More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pcar_1174 on replicon NC_007498
Organism: Pelobacter carbinolicus DSM 2380



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007498  Pcar_1174  GGDEF domain-containing protein  100 
 
 		 431 aa  885    Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2751  anti-sigma-factor antagonist  45.38 
 
 		 357 aa  215  9.999999999999999e-55  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2509  anti-sigma-factor antagonist  44.96 
 
 		 388 aa  210  4e-53  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2920  sensor diguanylate cyclase  42.79 
 
 		 623 aa  155  1e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0697  diguanylate cyclase  41.53 
 
 		 264 aa  145  9e-34  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.184616  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1761  diguanylate cyclase  42.01 
 
 		 720 aa  140  3e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1814  diguanylate cyclase  45.05 
 
 		 267 aa  140  4.999999999999999e-32  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2887  GGDEF domain-containing protein  42.25 
 
 		 424 aa  140  4.999999999999999e-32  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4518  diguanylate cyclase  41.57 
 
 		 345 aa  140  4.999999999999999e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0836  diguanylate cyclase  36.1 
 
 		 487 aa  139  7e-32  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.975884  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0260  diguanylate cyclase  36.53 
 
 		 611 aa  138  1e-31  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.832837  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2747  diguanylate cyclase  44.44 
 
 		 261 aa  138  1e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.86983  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3185  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.68 
 
 		 482 aa  138  2e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2297  sensor histidine kinase/GGDEF domain-containing protein  36.84 
 
 		 422 aa  138  2e-31  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2709  GGDEF domain-containing protein  39.89 
 
 		 411 aa  138  2e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.887365  normal  0.569285 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2683  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.67 
 
 		 505 aa  137  4e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1336  diguanylate cyclase  39.53 
 
 		 495 aa  137  5e-31  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.474489  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1477  diguanylate cyclase  44.59 
 
 		 411 aa  136  6.0000000000000005e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000124607  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1456  diguanylate cyclase  37.6 
 
 		 636 aa  136  6.0000000000000005e-31  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3711  diguanylate cyclase  41.28 
 
 		 320 aa  136  7.000000000000001e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.336724  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3316  diguanylate cyclase  39.88 
 
 		 307 aa  135  9.999999999999999e-31  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1677  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  43.93 
 
 		 512 aa  135  9.999999999999999e-31  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00717505  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1467  diguanylate cyclase  37.5 
 
 		 722 aa  135  1.9999999999999998e-30  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2521  diguanylate cyclase  40.96 
 
 		 350 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.848783 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2673  diguanylate cyclase  41.46 
 
 		 411 aa  135  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.150858 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.76 
 
 		 301 aa  135  1.9999999999999998e-30  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2636  diguanylate cyclase  39.52 
 
 		 220 aa  133  5e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.128146  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0495  diguanylate cyclase  36.14 
 
 		 574 aa  133  5e-30  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.355875  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3961  diguanylate cyclase  41.32 
 
 		 340 aa  133  5e-30  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4585  diguanylate cyclase  35.35 
 
 		 281 aa  133  7.999999999999999e-30  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.704428  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0096  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  35.4 
 
 		 407 aa  132  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.758352  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1387  cyclic nucleotide-binding protein  40.83 
 
 		 320 aa  132  1.0000000000000001e-29  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000243824  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0273  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.82 
 
 		 1078 aa  132  1.0000000000000001e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2540  diguanylate cyclase  39.63 
 
 		 744 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2655  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 744 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.714483  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1450  diguanylate cyclase  45.06 
 
 		 1774 aa  132  2.0000000000000002e-29  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1477  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.26 
 
 		 730 aa  131  2.0000000000000002e-29  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1806  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 744 aa  132  2.0000000000000002e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000621325 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2954  diguanylate cyclase  35.02 
 
 		 612 aa  131  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0512853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2999  diguanylate cyclase  36.49 
 
 		 548 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0755  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.76 
 
 		 298 aa  131  3e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.893944 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0651  diguanylate cyclase  36.6 
 
 		 574 aa  130  3e-29  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.000777615  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3391  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 360 aa  131  3e-29  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.372073  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0743  diguanylate cyclase  43.48 
 
 		 680 aa  130  3e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.500154  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3851  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.56 
 
 		 634 aa  131  3e-29  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0571122  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1554  GGDEF domain-containing protein  38.46 
 
 		 729 aa  130  3e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00526113  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2702  diguanylate cyclase  34.72 
 
 		 794 aa  130  4.0000000000000003e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0564678  normal  0.658888 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2578  diguanylate cyclase  39.09 
 
 		 744 aa  130  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3631  GGDEF domain-containing protein  38.24 
 
 		 722 aa  130  6e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.770761  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0519  diguanylate cyclase  37.45 
 
 		 631 aa  130  6e-29  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.447681 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1805  diguanylate cyclase  39.72 
 
 		 725 aa  129  7.000000000000001e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2825  PAS:GGDEF  42.51 
 
 		 548 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.067576  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3621  GGDEF  37.36 
 
 		 413 aa  129  8.000000000000001e-29  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.0388472 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1125  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  37.95 
 
 		 769 aa  129  8.000000000000001e-29  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.586946  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2834  diguanylate cyclase  32 
 
 		 355 aa  129  8.000000000000001e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.15225  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1012  diguanylate cyclase  35.43 
 
 		 295 aa  129  8.000000000000001e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  39.57 
 
 		 1004 aa  129  9.000000000000001e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22780  GGDEF protein  39.36 
 
 		 318 aa  129  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  hitchhiker  0.0043996  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2896  cellulose binding, type IV  38.92 
 
 		 443 aa  129  1.0000000000000001e-28  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00808862 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4104  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 610 aa  128  2.0000000000000002e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.147884 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0636  diguanylate cyclase  32.09 
 
 		 559 aa  128  2.0000000000000002e-28  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.445559  normal  0.916917 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5832  diguanylate cyclase  36.31 
 
 		 381 aa  128  2.0000000000000002e-28  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.361903 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0613  diguanylate cyclase  39.55 
 
 		 611 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1433  diguanylate cyclase  35.75 
 
 		 387 aa  127  3e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.58748  normal  0.153521 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3800  diguanylate cyclase  39.44 
 
 		 621 aa  127  3e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1357  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  41.21 
 
 		 901 aa  127  3e-28  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.000000351362  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2698  diguanylate cyclase  40 
 
 		 410 aa  127  3e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.110295  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3559  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 625 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0397  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 625 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1545  diguanylate cyclase  39.62 
 
 		 701 aa  128  3e-28  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.58352  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40.99 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2394  GGDEF domain-containing protein  38.83 
 
 		 415 aa  127  5e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.272098  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3374  diguanylate cyclase  36.69 
 
 		 492 aa  127  5e-28  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2462  GGDEF domain-containing protein  32.78 
 
 		 355 aa  127  5e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.118701  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0330  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  40.96 
 
 		 531 aa  127  6e-28  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3102  GGDEF domain-containing protein  38.78 
 
 		 580 aa  127  6e-28  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3210  GGDEF domain-containing protein  37.73 
 
 		 624 aa  126  7e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1733  diguanylate cyclase  41.67 
 
 		 464 aa  126  7e-28  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000546701  normal  0.0234559 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02325  GGDEF domain protein  36.73 
 
 		 949 aa  126  7e-28  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3922  GGDEF domain-containing protein  41.77 
 
 		 364 aa  126  8.000000000000001e-28  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0378  diguanylate cyclase  42.61 
 
 		 422 aa  126  8.000000000000001e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.000000891935  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1354  GGDEF family protein  29.39 
 
 		 368 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0269  diguanylate cyclase  39.16 
 
 		 485 aa  126  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.853723  hitchhiker  0.00000177476 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4588  diguanylate cyclase  40.24 
 
 		 613 aa  126  9e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0646445  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1411  GGDEF domain-containing protein  34.27 
 
 		 493 aa  125  1e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0895588  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0838  diguanylate cyclase  37.95 
 
 		 332 aa  125  1e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.569939 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0309  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  34.18 
 
 		 827 aa  125  1e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0510078  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3733  diguanylate cyclase  36.32 
 
 		 625 aa  125  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1136  diguanylate cyclase  32.33 
 
 		 582 aa  125  1e-27  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2425  diguanylate cyclase  38.37 
 
 		 353 aa  125  2e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.13 
 
 		 317 aa  125  2e-27  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0498  diguanylate cyclase  36.75 
 
 		 624 aa  125  2e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00565  Signaling protein with a acyltransferase and GGDEF domains  35.16 
 
 		 628 aa  125  2e-27  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2045  diguanylate cyclase  36.42 
 
 		 243 aa  125  2e-27  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0207  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  42.31 
 
 		 772 aa  124  2e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  0.53871  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2463  diguanylate cyclase  42.68 
 
 		 637 aa  124  2e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.244329  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0119  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.18 
 
 		 324 aa  124  2e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.969085  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0431  hypothetical protein  39.32 
 
 		 345 aa  124  3e-27  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139342  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1323  diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  39.16 
 
 		 441 aa  124  3e-27  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2350  diguanylate cyclase with PAS/PAC and GAF sensors  39.38 
 
 		 1000 aa  124  3e-27  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.521127 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>