129 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Namu_3354 on replicon NC_013235
Organism: Nakamurella multipartita DSM 44233



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 343 aa  683    Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  55.52 
 
 		 336 aa  370  1e-101  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  55.22 
 
 		 336 aa  358  6e-98  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  54.73 
 
 		 347 aa  350  2e-95  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  53.27 
 
 		 339 aa  335  1e-90  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  51.19 
 
 		 341 aa  315  6e-85  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  47.16 
 
 		 340 aa  303  3.0000000000000004e-81  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  50.44 
 
 		 342 aa  273  3e-72  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  47.66 
 
 		 345 aa  266  2.9999999999999995e-70  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  50 
 
 		 337 aa  264  1e-69  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  45.03 
 
 		 366 aa  254  1.0000000000000001e-66  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  45.03 
 
 		 339 aa  248  8e-65  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  36.99 
 
 		 340 aa  140  3e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  35.71 
 
 		 349 aa  139  6e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  36.68 
 
 		 340 aa  138  1e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  36.02 
 
 		 342 aa  138  2e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  31.47 
 
 		 357 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  34.31 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 351 aa  133  5e-30  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 354 aa  131  2.0000000000000002e-29  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  32.08 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  32.84 
 
 		 346 aa  130  3e-29  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  33.89 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  31.76 
 
 		 342 aa  129  1.0000000000000001e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  32.16 
 
 		 342 aa  127  2.0000000000000002e-28  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  33.52 
 
 		 343 aa  125  9e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  33.24 
 
 		 335 aa  122  7e-27  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  31.63 
 
 		 339 aa  117  1.9999999999999998e-25  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  28.91 
 
 		 343 aa  113  5e-24  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  32.48 
 
 		 343 aa  112  7.000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 		 339 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  37.34 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  29.2 
 
 		 356 aa  109  6e-23  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  32.17 
 
 		 350 aa  109  6e-23  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  29.76 
 
 		 357 aa  108  1e-22  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 333 aa  107  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  30.97 
 
 		 343 aa  107  3e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  31.55 
 
 		 342 aa  107  3e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  32.47 
 
 		 333 aa  107  4e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  30.61 
 
 		 340 aa  105  2e-21  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  32.81 
 
 		 345 aa  103  3e-21  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  26.89 
 
 		 330 aa  102  1e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  29.82 
 
 		 379 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  29.94 
 
 		 377 aa  100  3e-20  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  30 
 
 		 373 aa  96.3  7e-19  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 350 aa  94  4e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  29.92 
 
 		 368 aa  92  1e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  28.21 
 
 		 342 aa  92  1e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  31.41 
 
 		 348 aa  91.7  2e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  32.28 
 
 		 354 aa  89  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  31.49 
 
 		 363 aa  88.2  2e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 354 aa  88.2  2e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  30.04 
 
 		 345 aa  88.2  2e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 354 aa  86.7  5e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  29.53 
 
 		 334 aa  84.7  0.000000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  30.68 
 
 		 353 aa  84.3  0.000000000000003  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  25.72 
 
 		 352 aa  79  0.0000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  30.5 
 
 		 336 aa  77.8  0.0000000000003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  24 
 
 		 354 aa  71.6  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  24.51 
 
 		 352 aa  71.2  0.00000000003  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.29 
 
 		 323 aa  68.9  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1274  transcriptional regulator, LacI family  25.25 
 
 		 352 aa  67.4  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128748  normal  0.551853 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.65 
 
 		 338 aa  66.2  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  24.76 
 
 		 354 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.26 
 
 		 345 aa  58.5  0.0000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1111  LacI family transcription regulator  28.18 
 
 		 339 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0121938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6093  LacI family transcription regulator  29.68 
 
 		 336 aa  52.8  0.000008  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  26.67 
 
 		 331 aa  52.8  0.000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.4 
 
 		 349 aa  52.4  0.00001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  26.24 
 
 		 357 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4006  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  28.68 
 
 		 327 aa  52.8  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.82922 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  21.89 
 
 		 346 aa  52  0.00001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0686  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.98 
 
 		 307 aa  51.2  0.00002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7473  ABC transporter nucleotide binding/ATPase protein  21.69 
 
 		 319 aa  51.6  0.00002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0461677  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  25.33 
 
 		 344 aa  50.8  0.00003  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3175  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.51 
 
 		 347 aa  50.4  0.00004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.35 
 
 		 331 aa  50.1  0.00005  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  23.76 
 
 		 337 aa  50.1  0.00006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2709  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.57 
 
 		 347 aa  48.9  0.0001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00648208  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.78 
 
 		 317 aa  49.3  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_004310  BR2049  LacI family transcription regulator  28.44 
 
 		 352 aa  48.1  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.586342  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1262  lac repressor  29.45 
 
 		 357 aa  48.5  0.0002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000349798  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  25.59 
 
 		 325 aa  48.1  0.0002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1984  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.48 
 
 		 348 aa  48.5  0.0002  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2717  putative sugar (D-ribose) ABC transporter (periplasmic binding protein)  24.68 
 
 		 311 aa  47.4  0.0003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.903227  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4733  transcriptional regulator, LacI family  26.36 
 
 		 341 aa  47.8  0.0003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.396374  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  24.61 
 
 		 358 aa  47.8  0.0003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2732  lac repressor  31.14 
 
 		 357 aa  47.4  0.0004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.02392  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_3324  LacI family transcription regulator  32.61 
 
 		 347 aa  47  0.0005  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.370251  normal  0.267565 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 357 aa  47  0.0005  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.84 
 
 		 341 aa  46.2  0.0008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0752084  normal  0.478615 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2153  alanine racemase  30.63 
 
 		 337 aa  46.2  0.0009  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.419726  normal  0.0819902 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1424  LacI family transcription regulator  27.54 
 
 		 332 aa  45.8  0.001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000379312  normal  0.706266 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.27 
 
 		 337 aa  45.8  0.001  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3665  LacI family transcription regulator  29.65 
 
 		 343 aa  45.8  0.001  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1442  LacI family transcription regulator  29.89 
 
 		 341 aa  45.8  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.609138 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19860  ABC-type sugar transport system, periplasmic component  22.94 
 
 		 318 aa  45.8  0.001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1478  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 348 aa  45.4  0.001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.764656  normal  0.890792 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>