More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2679 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 337 aa  689    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  49.1 
 
 		 351 aa  326  3e-88  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  43.15 
 
 		 342 aa  301  1e-80  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  41.14 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  40.42 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  40.95 
 
 		 334 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  40.95 
 
 		 334 aa  271  2e-71  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.61 
 
 		 336 aa  259  3e-68  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.01 
 
 		 336 aa  257  2e-67  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.43 
 
 		 348 aa  245  9e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  37.2 
 
 		 335 aa  240  2e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.21 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.21 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.8 
 
 		 337 aa  238  1e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.21 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.21 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.21 
 
 		 342 aa  238  1e-61  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.5 
 
 		 340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.13 
 
 		 340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.13 
 
 		 340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.95 
 
 		 345 aa  236  5.0000000000000005e-61  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.13 
 
 		 340 aa  236  5.0000000000000005e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.13 
 
 		 338 aa  235  1.0000000000000001e-60  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  37.31 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.31 
 
 		 343 aa  234  2.0000000000000002e-60  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.31 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.01 
 
 		 343 aa  233  3e-60  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.61 
 
 		 346 aa  232  5e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  37.46 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.5 
 
 		 339 aa  231  1e-59  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.31 
 
 		 332 aa  229  5e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  35.61 
 
 		 332 aa  227  2e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  36.12 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  36.12 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.12 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.12 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.12 
 
 		 346 aa  226  3e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.12 
 
 		 346 aa  226  4e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  36.12 
 
 		 346 aa  226  5.0000000000000005e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.82 
 
 		 346 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.82 
 
 		 340 aa  221  1.9999999999999999e-56  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  35.29 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  35.29 
 
 		 338 aa  219  3.9999999999999997e-56  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  219  5e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.33 
 
 		 340 aa  219  6e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.03 
 
 		 340 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.03 
 
 		 340 aa  218  8.999999999999998e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  34.02 
 
 		 334 aa  217  2e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.3 
 
 		 335 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.3 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.3 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.3 
 
 		 335 aa  215  9e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.3 
 
 		 335 aa  215  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.73 
 
 		 332 aa  214  9.999999999999999e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  31.96 
 
 		 334 aa  207  2e-52  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  32.05 
 
 		 345 aa  204  2e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.05 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  32.34 
 
 		 333 aa  199  7.999999999999999e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  32.04 
 
 		 333 aa  198  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  32.94 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  32.94 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 334 aa  196  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 334 aa  195  9e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  32.13 
 
 		 352 aa  194  2e-48  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  30.93 
 
 		 333 aa  190  2.9999999999999997e-47  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  33.77 
 
 		 333 aa  181  2e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.77 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  32.69 
 
 		 332 aa  179  7e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  30.41 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.56 
 
 		 336 aa  176  4e-43  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  30.56 
 
 		 341 aa  175  9e-43  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 366 aa  175  9.999999999999999e-43  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  32.14 
 
 		 342 aa  172  5e-42  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4539  transcriptional regulator, LacI family  34.08 
 
 		 350 aa  171  1e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.166389  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  28.53 
 
 		 340 aa  170  3e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  30.48 
 
 		 336 aa  169  6e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  29.64 
 
 		 343 aa  165  1.0000000000000001e-39  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2238  transcriptional regulator, LacI family  29.91 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  30.36 
 
 		 344 aa  163  3e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  31.73 
 
 		 337 aa  162  6e-39  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  29.13 
 
 		 347 aa  162  1e-38  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8999  transcriptional regulator  33.44 
 
 		 361 aa  160  2e-38  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.450526  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2330  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0241905  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2293  LacI family transcription regulator  29.46 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000119214  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2509  transcriptional regulator  29.46 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  30.55 
 
 		 336 aa  161  2e-38  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2524  transcriptional regulator/sugar-binding domain, LacI family  29.46 
 
 		 333 aa  161  2e-38  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000304303 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  30.47 
 
 		 334 aa  160  2e-38  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  29.51 
 
 		 336 aa  160  4e-38  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  31.5 
 
 		 381 aa  159  5e-38  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  28.94 
 
 		 337 aa  159  5e-38  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  29.45 
 
 		 339 aa  159  6e-38  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  30.74 
 
 		 344 aa  158  1e-37  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>