More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CHU_2842 on replicon NC_008255
Organism: Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008255  CHU_2842  LysM repeat-containing protein  100 
 
 
389 aa  778    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3043  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  28.22 
 
 
399 aa  152  1e-35  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.592375  normal  0.198967 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2915  Peptidoglycan-binding LysM  29.58 
 
 
393 aa  129  1.0000000000000001e-28  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.992614  hitchhiker  0.000000148718 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2378  peptidoglycan-binding LysM  36.41 
 
 
634 aa  122  9.999999999999999e-27  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.903959  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2379  peptidoglycan-binding LysM  38.73 
 
 
698 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.829657  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5051  Peptidoglycan-binding LysM  26.47 
 
 
326 aa  107  4e-22  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.517247  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1954  NLP/P60 protein  34.98 
 
 
384 aa  107  4e-22  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11320  Peptidoglycan-binding LysM  32.09 
 
 
173 aa  104  3e-21  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00223945  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2994  peptidoglycan-binding protein  38.93 
 
 
467 aa  93.2  7e-18  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00261839  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1238  Peptidoglycan-binding LysM  29.89 
 
 
179 aa  90.9  3e-17  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000457742  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1862  Peptidoglycan-binding LysM  34.43 
 
 
642 aa  88.2  2e-16  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.746272  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06410  cell wall hydrolase SleB  33.88 
 
 
546 aa  87  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01000  LysM-repeat domain protein  30.39 
 
 
651 aa  84.3  0.000000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG2150  LysM domain-containing protein  37.3 
 
 
501 aa  84.7  0.000000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2755  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.09 
 
 
581 aa  81.3  0.00000000000003  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00949544  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0549  lytic transglycosylase, catalytic  29 
 
 
638 aa  80.1  0.00000000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.357331  normal  0.13799 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0532  cell wall hydrolase/autolysin  39.86 
 
 
563 aa  79  0.0000000000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.00749255  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1760  peptidoglycan-binding LysM:SLT:MLTD_N  28.5 
 
 
534 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.721447 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3580  peptidoglycan-binding LysM  26.47 
 
 
544 aa  78.6  0.0000000000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2097  NLP/P60 protein  30.27 
 
 
341 aa  78.6  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2063  lytic transglycosylase, catalytic  27.03 
 
 
498 aa  78.6  0.0000000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.829079  normal  0.0945255 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00097  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.69 
 
 
576 aa  77.4  0.0000000000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0953  lytic transglycosylase, catalytic  28.02 
 
 
556 aa  77.4  0.0000000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3724  cell wall hydrolase/autolysin  38.64 
 
 
557 aa  77  0.0000000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0816524  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3715  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  28.04 
 
 
530 aa  76.6  0.0000000000006  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.284464  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3802  putative cell wall hydrolase  31.79 
 
 
265 aa  77  0.0000000000006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  unclonable  0.00000000430896  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3922  cell wall hydrolase/autolysin  36.81 
 
 
542 aa  77  0.0000000000006  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.00766484  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0215  Lytic transglycosylase catalytic  31.35 
 
 
733 aa  76.6  0.0000000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2728  Lytic transglycosylase catalytic  29.71 
 
 
547 aa  76.6  0.0000000000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0489  cell wall hydrolase/autolysin  39.16 
 
 
560 aa  74.7  0.000000000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000671829  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3484  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  27.66 
 
 
515 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0499239  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_41090  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.85 
 
 
534 aa  75.5  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1588  lytic transglycosylase, catalytic  28.37 
 
 
550 aa  74.7  0.000000000002  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.128959  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1297  LysM/M23/M37 peptidase  34.04 
 
 
301 aa  74.3  0.000000000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  hitchhiker  0.00000265037  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_3006  ErfK/YbiS/YcfS/YnhG  31.15 
 
 
289 aa  74.3  0.000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.265134  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002256  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase AmiB precursor  31.72 
 
 
571 aa  73.9  0.000000000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000111797  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3606  cell wall hydrolase  30.46 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.00000000694282  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3503  cell wall hydrolase  30.46 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  unclonable  9.350139999999999e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3893  cell wall hydrolase  30.46 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.0000146791  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06440  polysaccharide deacetylase  31.55 
 
 
405 aa  73.2  0.000000000007  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.467697  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3774  putative cell wall hydrolase  30.46 
 
 
265 aa  73.6  0.000000000007  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000351199 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0122  NLP/P60 protein  37.04 
 
 
301 aa  72.8  0.000000000009  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.806641  normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2898  Lytic transglycosylase catalytic  40.19 
 
 
849 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.52326 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_21721  LysM domain-containing protein  30.2 
 
 
499 aa  72.4  0.00000000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.0486774 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1436  putative cell wall hydrolase  31.61 
 
 
265 aa  72  0.00000000002  Bacillus cereus G9842  Bacteria  unclonable  0.000000000951619  hitchhiker  0.000921187 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1211  NLP/P60 protein  27.73 
 
 
338 aa  71.2  0.00000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000171376  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3515  cell wall hydrolase; spore-cortex lytic enzyme  29.8 
 
 
265 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.0000000982818  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3862  putative cell wall hydrolase  31.29 
 
 
265 aa  71.2  0.00000000003  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  0.0000210035  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3241  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.87 
 
 
840 aa  71.2  0.00000000003  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0704  CHAP domain-containing protein  36.84 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  hitchhiker  0.000444371  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0689  CHAP domain-containing protein  36.84 
 
 
265 aa  70.5  0.00000000004  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.00699042  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06400  peptidase S8/S53 subtilisin kexin sedolisin  29.51 
 
 
797 aa  70.5  0.00000000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2798  cell wall hydrolase, SleB  32 
 
 
277 aa  70.1  0.00000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1995  lytic transglycosylase, catalytic  26.7 
 
 
539 aa  70.1  0.00000000007  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.0964783  normal  0.42715 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1829  membrane-bound lytic murein transglycosylase D  31.22 
 
 
532 aa  69.7  0.00000000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1271  peptidoglycan-binding LysM  28.24 
 
 
307 aa  69.7  0.00000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000333433 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2780  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  31.58 
 
 
579 aa  69.3  0.00000000009  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.395604  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1838  peptidoglycan-binding LysM  35.82 
 
 
443 aa  69.3  0.0000000001  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.858327  unclonable  0.000000000675364 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3802  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  33.09 
 
 
637 aa  68.9  0.0000000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0514476  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1767  peptidase M23B  34.72 
 
 
465 aa  68.9  0.0000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0694  lytic transglycosylase catalytic  37.17 
 
 
595 aa  69.3  0.0000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000000324493  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3795  cell wall hydrolase, putative  29.14 
 
 
265 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  unclonable  0.00000000105599  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6487  Peptidoglycan-binding LysM  28.26 
 
 
341 aa  68.9  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.577671  normal  0.707539 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0702  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.37 
 
 
631 aa  68.2  0.0000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00039621  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3656  N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  32.37 
 
 
593 aa  67.8  0.0000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00000106561  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0965  Lytic transglycosylase catalytic  27.87 
 
 
570 aa  67.4  0.0000000004  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3533  cell wall hydrolase SleB  30.46 
 
 
265 aa  67  0.0000000005  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0000255893  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2920  lytic transglycosylase, catalytic  26.69 
 
 
587 aa  66.2  0.0000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.654046 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0318  LysM domain-containing protein  38 
 
 
266 aa  65.9  0.000000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.460625  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1998  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  25.12 
 
 
552 aa  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0087  Lytic transglycosylase catalytic  23.37 
 
 
620 aa  65.5  0.000000001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011728  BbuZS7_0644  putative N-acetylmuramoyl-L-alanine amidase  29.7 
 
 
679 aa  64.7  0.000000003  Borrelia burgdorferi ZS7  Bacteria  normal  0.165193  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2402  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  29.95 
 
 
517 aa  64.3  0.000000004  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2149  Slt family transglycosylase  36.36 
 
 
442 aa  63.9  0.000000005  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.20197  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1239  Peptidoglycan-binding LysM  26.9 
 
 
156 aa  63.9  0.000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00144568  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1273  membrane-bound lytic murein transglycosylase D precursor  30.93 
 
 
1001 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000430428  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1112  lytic transglycosylase, catalytic  30.93 
 
 
1021 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0269179  normal  0.029477 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1755  NLP/P60 protein  33.06 
 
 
255 aa  63.5  0.000000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1096  cell wall hydrolase, SleB  25.71 
 
 
304 aa  63.5  0.000000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.345588  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0551  Peptidoglycan-binding lysin domain protein  25.93 
 
 
377 aa  63.2  0.000000007  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.161209 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1694  peptidoglycan-binding LysM  30.43 
 
 
444 aa  63.5  0.000000007  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.17683  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1800  peptidoglycan-binding LysM  31.78 
 
 
503 aa  63.5  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.199953  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0496  peptidoglycan-binding LysM  28.8 
 
 
337 aa  62.8  0.000000009  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  normal  0.0756826 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1583  lytic transglycosylase, catalytic  29.35 
 
 
1079 aa  62.8  0.000000009  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.000168341  normal  0.0166212 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0100  LysM domain-containing protein  30.22 
 
 
324 aa  62.8  0.00000001  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.54299  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1583  peptidoglycan-binding LysM  31.5 
 
 
142 aa  62  0.00000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_03310  Peptidoglycan-binding LysM  36.36 
 
 
523 aa  62  0.00000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_3022  NLP/P60 protein  32.12 
 
 
289 aa  62  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.618403  normal  0.062405 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3717  MltD domain-containing protein  29.53 
 
 
476 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3560  Peptidoglycan-binding LysM  27.73 
 
 
446 aa  61.6  0.00000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0188  peptidase M23B  35.78 
 
 
271 aa  61.2  0.00000003  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  0.248105  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1840  cell wall hydrolase SleB  32.37 
 
 
264 aa  60.5  0.00000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000645557  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3030  peptidoglycan lytic transglycosylase-related protein  25.53 
 
 
583 aa  60.5  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2634  peptidoglycan-binding LysM  33.14 
 
 
302 aa  60.5  0.00000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.258799 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2024  low molecular weight phosphotyrosine protein phosphatase  28.12 
 
 
543 aa  60.1  0.00000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.00000000444434  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0925  peptidoglycan binding domain-containing protein  28.49 
 
 
327 aa  60.1  0.00000006  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01980  putative membrane-bound lytic murein transglycosylase  31.3 
 
 
554 aa  60.1  0.00000007  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.531039  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0976  lytic transglycosylase, catalytic  26.85 
 
 
610 aa  60.1  0.00000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.773866  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0925  lytic transglycosylase, catalytic  26.56 
 
 
546 aa  59.7  0.00000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0380  Lytic transglycosylase catalytic  24.39 
 
 
555 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>