More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_04075 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  100 
 
 		 333 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  53.03 
 
 		 333 aa  363  2e-99  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  50.6 
 
 		 332 aa  348  6e-95  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  50.76 
 
 		 333 aa  343  2.9999999999999997e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  50.76 
 
 		 332 aa  342  4e-93  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  48.35 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  48.35 
 
 		 334 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  48.35 
 
 		 334 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  48.35 
 
 		 334 aa  331  9e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  47.11 
 
 		 342 aa  330  2e-89  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  46.2 
 
 		 352 aa  318  9e-86  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  46.04 
 
 		 333 aa  315  9e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  42.2 
 
 		 334 aa  291  8e-78  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.04 
 
 		 346 aa  246  4e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.11 
 
 		 332 aa  236  5.0000000000000005e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.02 
 
 		 325 aa  235  7e-61  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.82 
 
 		 336 aa  235  8e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.47 
 
 		 336 aa  233  2.0000000000000002e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  36.06 
 
 		 334 aa  234  2.0000000000000002e-60  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.21 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 		 335 aa  232  6e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  38.25 
 
 		 332 aa  230  2e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.33 
 
 		 340 aa  229  4e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  36.15 
 
 		 342 aa  229  6e-59  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 348 aa  229  6e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.63 
 
 		 346 aa  227  2e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.63 
 
 		 346 aa  228  2e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.18 
 
 		 338 aa  227  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.63 
 
 		 346 aa  228  2e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.63 
 
 		 346 aa  228  2e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  39.63 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.41 
 
 		 339 aa  226  4e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  37.5 
 
 		 343 aa  225  8e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  37.5 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.11 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.11 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.11 
 
 		 340 aa  224  1e-57  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.73 
 
 		 345 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  39.33 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 342 aa  224  2e-57  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  39.33 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.33 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 343 aa  224  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  38.11 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.67 
 
 		 332 aa  223  4e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 336 aa  222  4.9999999999999996e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.59 
 
 		 348 aa  221  9e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.39 
 
 		 342 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  36.75 
 
 		 336 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.14 
 
 		 340 aa  220  1.9999999999999999e-56  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  36.9 
 
 		 347 aa  220  3e-56  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.8 
 
 		 340 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.8 
 
 		 340 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.8 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.8 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.08 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.08 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.08 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.08 
 
 		 342 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.8 
 
 		 340 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.39 
 
 		 338 aa  218  1e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 		 336 aa  215  9e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  36.59 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  212  7e-54  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 346 aa  212  7.999999999999999e-54  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5883  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 347 aa  212  7.999999999999999e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 335 aa  211  1e-53  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 346 aa  210  2e-53  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.89 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.89 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  211  2e-53  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5439  LacI family transcription regulator  35.52 
 
 		 334 aa  210  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.0657321 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.89 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  210  3e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.89 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 340 aa  210  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.5 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  36.86 
 
 		 343 aa  209  4e-53  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  35.65 
 
 		 337 aa  209  4e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.89 
 
 		 335 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 351 aa  209  7e-53  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  34.04 
 
 		 340 aa  208  1e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.04 
 
 		 337 aa  207  1e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  36.14 
 
 		 351 aa  207  2e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  36.06 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  36.06 
 
 		 337 aa  206  4e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>