More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2681 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  687    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  48.94 
 
 		 351 aa  332  6e-90  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  46.29 
 
 		 342 aa  317  1e-85  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  42.3 
 
 		 334 aa  291  8e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  41.39 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 337 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  41.49 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  41.39 
 
 		 334 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.19 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.44 
 
 		 336 aa  272  7e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  42.69 
 
 		 346 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  42.69 
 
 		 346 aa  271  1e-71  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.69 
 
 		 346 aa  270  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  42.69 
 
 		 346 aa  269  4e-71  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.69 
 
 		 346 aa  270  4e-71  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.69 
 
 		 346 aa  270  4e-71  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.84 
 
 		 336 aa  269  4e-71  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.69 
 
 		 346 aa  270  4e-71  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  44.26 
 
 		 337 aa  267  2e-70  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.09 
 
 		 340 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.09 
 
 		 340 aa  267  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.79 
 
 		 340 aa  266  2.9999999999999995e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  42.39 
 
 		 346 aa  266  4e-70  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.79 
 
 		 340 aa  265  5.999999999999999e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  40.9 
 
 		 340 aa  265  1e-69  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  42.3 
 
 		 339 aa  264  1e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  40.42 
 
 		 332 aa  264  1e-69  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  40.42 
 
 		 332 aa  264  2e-69  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.19 
 
 		 340 aa  263  3e-69  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.9 
 
 		 348 aa  260  2e-68  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  41.34 
 
 		 345 aa  260  3e-68  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.95 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.95 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.95 
 
 		 340 aa  258  1e-67  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.39 
 
 		 338 aa  254  1.0000000000000001e-66  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.88 
 
 		 346 aa  253  2.0000000000000002e-66  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.14 
 
 		 342 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.14 
 
 		 342 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.14 
 
 		 342 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.14 
 
 		 342 aa  253  3e-66  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 340 aa  252  5.000000000000001e-66  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 338 aa  252  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  40.84 
 
 		 338 aa  252  7e-66  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.84 
 
 		 342 aa  251  1e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.28 
 
 		 343 aa  249  3e-65  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.87 
 
 		 335 aa  250  3e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  41.28 
 
 		 343 aa  250  3e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.54 
 
 		 335 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.54 
 
 		 335 aa  249  4e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.94 
 
 		 343 aa  249  5e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  38.14 
 
 		 334 aa  249  6e-65  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.54 
 
 		 335 aa  248  7e-65  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  39.22 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  37.84 
 
 		 345 aa  241  1e-62  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 332 aa  237  2e-61  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.61 
 
 		 332 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.72 
 
 		 334 aa  226  4e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 334 aa  224  2e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  36.53 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  36.53 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  34.14 
 
 		 333 aa  217  2.9999999999999998e-55  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 		 342 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.22 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  34.04 
 
 		 352 aa  210  3e-53  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  37.01 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  35.12 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  36.66 
 
 		 336 aa  200  3e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.18 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 337 aa  196  4.0000000000000005e-49  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 336 aa  195  9e-49  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.2 
 
 		 342 aa  194  2e-48  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  35.16 
 
 		 337 aa  194  2e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  34.62 
 
 		 337 aa  190  2.9999999999999997e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  35.85 
 
 		 352 aa  186  3e-46  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  33.92 
 
 		 339 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.53 
 
 		 335 aa  183  3e-45  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.89 
 
 		 342 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  32.89 
 
 		 342 aa  182  6e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  32.52 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  32.63 
 
 		 347 aa  181  2e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.55 
 
 		 335 aa  181  2e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.99 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.99 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.99 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.99 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.99 
 
 		 341 aa  180  4e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  32.18 
 
 		 333 aa  178  1e-43  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  34.29 
 
 		 351 aa  178  1e-43  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.75 
 
 		 325 aa  178  1e-43  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  29.52 
 
 		 340 aa  177  2e-43  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  32.57 
 
 		 335 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  32.59 
 
 		 335 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  32.81 
 
 		 337 aa  175  8e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>