397805 
 
 
-
 
NC_002978  WD0025  NifR3 family protein  33.12 
 
 
320 aa  190  2e-47  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0074  NifR3 family TIM-barrel protein  33.99 
 
 
332 aa  190  2e-47  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0087  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.99 
 
 
332 aa  190  2e-47  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.811614  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.99 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0071  NifR3 family TIM-barrel protein  33.99 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0084  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.99 
 
 
332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000319456 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1867  TIM-barrel protein, nifR3 family  37.11 
 
 
326 aa  190  2.9999999999999997e-47  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.712125  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0935  NifR3 family TIM-barrel protein  34.91 
 
 
370 aa  189  4e-47  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.489775  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1992  dihydrouridine synthase  34.88 
 
 
342 aa  189  7e-47  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0112  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.5 
 
 
327 aa  189  8e-47  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.518902  hitchhiker  0.000116577 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1464  nifR3 family TIM-barrel protein  34.48 
 
 
362 aa  187  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00679382  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1277  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  35.6 
 
 
332 aa  188  1e-46  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.360448  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0071  nifR3 family TIM-barrel protein  34.6 
 
 
332 aa  187  2e-46  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006055  Mfl029  tRNA dihydrouridine synthetase  33.44 
 
 
325 aa  187  3e-46  Mesoplasma florum L1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0083  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.66 
 
 
332 aa  186  3e-46  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.419375  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5233  putative TIM-barrel protein, NifR3 family  33.33 
 
 
332 aa  187  3e-46  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.471264  hitchhiker  0.000000472201 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0273  nifR3 family TIM-barrel protein  32.27 
 
 
347 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0316  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.17 
 
 
317 aa  186  5e-46  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.932941  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0242  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  34.54 
 
 
348 aa  185  9e-46  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0191961  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0661  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.94 
 
 
354 aa  184  2.0000000000000003e-45  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.618567 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0172  nifR3 family TIM-barrel protein  33.02 
 
 
319 aa  184  2.0000000000000003e-45  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000224205  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2866  nifR3 family TIM-barrel protein  32.59 
 
 
326 aa  183  4.0000000000000006e-45  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000362833  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1650  TIM-barrel protein, nifR3 family  41.7 
 
 
330 aa  182  6e-45  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.464846  normal  0.0220296 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0110  nifR3 family TIM-barrel protein  33.11 
 
 
318 aa  181  1e-44  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000348489  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.45 
 
 
324 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0403  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.71 
 
 
358 aa  180  2e-44  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  decreased coverage  0.00000189855  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0075  NifR3 family TIM-barrel protein  33.45 
 
 
324 aa  181  2e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0565  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.68 
 
 
327 aa  180  4e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  decreased coverage  0.00000409979  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0373  putative tRNA-dihydrouridine synthase  32.06 
 
 
331 aa  179  4.999999999999999e-44  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_0818  hypothetical protein  31.76 
 
 
327 aa  179  5.999999999999999e-44  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal  0.540115 
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0758  putative tRNA-dihydrouridine synthase  29.02 
 
 
317 aa  179  7e-44  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.164456  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00690  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.05 
 
 
333 aa  178  1e-43  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0245  nifR3 family TIM-barrel protein  31.86 
 
 
333 aa  177  1e-43  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.17015 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0048  nifR3 family TIM-barrel protein  37.03 
 
 
335 aa  177  2e-43  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.11245  normal 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_2221  tRNA-dihydrouridine synthase  30.79 
 
 
334 aa  177  2e-43  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  0.65395  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1472  dihydrouridine synthase DuS  33.75 
 
 
318 aa  176  4e-43  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1399  nifR3 family TIM-barrel protein  36.3 
 
 
356 aa  176  4e-43  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.372686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3670  nifR3 family TIM-barrel protein  33.66 
 
 
336 aa  176  4e-43  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_0276  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  32.34 
 
 
354 aa  176  6e-43  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.211478 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0487  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.44 
 
 
353 aa  175  8e-43  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00663331 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2132  TIM-barrel protein, nifR3 family  31.67 
 
 
347 aa  175  9.999999999999999e-43  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2996  TIM-barrel protein, nifR3 family  28.3 
 
 
329 aa  175  9.999999999999999e-43  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0021  NifR3 family TIM-barrel protein  37.7 
 
 
333 aa  174  1.9999999999999998e-42  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6811  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.64 
 
 
393 aa  174  1.9999999999999998e-42  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.394979  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2392  TIM-barrel protein, nifR3 family  30 
 
 
329 aa  174  1.9999999999999998e-42  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.226575  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2165  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.82 
 
 
400 aa  174  2.9999999999999996e-42  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.0853997  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_2560  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.67 
 
 
352 aa  172  5e-42  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1926  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  33.01 
 
 
351 aa  172  5.999999999999999e-42  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0994429  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0147  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  36.2 
 
 
334 aa  171  1e-41  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1074  nifR3 family TIM-barrel protein  30.03 
 
 
332 aa  171  1e-41  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_2288  nifR3 family TIM-barrel protein  36.1 
 
 
347 aa  172  1e-41  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0479  TIM-barrel protein, nifR3 family  29.01 
 
 
327 aa  170  2e-41  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  hitchhiker  0.0020045  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0637  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.4 
 
 
331 aa  171  2e-41  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.382547  normal  0.299268 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3448  nifR3 family TIM-barrel protein  30.06 
 
 
332 aa  171  2e-41  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1950  TIM-barrel protein, nifR3 family  33 
 
 
347 aa  171  2e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5809  TIM-barrel protein, nifR3 family  30.36 
 
 
345 aa  170  2e-41  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0243889 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0441  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.07 
 
 
320 aa  170  3e-41  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0837  tRNA-dihydrouridine synthase  31.31 
 
 
308 aa  170  3e-41  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6205  hypothetical protein  36.19 
 
 
373 aa  170  3e-41  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0545793  normal  0.375 
 
 
-
 
NC_013721  HMPREF0424_0455  TIM-barrel protein, nifR3 family  33.11 
 
 
384 aa  169  4e-41  Gardnerella vaginalis 409-05  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3365  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.37 
 
 
388 aa  169  5e-41  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.815066  hitchhiker  0.00739513 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03937  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.5 
 
 
332 aa  169  6e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.259416  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_13830  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.29 
 
 
406 aa  168  1e-40  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.144001  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1300  NifR3 family TIM-barrel protein  31.83 
 
 
343 aa  168  1e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_10310  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  31.92 
 
 
341 aa  168  1e-40  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.193475  unclonable  0.00000000180311 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0030  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.66 
 
 
370 aa  168  1e-40  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.405013  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03215  putative TIM-barrel enzyme, possible dehydrogenase  29.8 
 
 
330 aa  168  1e-40  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0131  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  30.53 
 
 
337 aa  167  2e-40  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.1484  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04682  tRNA-dihydrouridine synthase B  31.78 
 
 
332 aa  167  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.965401  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0360  NifR3 family TIM-barrel protein  34.35 
 
 
329 aa  167  2e-40  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0270  nifR3 family TIM-barrel protein  29.63 
 
 
333 aa  167  2e-40  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000135334  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2838  tRNA-dihydrouridine synthase B  32.33 
 
 
322 aa  167  2.9999999999999998e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00370185  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0363  nifR3 family TIM-barrel protein  31.6 
 
 
327 aa  166  4e-40  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0279  tRNA-dihydrouridine synthase  30.94 
 
 
335 aa  166  4e-40  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.690235  hitchhiker  0.007193 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1078  dihydrouridine synthase TIM-barrel protein nifR3  31.51 
 
 
343 aa  166  5e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.165746  normal  0.195756 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0135  tRNA-dihydrouridine synthase  31.11 
 
 
414 aa  166  5e-40  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  decreased coverage  0.000169706  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0161  TIM-barrel protein, nifR3 family  32.49 
 
 
321 aa  166  5.9999999999999996e-40  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.0000000000000141339  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06910  Dihydrouridine synthase  32.9 
 
 
322 aa  165  1.0000000000000001e-39  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.888077  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_37590  putative TIM-barrel protein, nifR3 family  32.7 
 
 
379 aa  165  1.0000000000000001e-39  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal  0.298865 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1813  nifR3 family TIM-barrel protein  33.44 
 
 
352 aa  164  1.0000000000000001e-39  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.675437  normal  0.130606 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>