More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2142 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 341 aa  706    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  93.26 
 
 		 341 aa  663    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  65.58 
 
 		 337 aa  461  1e-129  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  63.14 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  63.75 
 
 		 350 aa  444  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  63.39 
 
 		 339 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  64.05 
 
 		 337 aa  447  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  63.14 
 
 		 337 aa  445  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  64.05 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  63.44 
 
 		 337 aa  446  1.0000000000000001e-124  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  63.75 
 
 		 337 aa  443  1e-123  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  63.44 
 
 		 350 aa  441  1e-123  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  63.75 
 
 		 337 aa  443  1e-123  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  62.2 
 
 		 344 aa  432  1e-120  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  57.01 
 
 		 337 aa  389  1e-107  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  57.01 
 
 		 337 aa  390  1e-107  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  44.64 
 
 		 337 aa  292  7e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  43.2 
 
 		 336 aa  289  4e-77  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  43.75 
 
 		 337 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  42.48 
 
 		 337 aa  281  1e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  42.31 
 
 		 336 aa  281  1e-74  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  40.77 
 
 		 338 aa  267  2e-70  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  39.3 
 
 		 340 aa  262  6e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  39.3 
 
 		 339 aa  261  1e-68  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  39 
 
 		 339 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  39 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  39 
 
 		 339 aa  258  1e-67  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  38.49 
 
 		 344 aa  221  9.999999999999999e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  37.46 
 
 		 336 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 342 aa  215  8e-55  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  36.77 
 
 		 340 aa  214  9.999999999999999e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  36.81 
 
 		 327 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37.62 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.76 
 
 		 333 aa  206  6e-52  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  32.73 
 
 		 332 aa  205  8e-52  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  33.73 
 
 		 333 aa  199  5e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  32.73 
 
 		 332 aa  199  6e-50  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  36.58 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  36.58 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  36.58 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 332 aa  196  5.000000000000001e-49  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.24 
 
 		 334 aa  195  7e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.15 
 
 		 325 aa  195  9e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.12 
 
 		 337 aa  191  2e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.12 
 
 		 346 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  35.91 
 
 		 332 aa  189  5.999999999999999e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.73 
 
 		 336 aa  188  1e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 335 aa  188  1e-46  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  35.91 
 
 		 332 aa  188  1e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  33.56 
 
 		 333 aa  187  2e-46  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  36.69 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.12 
 
 		 332 aa  187  2e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  36.69 
 
 		 328 aa  187  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  35.14 
 
 		 336 aa  187  3e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.53 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.53 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.68 
 
 		 342 aa  186  5e-46  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.53 
 
 		 340 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.13 
 
 		 336 aa  186  6e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.94 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  32.15 
 
 		 333 aa  185  9e-46  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.12 
 
 		 348 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 335 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.65 
 
 		 342 aa  182  5.0000000000000004e-45  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  31.72 
 
 		 343 aa  180  2.9999999999999997e-44  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  31.88 
 
 		 352 aa  180  4e-44  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.12 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.12 
 
 		 340 aa  179  5.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.56 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.92 
 
 		 336 aa  177  2e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  32.56 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  34.78 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.56 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.56 
 
 		 343 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.43 
 
 		 334 aa  177  3e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.78 
 
 		 346 aa  177  3e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  34.78 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  34.78 
 
 		 346 aa  176  4e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  32.23 
 
 		 343 aa  176  5e-43  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0838  LacI family transcriptional regulator  33.63 
 
 		 331 aa  175  8e-43  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.620074  normal  0.213955 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0389  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 335 aa  175  8e-43  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0127409 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  33.13 
 
 		 345 aa  175  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 334 aa  175  9.999999999999999e-43  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  30.99 
 
 		 351 aa  174  9.999999999999999e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  34.43 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  33.77 
 
 		 339 aa  174  1.9999999999999998e-42  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  34.43 
 
 		 334 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.45 
 
 		 346 aa  173  3.9999999999999995e-42  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>