More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_7064 on replicon NC_011981
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  83.45 
 
 		 1100 aa  1893    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  66.06 
 
 		 1102 aa  1514    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  100 
 
 		 1100 aa  2233    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  65.76 
 
 		 1107 aa  1466    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  61.24 
 
 		 1356 aa  924    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  47.13 
 
 		 1557 aa  657    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  65.79 
 
 		 1102 aa  1513    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  67.93 
 
 		 1107 aa  1546    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  82.73 
 
 		 1123 aa  1873    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.08 
 
 		 1536 aa  619  1e-175  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.45 
 
 		 1245 aa  603  1.0000000000000001e-171  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  45.18 
 
 		 1538 aa  597  1e-169  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  43.58 
 
 		 1534 aa  573  1.0000000000000001e-162  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.35 
 
 		 1098 aa  570  1e-161  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.06 
 
 		 1102 aa  565  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  39.24 
 
 		 1098 aa  563  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  38.99 
 
 		 1095 aa  560  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  41.33 
 
 		 952 aa  543  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  36.21 
 
 		 1105 aa  541  9.999999999999999e-153  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  41.42 
 
 		 952 aa  540  9.999999999999999e-153  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  36.93 
 
 		 974 aa  517  1.0000000000000001e-145  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  41.26 
 
 		 976 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  40.58 
 
 		 998 aa  515  1e-144  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  41.26 
 
 		 976 aa  514  1e-144  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  41.15 
 
 		 985 aa  510  1e-143  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  39.58 
 
 		 1039 aa  509  1e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  39.62 
 
 		 998 aa  509  9.999999999999999e-143  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  40.2 
 
 		 982 aa  502  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  40.12 
 
 		 1034 aa  503  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  41.16 
 
 		 814 aa  501  1e-140  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  39.78 
 
 		 1000 aa  495  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  39.78 
 
 		 1000 aa  495  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  39.67 
 
 		 1034 aa  495  9.999999999999999e-139  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  40.1 
 
 		 968 aa  488  1e-136  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  39.13 
 
 		 1006 aa  479  1e-134  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  38.73 
 
 		 1025 aa  473  1e-132  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  31.69 
 
 		 881 aa  356  1e-96  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  32.08 
 
 		 879 aa  350  1e-94  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1686  putative ATP-dependent exoDNAse (exonuclease V) alpha subunit  36.2 
 
 		 907 aa  284  8.000000000000001e-75  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.169345  normal  0.175397 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  31.28 
 
 		 1168 aa  284  8.000000000000001e-75  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1570  conjugative relaxase domain protein  37.95 
 
 		 1093 aa  233  1e-59  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7317  putative ATP-dependent exoDNAse  30.99 
 
 		 918 aa  191  7e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  41.34 
 
 		 544 aa  180  1e-43  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3227  conjugal transfer protein traA  41.96 
 
 		 267 aa  169  2e-40  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  32.73 
 
 		 447 aa  164  1e-38  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  39.26 
 
 		 726 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  38.84 
 
 		 730 aa  162  3e-38  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  37.7 
 
 		 719 aa  146  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  34.36 
 
 		 465 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  37.01 
 
 		 673 aa  138  7.000000000000001e-31  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0849  TrwC relaxase  34.13 
 
 		 1175 aa  137  9.999999999999999e-31  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  36.17 
 
 		 498 aa  133  2.0000000000000002e-29  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_06440  TrwC relaxase  32.8 
 
 		 1184 aa  133  2.0000000000000002e-29  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00370  conjugative relaxase domain protein, TrwC/TraI family  30.45 
 
 		 1174 aa  125  4e-27  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0747  TrwC relaxase  30.36 
 
 		 1836 aa  124  7e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1355  TrwC relaxase  28.86 
 
 		 1549 aa  119  3e-25  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0306  AAA ATPase  27.61 
 
 		 710 aa  117  1.0000000000000001e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.933314  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0944  conjugative relaxase domain protein  25.88 
 
 		 943 aa  116  3e-24  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2336  TrwC relaxase  32.08 
 
 		 1176 aa  112  3e-23  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010514  Mrad2831_6351  conjugative relaxase domain-containing protein  29.45 
 
 		 981 aa  112  4.0000000000000004e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008703  Mkms_5511  exonuclease V subunit alpha  31.33 
 
 		 946 aa  111  7.000000000000001e-23  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.280452  hitchhiker  0.00000429446 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3615  TrwC relaxase  29.17 
 
 		 1481 aa  109  2e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  29.34 
 
 		 501 aa  109  3e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  39.16 
 
 		 361 aa  109  3e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  28.57 
 
 		 506 aa  108  8e-22  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1469  TrwC relaxase  26.54 
 
 		 1189 aa  108  8e-22  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.137376  normal  0.575201 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5396  TrwC relaxase  27.06 
 
 		 1623 aa  108  8e-22  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  0.348117 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1580  DNA primase catalytic core  30.17 
 
 		 1797 aa  107  1e-21  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.429508  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5425  MobA/MobL protein  53.19 
 
 		 379 aa  104  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.369959  normal  1 
 
 
-
 
NC_013442  Gbro_4932  TrwC relaxase  28.15 
 
 		 2090 aa  103  1e-20  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2250  DNA primase catalytic core  28.28 
 
 		 1976 aa  103  2e-20  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1959  TrwC relaxase  29.39 
 
 		 1231 aa  101  7e-20  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00119811  normal  0.0194431 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  34.13 
 
 		 498 aa  100  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4936  DNA primase catalytic core  29.92 
 
 		 1980 aa  100  1e-19  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.471032  normal  0.076973 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1430  exonuclease V subunit alpha  28.34 
 
 		 1523 aa  99.8  2e-19  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.691452  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1448  exonuclease V subunit alpha  28.34 
 
 		 1523 aa  99.8  2e-19  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.999122  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  30.47 
 
 		 407 aa  98.6  6e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  30.94 
 
 		 766 aa  97.4  1e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008545  Bcen2424_6945  TrwC protein  31.41 
 
 		 964 aa  96.7  2e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.422553  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8975  TrwC relaxase  29.49 
 
 		 1386 aa  97.1  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.582517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008697  Noca_4800  DNA primase catalytic core  30.75 
 
 		 1967 aa  95.9  4e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1110  conjugative relaxase domain protein  31.07 
 
 		 926 aa  95.5  5e-18  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  33.85 
 
 		 467 aa  95.5  5e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6026  helicase, RecD/TraA family  28.29 
 
 		 742 aa  92.4  4e-17  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.143293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009340  Mflv_5577  exonuclease V subunit alpha  29.16 
 
 		 944 aa  90.9  1e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1820  TrwC protein  26.56 
 
 		 929 aa  90.5  2e-16  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.550387 
 
 
-
 
NC_009341  Mflv_5611  exonuclease V subunit alpha  28.76 
 
 		 945 aa  89.7  2e-16  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011730  PCC7424_5557  conjugative relaxase domain protein  29.69 
 
 		 1170 aa  90.5  2e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_1102  exonuclease V subunit alpha  29.74 
 
 		 872 aa  89.4  3e-16  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0587  AAA ATPase  25.29 
 
 		 717 aa  89.4  4e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0593  AAA ATPase  25.29 
 
 		 717 aa  89.4  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0562  AAA ATPase  25.29 
 
 		 717 aa  89.4  4e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1047  helicase, RecD/TraA family  25.42 
 
 		 711 aa  89.4  4e-16  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.604739  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3229  Exodeoxyribonuclease V  28.83 
 
 		 637 aa  85.5  0.000000000000005  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.115754  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4923  RecD/TraA family helicase  28.75 
 
 		 744 aa  85.1  0.000000000000007  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.478208  normal  0.0184045 
 
 
-
 
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  32.81 
 
 		 511 aa  84  0.00000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0818  RecD/TraA family helicase  26.75 
 
 		 688 aa  84  0.00000000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.662153  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2311  helicase, RecD/TraA family  25.88 
 
 		 726 aa  84  0.00000000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  31.4 
 
 		 516 aa  83.6  0.00000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2733  helicase, RecD/TraA family  28.5 
 
 		 762 aa  83.2  0.00000000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0135188  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>