65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SbBS512_D0003 on replicon NC_010659
Organism: Shigella boydii CDC 3083-94



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011093  SeSA_C0004  43 kDa relaxation protein  90.5 
 
 		 511 aa  936    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010659  SbBS512_D0003  mobilization protein A  100 
 
 		 516 aa  1048    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.488217  n/a   
 
 
-
 
NC_007617  Nmul_D2819  MobA/MobL protein  49.56 
 
 		 533 aa  220  5e-56  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3827  MobA/MobL protein  50 
 
 		 234 aa  205  2e-51  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_1193  MobA/MobL protein  30.31 
 
 		 507 aa  147  4.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0900  MobA/MobL protein  38.17 
 
 		 504 aa  147  4.0000000000000006e-34  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011734  PCC7424_5620  MobA/MobL protein  30.42 
 
 		 726 aa  103  8e-21  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011733  PCC7424_5602  hypothetical protein  30.29 
 
 		 730 aa  99.4  1e-19  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4540  Dtr system oriT relaxase  29.84 
 
 		 1107 aa  95.1  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5332  MobA/MobL protein  30.42 
 
 		 498 aa  92.8  1e-17  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.873373 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1152  conjugal transfer relaxase TraA  32.14 
 
 		 952 aa  88.6  2e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.00271398  unclonable  0.000000434964 
 
 
-
 
NC_008763  Pnap_4998  MobA/MobL protein  30.28 
 
 		 766 aa  88.6  3e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5514  Dtr system oriT relaxase  29.75 
 
 		 1107 aa  88.2  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0765264 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0326  conjugal transfer relaxase TraA  31.65 
 
 		 952 aa  87.4  6e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9595  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.28 
 
 		 1356 aa  87  7e-16  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.973742  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0149  conjugal transfer relaxase TraA  29.79 
 
 		 1034 aa  87  7e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0435  conjugal transfer relaxase TraA  33.96 
 
 		 968 aa  86.3  0.000000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.441479 
 
 
-
 
NC_004253  pDOJH10S_p2  Mob  33.16 
 
 		 492 aa  85.9  0.000000000000001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0994  conjugal transfer relaxase TraA  32 
 
 		 1034 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.112891  decreased coverage  0.0000169955 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2276  conjugal transfer relaxase TraA  29.8 
 
 		 1006 aa  85.9  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.179337 
 
 
-
 
NC_011758  Mchl_5575  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  28 
 
 		 1245 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.78848  normal  0.241587 
 
 
-
 
NC_011367  Gdia_3571  conjugal transfer relaxase TraA  35.37 
 
 		 1025 aa  85.9  0.000000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3575  Dtr system oriT relaxase  29.46 
 
 		 1102 aa  84.7  0.000000000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6240  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  30 
 
 		 1102 aa  84.7  0.000000000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.294548  normal  0.400802 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4520  conjugal transfer relaxase TraA  29.64 
 
 		 998 aa  84.3  0.000000000000004  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.26216 
 
 
-
 
NC_013164  Apre_1788  MobA/MobL protein  29.92 
 
 		 544 aa  84  0.000000000000006  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.96066  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7064  Dtr system oriT relaxase  31.4 
 
 		 1100 aa  84  0.000000000000006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.590726  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3950  conjugal transfer relaxase TraA  30.8 
 
 		 1039 aa  83.6  0.000000000000008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.630291  normal  1 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5393  Dtr system oriT relaxase  29.05 
 
 		 1102 aa  83.2  0.00000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.763258  normal  0.706362 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0272  conjugal transfer relaxase TraA  34.97 
 
 		 976 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.618636  normal  0.122916 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2653  conjugal transfer relaxase TraA  34.97 
 
 		 976 aa  82.8  0.00000000000001  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009473  Acry_3630  MobA/MobL protein  32.88 
 
 		 361 aa  82.4  0.00000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6557  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.52 
 
 		 1095 aa  82.4  0.00000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8131  Dtr system oriT relaxase  33.16 
 
 		 1100 aa  82.4  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9189  Dtr system oriT relaxase  33.16 
 
 		 1123 aa  82  0.00000000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.136231  n/a   
 
 
-
 
NC_008036  Sala_3191  conjugal transfer relaxase TraA  33.65 
 
 		 974 aa  81.6  0.00000000000003  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007801  Jann_4226  conjugal transfer relaxase TraA  31.86 
 
 		 1000 aa  81.3  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.0036143  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1543  conjugal transfer relaxase TraA  31.86 
 
 		 1000 aa  81.3  0.00000000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.41653  normal  0.458262 
 
 
-
 
NC_010486  EcSMS35_C0002  MobA/MobL family protein  31.47 
 
 		 719 aa  81.3  0.00000000000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.29222  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4334  MobA/MobL protein  32.39 
 
 		 1557 aa  79.3  0.0000000000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0100  conjugal transfer relaxase TraA  35.08 
 
 		 998 aa  79.7  0.0000000000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.160086 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0467  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  32.04 
 
 		 1536 aa  79  0.0000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0650  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.86 
 
 		 1534 aa  78.6  0.0000000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_4977  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.03 
 
 		 1098 aa  77  0.0000000000007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0199806  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0463  MobA/MobL protein  32.51 
 
 		 467 aa  77  0.0000000000008  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.121634  normal  0.0604865 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6372  conjugal transfer relaxase TraA  30.83 
 
 		 982 aa  76.3  0.000000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.10395  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0442  conjugal transfer relaxase TraA  34.1 
 
 		 985 aa  75.1  0.000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.692664  normal  0.757094 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5162  MobA/MobL protein  34.32 
 
 		 498 aa  74.7  0.000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_6810  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  33.33 
 
 		 1098 aa  73.9  0.000000000006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0178  conjugal transfer relaxase TraA  29.24 
 
 		 814 aa  73.9  0.000000000007  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5003  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  31.71 
 
 		 1538 aa  71.2  0.00000000004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3228  MobA/MobL protein  28.63 
 
 		 447 aa  71.2  0.00000000004  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p03  hypothetical protein  30.59 
 
 		 370 aa  70.5  0.00000000007  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3939  MobA/MobL protein  29.87 
 
 		 414 aa  69.7  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5348  mobilization protein  31.72 
 
 		 407 aa  68.6  0.0000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2314  MobA/MobL family protein  27.15 
 
 		 506 aa  65.5  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.127773  hitchhiker  0.00000000000117095 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0682  Ti-type conjugative transfer relaxase TraA  29.49 
 
 		 1105 aa  64.3  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2074  MobA/MobL family  26.24 
 
 		 501 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.103874  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1747  MobA/MobL protein  27.15 
 
 		 465 aa  63.2  0.00000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4244  MobA/MobL protein  31.05 
 
 		 1168 aa  60.5  0.00000007  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.944992  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0989  MobA/MobL protein  30.77 
 
 		 430 aa  55.5  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008506  LACR_D28  hypothetical protein  29.75 
 
 		 673 aa  53.5  0.000009  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.00718795  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0169  hypothetical protein  27.23 
 
 		 881 aa  46.6  0.001  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0183  hypothetical protein  27.23 
 
 		 879 aa  46.6  0.001  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004252  pDOJH10L_p07  hypothetical protein  38.1 
 
 		 160 aa  44.7  0.004  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>