More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4325 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 351 aa  708    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  52.41 
 
 		 336 aa  353  2e-96  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2079  LacI family transcription regulator  50.3 
 
 		 351 aa  325  1e-87  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5883  transcriptional regulator, LacI family  48.69 
 
 		 347 aa  318  7.999999999999999e-86  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5439  LacI family transcription regulator  50 
 
 		 334 aa  309  5e-83  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.0657321 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 332 aa  228  9e-59  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.46 
 
 		 332 aa  214  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  36.1 
 
 		 352 aa  211  1e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.14 
 
 		 333 aa  209  7e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  35.63 
 
 		 334 aa  209  8e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.84 
 
 		 325 aa  204  1e-51  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  36.42 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  33.33 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  36.42 
 
 		 334 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.42 
 
 		 334 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.46 
 
 		 342 aa  199  7e-50  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  33.72 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  35.35 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  34.32 
 
 		 335 aa  192  7e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  32.35 
 
 		 344 aa  192  8e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  30.33 
 
 		 333 aa  191  1e-47  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  30.38 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  32.25 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  32.15 
 
 		 337 aa  190  4e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  34.34 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 337 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  33.44 
 
 		 342 aa  186  4e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.67 
 
 		 340 aa  182  7e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  32.54 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  32.54 
 
 		 337 aa  182  1e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  32.54 
 
 		 337 aa  181  2e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  32.26 
 
 		 340 aa  181  2e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 		 327 aa  181  2e-44  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  33.73 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  32.84 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  32.14 
 
 		 334 aa  180  2.9999999999999997e-44  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  32.84 
 
 		 337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  35.33 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  35.33 
 
 		 346 aa  180  4e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  33.53 
 
 		 332 aa  180  4e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  32.84 
 
 		 337 aa  180  4e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  31.86 
 
 		 338 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 346 aa  179  4.999999999999999e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  32.54 
 
 		 337 aa  179  7e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  35.33 
 
 		 346 aa  179  9e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  31.96 
 
 		 340 aa  179  9e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 340 aa  179  9e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  32.54 
 
 		 350 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  34.29 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35 
 
 		 346 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.67 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  31.96 
 
 		 339 aa  177  2e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  33.78 
 
 		 350 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  31.23 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  28.61 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.84 
 
 		 336 aa  177  3e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.67 
 
 		 340 aa  177  3e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.67 
 
 		 340 aa  176  5e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35 
 
 		 346 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  34.53 
 
 		 337 aa  176  6e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  31.53 
 
 		 332 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  34.01 
 
 		 344 aa  175  9.999999999999999e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  31.09 
 
 		 339 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  33.73 
 
 		 328 aa  175  9.999999999999999e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  30.99 
 
 		 341 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.14 
 
 		 336 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 336 aa  172  5.999999999999999e-42  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  34.41 
 
 		 342 aa  172  5.999999999999999e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  31.83 
 
 		 340 aa  172  7.999999999999999e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  32.34 
 
 		 346 aa  172  9e-42  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  30.7 
 
 		 341 aa  171  2e-41  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 332 aa  171  2e-41  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  32.34 
 
 		 338 aa  171  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  34.55 
 
 		 348 aa  171  2e-41  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.36 
 
 		 333 aa  171  3e-41  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  32.73 
 
 		 328 aa  169  5e-41  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  31.36 
 
 		 336 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.34 
 
 		 339 aa  169  6e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.73 
 
 		 328 aa  169  7e-41  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  33.01 
 
 		 332 aa  169  7e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  31.23 
 
 		 345 aa  169  8e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.76 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.76 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  31.76 
 
 		 340 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  32.63 
 
 		 335 aa  167  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  32.63 
 
 		 335 aa  167  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  31.95 
 
 		 329 aa  167  2.9999999999999998e-40  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  32.91 
 
 		 334 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>