More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4879 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 354 aa  724    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4111  regulatory protein LacI  55.87 
 
 		 358 aa  415  9.999999999999999e-116  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1700  regulatory protein LacI  38.75 
 
 		 354 aa  250  2e-65  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.107913  normal  0.016401 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4494  transcriptional regulator, LacI family  37.79 
 
 		 352 aa  248  1e-64  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.393877 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1274  transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 		 352 aa  237  2e-61  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.128748  normal  0.551853 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4188  regulatory protein, LacI  34.83 
 
 		 332 aa  230  3e-59  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.615532  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  29.55 
 
 		 352 aa  127  4.0000000000000003e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  26.42 
 
 		 364 aa  114  2.0000000000000002e-24  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  26.99 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  24.86 
 
 		 357 aa  101  2e-20  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  27.51 
 
 		 344 aa  99.4  9e-20  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  25.72 
 
 		 346 aa  96.3  7e-19  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  24.57 
 
 		 357 aa  90.1  5e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1120  regulatory protein, LacI  25.61 
 
 		 324 aa  84  0.000000000000004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  24.64 
 
 		 357 aa  80.5  0.00000000000005  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  23.03 
 
 		 354 aa  79  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1895  LacI family transcriptional regulator  25.69 
 
 		 339 aa  78.2  0.0000000000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.371942 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.37 
 
 		 337 aa  77.8  0.0000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.72 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  26.17 
 
 		 331 aa  76.6  0.0000000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5339  ABC transporter substrate binding protein (ribose)  25.34 
 
 		 329 aa  75.9  0.0000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3432  transcriptional regulator, LacI family  24.92 
 
 		 336 aa  75.5  0.000000000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.000000000329456  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0547  transcriptional regulator, LacI family  22.81 
 
 		 325 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000966575  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.18 
 
 		 337 aa  74.7  0.000000000002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  26.28 
 
 		 345 aa  75.1  0.000000000002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  26 
 
 		 342 aa  74.7  0.000000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  26.29 
 
 		 342 aa  74.3  0.000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 353 aa  74.3  0.000000000003  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  31.87 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1870  transcriptional regulator, LacI family  25.24 
 
 		 344 aa  73.9  0.000000000004  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120531  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  22.19 
 
 		 349 aa  73.9  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.87 
 
 		 333 aa  73.9  0.000000000004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  22.22 
 
 		 349 aa  72.8  0.000000000008  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  34.01 
 
 		 336 aa  72.8  0.000000000009  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  22.97 
 
 		 351 aa  72.4  0.00000000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0438  alanine racemase  32.24 
 
 		 338 aa  71.2  0.00000000002  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  unclonable  0.000000000864233  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  24.07 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  24.43 
 
 		 351 aa  71.6  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0948  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.68 
 
 		 311 aa  70.9  0.00000000003  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30 
 
 		 336 aa  70.9  0.00000000003  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1366  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.22 
 
 		 329 aa  70.9  0.00000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.450849  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  23.71 
 
 		 343 aa  70.5  0.00000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  24.53 
 
 		 331 aa  70.9  0.00000000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  22.69 
 
 		 332 aa  70.5  0.00000000004  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  24.71 
 
 		 346 aa  70.1  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3965  Alanine racemase  23.1 
 
 		 338 aa  69.7  0.00000000007  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.578436 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1526  transcriptional regulator, LacI family  28.09 
 
 		 353 aa  69.3  0.00000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.291045  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1798  LacI family transcription regulator  23.78 
 
 		 473 aa  69.7  0.00000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  0.651793 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  26.78 
 
 		 334 aa  68.9  0.0000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  28.12 
 
 		 343 aa  69.3  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0307  LacI family transcription regulator  26.32 
 
 		 338 aa  68.9  0.0000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0353911  normal  0.19283 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  30.52 
 
 		 336 aa  69.3  0.0000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  24.17 
 
 		 336 aa  68.9  0.0000000001  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  23.53 
 
 		 342 aa  68.9  0.0000000001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  26.82 
 
 		 332 aa  68.6  0.0000000002  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1890  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 		 351 aa  68.6  0.0000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1640  LacI family transcription regulator  38.14 
 
 		 332 aa  67.8  0.0000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0684  LacI family transcription regulator  28.25 
 
 		 328 aa  68.6  0.0000000002  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0236047  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3896  LacI family transcription regulator  26.43 
 
 		 339 aa  68.2  0.0000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6278  transcriptional regulator, LacI family  25.32 
 
 		 338 aa  67.8  0.0000000003  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  21.51 
 
 		 343 aa  67.8  0.0000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03609  transcriptional regulator LacI family  28.42 
 
 		 350 aa  67.4  0.0000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.34339  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  31.45 
 
 		 348 aa  67.4  0.0000000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 334 aa  67  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3585  LacI family transcription regulator  45.95 
 
 		 340 aa  67  0.0000000005  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000546261  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1272  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.26 
 
 		 330 aa  67  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.269718  normal  0.414933 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.91 
 
 		 338 aa  66.6  0.0000000006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.81 
 
 		 312 aa  66.2  0.0000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2354  LacI family transcription regulator  26.76 
 
 		 344 aa  66.2  0.0000000007  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0756754  normal  0.112701 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2686  transcriptional regulator, LacI family  29.75 
 
 		 340 aa  66.2  0.0000000007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0750  DNA-binding transcriptional regulator FruR  24.32 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000008  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  28.26 
 
 		 334 aa  66.2  0.0000000008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  28.21 
 
 		 342 aa  66.2  0.0000000008  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0352  transcriptional regulator, LacI family  25.33 
 
 		 339 aa  66.2  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0626  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.95 
 
 		 334 aa  65.9  0.0000000009  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.800956  normal  0.256043 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4333  transcriptional regulator, LacI family  27.16 
 
 		 340 aa  65.9  0.0000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.706731 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 346 aa  65.9  0.000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  21.93 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1214  transcriptional regulator, LacI family  46.99 
 
 		 333 aa  65.9  0.000000001  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.000107104  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1984  LacI family transcription regulator  27.88 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000001  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0783818  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  21.93 
 
 		 354 aa  65.9  0.000000001  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  25.77 
 
 		 345 aa  64.7  0.000000002  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  44.12 
 
 		 334 aa  65.1  0.000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.9 
 
 		 347 aa  65.5  0.000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  29.12 
 
 		 333 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3049  transcriptional regulator, LacI family  26.11 
 
 		 336 aa  64.7  0.000000002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.490257  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  28.04 
 
 		 336 aa  65.1  0.000000002  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3791  DNA-binding transcriptional regulator FruR  23.31 
 
 		 334 aa  65.5  0.000000002  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1929  LacI family transcription regulator  27.22 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.959619  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2646  transcriptional regulator, LacI family  27.18 
 
 		 350 aa  64.7  0.000000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4172  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.48 
 
 		 312 aa  64.7  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000333211 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0130  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.15013  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0135  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4929  LacI family transcription regulator  24.74 
 
 		 346 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.33528  normal  0.200034 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0436  catabolite control protein A  40.28 
 
 		 346 aa  64.3  0.000000003  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000109706  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  22.56 
 
 		 343 aa  64.3  0.000000003  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  23.43 
 
 		 340 aa  64.3  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  26.16 
 
 		 335 aa  64.3  0.000000003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0127  DNA-binding transcriptional regulator FruR  25 
 
 		 334 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>