More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_1949 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 351 aa  712    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  77.4 
 
 		 354 aa  554  1e-156  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  60.82 
 
 		 351 aa  437  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  59.94 
 
 		 351 aa  431  1e-120  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  43.24 
 
 		 345 aa  259  7e-68  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  45.61 
 
 		 335 aa  254  2.0000000000000002e-66  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  42.51 
 
 		 342 aa  245  6.999999999999999e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  40.52 
 
 		 349 aa  230  2e-59  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  38.99 
 
 		 356 aa  206  7e-52  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  38.12 
 
 		 343 aa  205  8e-52  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 340 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  38.19 
 
 		 340 aa  200  3e-50  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  38.95 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 357 aa  192  1e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  35.31 
 
 		 343 aa  177  2e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  37.94 
 
 		 346 aa  171  2e-41  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  34.72 
 
 		 343 aa  167  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  36.6 
 
 		 350 aa  164  3e-39  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  34.97 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  35.56 
 
 		 330 aa  158  2e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  31.98 
 
 		 342 aa  157  2e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  34.59 
 
 		 339 aa  156  4e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  33.11 
 
 		 342 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  35.35 
 
 		 343 aa  155  7e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 339 aa  153  4e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  33.99 
 
 		 373 aa  147  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  34.51 
 
 		 379 aa  145  8.000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 336 aa  145  1e-33  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  34.67 
 
 		 363 aa  144  2e-33  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  30.49 
 
 		 340 aa  142  7e-33  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  30.37 
 
 		 345 aa  142  9e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 350 aa  141  9.999999999999999e-33  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 		 348 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  34.9 
 
 		 366 aa  142  9.999999999999999e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  36.45 
 
 		 341 aa  141  1.9999999999999998e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 333 aa  139  6e-32  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  33.85 
 
 		 353 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 333 aa  137  4e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 354 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  33.88 
 
 		 377 aa  135  9.999999999999999e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  30.72 
 
 		 339 aa  135  9.999999999999999e-31  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  33.75 
 
 		 354 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  32.28 
 
 		 342 aa  133  5e-30  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 343 aa  133  6e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  31.49 
 
 		 357 aa  132  6.999999999999999e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  32.95 
 
 		 336 aa  129  8.000000000000001e-29  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 		 354 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  32.77 
 
 		 334 aa  127  3e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  36.68 
 
 		 342 aa  125  1e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  31.9 
 
 		 336 aa  122  8e-27  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  33.77 
 
 		 347 aa  120  3e-26  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  32.86 
 
 		 337 aa  120  3e-26  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  27.79 
 
 		 339 aa  115  8.999999999999998e-25  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  24.86 
 
 		 352 aa  115  1.0000000000000001e-24  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  28.36 
 
 		 346 aa  104  3e-21  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  28.71 
 
 		 368 aa  100  3e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  28.7 
 
 		 357 aa  95.1  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.8 
 
 		 337 aa  90.9  3e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  26.25 
 
 		 346 aa  86.7  5e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  29.15 
 
 		 323 aa  84.7  0.000000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  23.26 
 
 		 364 aa  84.3  0.000000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.66 
 
 		 337 aa  84  0.000000000000004  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.21 
 
 		 331 aa  83.2  0.000000000000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  29.54 
 
 		 345 aa  83.2  0.000000000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.11 
 
 		 338 aa  82.8  0.000000000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.96 
 
 		 345 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.48 
 
 		 323 aa  79.7  0.00000000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  23.93 
 
 		 344 aa  78.6  0.0000000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.74 
 
 		 315 aa  74.7  0.000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.53 
 
 		 349 aa  74.7  0.000000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  33.33 
 
 		 372 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  22.97 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1336  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.83 
 
 		 333 aa  70.1  0.00000000005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.17769  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3294  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 318 aa  68.6  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3821  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.52 
 
 		 333 aa  66.6  0.0000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3423  transcriptional regulator, LacI family  31.08 
 
 		 366 aa  67  0.0000000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.0558625 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.68 
 
 		 312 aa  66.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3322  transcriptional regulator  30.63 
 
 		 345 aa  66.2  0.0000000007  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  24.47 
 
 		 331 aa  66.2  0.0000000009  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1600  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.84 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000009  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2603  twin-arginine translocation pathway signal  26.13 
 
 		 338 aa  65.9  0.000000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.912871  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  28.2 
 
 		 325 aa  65.1  0.000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  26.6 
 
 		 289 aa  64.7  0.000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.88 
 
 		 320 aa  64.7  0.000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  26.87 
 
 		 337 aa  63.9  0.000000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0776  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.32 
 
 		 314 aa  63.2  0.000000007  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.198135 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  21.25 
 
 		 358 aa  63.2  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3422  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 		 310 aa  63.2  0.000000007  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.544688  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5278  rhamnose ABC transporter, periplasmic rhamnose- binding protein  28.88 
 
 		 373 aa  62.8  0.000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.868799  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3687  ABC sugar transporter, periplasmic binding protein  28.02 
 
 		 310 aa  62.4  0.00000001  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.743219  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1270  ABC sugar transporter, periplasmic ligand binding protein  23.64 
 
 		 334 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.1124  normal  0.127436 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1047  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.51 
 
 		 317 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0266  putative sugar ABC transporter periplasmic sugar-binding protein ABC transporter  22.69 
 
 		 341 aa  62.4  0.00000001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3128  LacI family transcription regulator  28.03 
 
 		 341 aa  61.2  0.00000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.77717 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4063  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.77 
 
 		 332 aa  62  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2204  monosaccharide-transporting ATPase  23.63 
 
 		 335 aa  61.6  0.00000002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00482964  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>