More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphy_5439 on replicon NC_010623
Organism: Burkholderia phymatum STM815



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010623  Bphy_5439  LacI family transcription regulator  100 
 
 
334 aa  684    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.0657321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5883  transcriptional regulator, LacI family  84.29 
 
 
347 aa  554  1e-157  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2079  LacI family transcription regulator  83.69 
 
 
351 aa  555  1e-157  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  53.61 
 
 
336 aa  362  6e-99  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  50 
 
 
351 aa  320  3e-86  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 
332 aa  222  6e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.52 
 
 
333 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.33 
 
 
332 aa  210  3e-53  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  35.33 
 
 
334 aa  205  7e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.71 
 
 
342 aa  198  9e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  34.08 
 
 
352 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  34.85 
 
 
340 aa  189  5e-47  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 
333 aa  187  3e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  31.93 
 
 
333 aa  185  8e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  36.39 
 
 
344 aa  184  2.0000000000000003e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  32.18 
 
 
333 aa  183  3e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  31.94 
 
 
334 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  31.94 
 
 
334 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  31.94 
 
 
334 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  34.52 
 
 
339 aa  181  2e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.93 
 
 
336 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.04 
 
 
334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  35.37 
 
 
332 aa  179  4.999999999999999e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  32.64 
 
 
344 aa  179  5.999999999999999e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.63 
 
 
336 aa  178  1e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.44 
 
 
334 aa  177  2e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  32.47 
 
 
336 aa  176  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 
325 aa  175  9.999999999999999e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  31.53 
 
 
332 aa  172  6.999999999999999e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  32.14 
 
 
337 aa  172  6.999999999999999e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  32.47 
 
 
334 aa  172  9e-42  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 
341 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  30.54 
 
 
341 aa  171  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  32.25 
 
 
332 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  31.25 
 
 
337 aa  170  3e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  33.12 
 
 
327 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.84 
 
 
339 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  32.58 
 
 
337 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  32.26 
 
 
337 aa  168  1e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  30.84 
 
 
336 aa  168  1e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  32.58 
 
 
350 aa  168  1e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  32.26 
 
 
337 aa  168  1e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  34.01 
 
 
332 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  32.58 
 
 
337 aa  168  1e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 
342 aa  167  2e-40  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 
337 aa  167  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 
337 aa  167  2e-40  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  33.77 
 
 
335 aa  167  2e-40  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 
328 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 
328 aa  167  2e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  31.72 
 
 
328 aa  167  2e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 
337 aa  167  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  33.11 
 
 
340 aa  166  4e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  31.63 
 
 
338 aa  166  5e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  30.84 
 
 
350 aa  166  5.9999999999999996e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  32.8 
 
 
334 aa  162  6e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.37 
 
 
337 aa  162  6e-39  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.25 
 
 
336 aa  162  7e-39  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.89 
 
 
348 aa  160  2e-38  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  30.94 
 
 
340 aa  161  2e-38  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  29.08 
 
 
333 aa  161  2e-38  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  29.41 
 
 
342 aa  161  2e-38  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
343 aa  159  4e-38  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 
343 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 
343 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  31.02 
 
 
336 aa  159  5e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  32.69 
 
 
340 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  34.39 
 
 
343 aa  159  5e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  34.71 
 
 
343 aa  159  6e-38  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  31.99 
 
 
347 aa  159  9e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.08 
 
 
343 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.08 
 
 
343 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.08 
 
 
343 aa  159  9e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  33.13 
 
 
340 aa  158  1e-37  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 
346 aa  158  1e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  31.96 
 
 
340 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  32.69 
 
 
340 aa  158  1e-37  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.57 
 
 
333 aa  158  1e-37  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  158  1e-37  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  158  2e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0409403 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  32.21 
 
 
343 aa  158  2e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.21 
 
 
343 aa  157  2e-37  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  32.23 
 
 
343 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 
337 aa  157  2e-37  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  33.87 
 
 
342 aa  157  2e-37  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  29.34 
 
 
337 aa  156  4e-37  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.76 
 
 
343 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  30.42 
 
 
332 aa  155  9e-37  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  29.85 
 
 
329 aa  154  1e-36  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  31.46 
 
 
343 aa  155  1e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  29.71 
 
 
340 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  30.03 
 
 
340 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>