More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene MADE_03798 on replicon NC_011138
Organism: Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  100 
 
 		 333 aa  689    Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  58.79 
 
 		 333 aa  403  1e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  55.62 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  55.62 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  55.62 
 
 		 334 aa  375  1e-103  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.32 
 
 		 342 aa  371  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.32 
 
 		 334 aa  373  1e-102  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  55.93 
 
 		 352 aa  370  1e-101  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.85 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  52.55 
 
 		 333 aa  366  1e-100  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  51.65 
 
 		 332 aa  357  1.9999999999999998e-97  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  50.76 
 
 		 333 aa  343  2.9999999999999997e-93  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  43.84 
 
 		 334 aa  285  5e-76  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  39.7 
 
 		 334 aa  258  7e-68  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  38.62 
 
 		 335 aa  242  5e-63  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  39.34 
 
 		 332 aa  239  5e-62  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.45 
 
 		 332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.24 
 
 		 337 aa  231  1e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.27 
 
 		 338 aa  231  1e-59  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.04 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40.18 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.04 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  39.58 
 
 		 343 aa  230  2e-59  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.04 
 
 		 340 aa  231  2e-59  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  39.58 
 
 		 343 aa  230  3e-59  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  3e-59  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  39.58 
 
 		 343 aa  230  3e-59  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 332 aa  229  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.51 
 
 		 325 aa  228  1e-58  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.25 
 
 		 346 aa  227  3e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.67 
 
 		 348 aa  226  4e-58  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.02 
 
 		 339 aa  224  2e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  38.8 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.32 
 
 		 336 aa  223  4e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.86 
 
 		 340 aa  222  6e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  36.06 
 
 		 351 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.45 
 
 		 336 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  40 
 
 		 336 aa  219  5e-56  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.84 
 
 		 336 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  37.18 
 
 		 332 aa  218  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  38.51 
 
 		 340 aa  218  1e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  38.51 
 
 		 339 aa  217  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  37.3 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.56 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.56 
 
 		 340 aa  217  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.25 
 
 		 340 aa  216  2.9999999999999998e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.86 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.86 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.86 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.86 
 
 		 346 aa  216  4e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.25 
 
 		 340 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  36.86 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  36.86 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  36.86 
 
 		 346 aa  216  5e-55  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  36.48 
 
 		 343 aa  216  5e-55  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.25 
 
 		 340 aa  216  5e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  39.73 
 
 		 338 aa  216  5e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  37.12 
 
 		 332 aa  215  8e-55  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  37.65 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  36.39 
 
 		 346 aa  214  9.999999999999999e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  38.18 
 
 		 340 aa  214  9.999999999999999e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 327 aa  214  1.9999999999999998e-54  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  38.18 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  34.23 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  38.18 
 
 		 339 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  38.51 
 
 		 336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.56 
 
 		 346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  36.08 
 
 		 346 aa  213  3.9999999999999995e-54  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  37.22 
 
 		 347 aa  213  4.9999999999999996e-54  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  34.85 
 
 		 340 aa  211  1e-53  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  37.3 
 
 		 337 aa  211  2e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  33.43 
 
 		 342 aa  210  3e-53  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  33.53 
 
 		 340 aa  209  4e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  33.53 
 
 		 340 aa  208  8e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 		 338 aa  208  1e-52  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  32.84 
 
 		 348 aa  206  7e-52  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  33.94 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.65 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.65 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  34.95 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.65 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.65 
 
 		 335 aa  203  3e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 		 336 aa  203  4e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.65 
 
 		 335 aa  202  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 337 aa  202  5e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 340 aa  202  6e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 341 aa  202  8e-51  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  35.93 
 
 		 338 aa  202  9e-51  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 332 aa  202  9e-51  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  35.57 
 
 		 339 aa  201  9.999999999999999e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.45 
 
 		 352 aa  201  9.999999999999999e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>