More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_1396 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 332 aa  683    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  55.32 
 
 		 333 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  55.49 
 
 		 342 aa  393  1e-108  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  54.22 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  54.22 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  54.68 
 
 		 334 aa  390  1e-107  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  54.22 
 
 		 334 aa  388  1e-107  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  53.96 
 
 		 352 aa  384  1e-105  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  53.8 
 
 		 332 aa  381  1e-104  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  51.98 
 
 		 333 aa  378  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  51.65 
 
 		 333 aa  357  1.9999999999999998e-97  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  50.6 
 
 		 333 aa  348  6e-95  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  42.17 
 
 		 334 aa  296  4e-79  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40 
 
 		 340 aa  249  3e-65  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40 
 
 		 340 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  40 
 
 		 340 aa  249  3e-65  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.88 
 
 		 348 aa  247  2e-64  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.65 
 
 		 337 aa  246  4e-64  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.55 
 
 		 339 aa  245  6.999999999999999e-64  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.97 
 
 		 336 aa  245  9e-64  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  37.05 
 
 		 334 aa  244  9.999999999999999e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  38.48 
 
 		 343 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  243  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 343 aa  243  3e-63  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 342 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 342 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 342 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 342 aa  242  6e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  38.48 
 
 		 342 aa  242  7e-63  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 335 aa  241  1e-62  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.36 
 
 		 336 aa  241  2e-62  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  37.69 
 
 		 338 aa  239  4e-62  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  38.46 
 
 		 335 aa  237  2e-61  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  37.31 
 
 		 336 aa  236  5.0000000000000005e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  37.09 
 
 		 342 aa  234  1.0000000000000001e-60  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  36.86 
 
 		 332 aa  233  4.0000000000000004e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.8 
 
 		 325 aa  232  8.000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  38.14 
 
 		 351 aa  230  3e-59  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4325  LacI family transcription regulator  35.74 
 
 		 351 aa  228  8e-59  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.15 
 
 		 332 aa  228  9e-59  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  35.37 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  36.53 
 
 		 342 aa  226  5.0000000000000005e-58  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  35.84 
 
 		 332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.76 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.76 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.76 
 
 		 346 aa  224  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  35.76 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  35.76 
 
 		 346 aa  224  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  35.96 
 
 		 332 aa  223  3e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.63 
 
 		 336 aa  223  3e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.14 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.45 
 
 		 346 aa  223  4e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 343 aa  223  4.9999999999999996e-57  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  36.34 
 
 		 334 aa  222  7e-57  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.85 
 
 		 340 aa  221  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.45 
 
 		 346 aa  221  9.999999999999999e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  35.24 
 
 		 337 aa  220  1.9999999999999999e-56  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 337 aa  221  1.9999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  35.9 
 
 		 332 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.55 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.55 
 
 		 340 aa  219  3.9999999999999997e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1112  LacI family transcription regulator  34.83 
 
 		 336 aa  219  5e-56  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0361448  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.24 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  34.34 
 
 		 336 aa  219  7e-56  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.24 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.24 
 
 		 340 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 336 aa  217  2e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  33.94 
 
 		 346 aa  216  2.9999999999999998e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  33.94 
 
 		 338 aa  216  2.9999999999999998e-55  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2079  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 351 aa  216  4e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 337 aa  216  4e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5439  LacI family transcription regulator  34.03 
 
 		 334 aa  215  7e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.654938  normal  0.0657321 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5883  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 347 aa  211  1e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.06 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.06 
 
 		 335 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.76 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.76 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 344 aa  210  3e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.76 
 
 		 335 aa  210  3e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.03 
 
 		 348 aa  209  8e-53  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.23 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.23 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.23 
 
 		 340 aa  208  1e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  32.93 
 
 		 340 aa  206  6e-52  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.94 
 
 		 339 aa  205  8e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  32.93 
 
 		 339 aa  204  1e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  31.83 
 
 		 333 aa  204  2e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  34.43 
 
 		 334 aa  203  3e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 337 aa  202  8e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  32.93 
 
 		 345 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0449  catabolite control protein A  35.26 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.486602 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4506  global transcriptional regulator, catabolite control protein A  35.58 
 
 		 332 aa  200  3e-50  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.0038285  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  32.23 
 
 		 337 aa  200  3e-50  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>