More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_0008 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  92.56 
 
 		 337 aa  647    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  702    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  60 
 
 		 337 aa  424  1e-117  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  60 
 
 		 339 aa  414  1e-114  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  58.01 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  58.01 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  57.7 
 
 		 350 aa  406  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  58.01 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  58.01 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  58.01 
 
 		 337 aa  407  1.0000000000000001e-112  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  57.7 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  57.4 
 
 		 350 aa  402  1e-111  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  57.7 
 
 		 337 aa  404  1e-111  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  57.01 
 
 		 341 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  56.42 
 
 		 341 aa  382  1e-105  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  54.93 
 
 		 344 aa  377  1e-103  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  49.55 
 
 		 340 aa  331  1e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  49.55 
 
 		 339 aa  330  3e-89  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  50.15 
 
 		 337 aa  327  1.0000000000000001e-88  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  49.25 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  49.25 
 
 		 340 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  49.25 
 
 		 339 aa  327  2.0000000000000001e-88  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  50.45 
 
 		 336 aa  325  5e-88  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  48.96 
 
 		 336 aa  323  3e-87  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  46.27 
 
 		 338 aa  316  3e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  48.66 
 
 		 337 aa  314  9.999999999999999e-85  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  47.46 
 
 		 337 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  38.69 
 
 		 344 aa  234  1.0000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  38.67 
 
 		 336 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  38.37 
 
 		 342 aa  220  1.9999999999999999e-56  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  34.24 
 
 		 332 aa  219  3.9999999999999997e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  39.58 
 
 		 327 aa  218  7.999999999999999e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  38.59 
 
 		 334 aa  218  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 335 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.14 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  37.92 
 
 		 342 aa  211  1e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  36.79 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.76 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.76 
 
 		 328 aa  209  5e-53  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.74 
 
 		 348 aa  204  1e-51  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  37.24 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.01 
 
 		 332 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  32.73 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  35.91 
 
 		 333 aa  202  6e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 332 aa  202  8e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.05 
 
 		 346 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  33.33 
 
 		 337 aa  199  5e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  34.53 
 
 		 336 aa  199  5e-50  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  34.43 
 
 		 332 aa  197  2.0000000000000003e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  34.53 
 
 		 336 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  34.13 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  34.13 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  196  5.000000000000001e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  34.13 
 
 		 334 aa  196  5.000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  33.83 
 
 		 338 aa  196  6e-49  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  37.08 
 
 		 336 aa  196  6e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.13 
 
 		 334 aa  196  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.34 
 
 		 340 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.34 
 
 		 340 aa  195  8.000000000000001e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.93 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.01 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  32.83 
 
 		 333 aa  195  1e-48  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.01 
 
 		 340 aa  194  1e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 330 aa  192  6e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  35.52 
 
 		 346 aa  192  9e-48  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  35.52 
 
 		 346 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  35.52 
 
 		 346 aa  192  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.04 
 
 		 345 aa  191  1e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  32.33 
 
 		 352 aa  191  1e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.52 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.52 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.52 
 
 		 346 aa  191  1e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 326 aa  191  2e-47  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.52 
 
 		 346 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.24 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  34.13 
 
 		 332 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 333 aa  190  4e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  33.93 
 
 		 341 aa  189  5.999999999999999e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 333 aa  189  7e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  35.63 
 
 		 334 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.45 
 
 		 337 aa  188  9e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  35.63 
 
 		 334 aa  188  9e-47  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.22 
 
 		 346 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.23 
 
 		 335 aa  187  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.12 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.12 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.12 
 
 		 340 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 		 335 aa  187  3e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.23 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.23 
 
 		 335 aa  186  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4427  catabolite control protein A  34.17 
 
 		 332 aa  186  5e-46  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2697  LacI family transcription regulator  35.19 
 
 		 339 aa  186  5e-46  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0956022  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  33.93 
 
 		 335 aa  186  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 353 aa  186  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 333 aa  186  5e-46  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.33 
 
 		 333 aa  186  5e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3524  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 336 aa  186  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>