More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_4315 on replicon NC_009620
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009620  Smed_4315  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 352 aa  705    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0957821 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0525  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  56.02 
 
 		 356 aa  360  3e-98  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  42.15 
 
 		 342 aa  288  1e-76  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2600  LacI family transcription regulator  41.45 
 
 		 349 aa  267  2e-70  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.383865  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7027  LacI family transcription regulator  44.21 
 
 		 353 aa  258  1e-67  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.777473  normal  1 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2385  transcriptional regulator, LacI family  39.94 
 
 		 346 aa  257  2e-67  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.171577  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  41.74 
 
 		 346 aa  252  6e-66  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  42.09 
 
 		 346 aa  252  7e-66  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  40.72 
 
 		 347 aa  250  3e-65  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  40.36 
 
 		 343 aa  245  8e-64  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  40.55 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  40.55 
 
 		 343 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0632  LacI family transcription regulator  36.61 
 
 		 344 aa  243  3e-63  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 		 343 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 		 343 aa  241  2e-62  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0040  transcriptional regulator, LacI family  41.09 
 
 		 330 aa  240  2e-62  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  39.94 
 
 		 343 aa  240  2.9999999999999997e-62  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2304  transcriptional regulator, LacI family  38.86 
 
 		 347 aa  239  4e-62  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  40.24 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  40.24 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  40.24 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  40.24 
 
 		 343 aa  239  5e-62  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.76 
 
 		 348 aa  239  5.999999999999999e-62  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  42.02 
 
 		 337 aa  238  2e-61  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.85 
 
 		 330 aa  236  3e-61  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  40.06 
 
 		 337 aa  236  5.0000000000000005e-61  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 		 335 aa  236  5.0000000000000005e-61  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1398  ribose operon repressor RbsR  39.08 
 
 		 334 aa  236  6e-61  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.222506 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0945  LacI family transcription regulator  39.02 
 
 		 348 aa  235  7e-61  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.0000657853  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.25 
 
 		 337 aa  234  1.0000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  38.97 
 
 		 346 aa  234  2.0000000000000002e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2398  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 368 aa  232  6e-60  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.9 
 
 		 336 aa  232  8.000000000000001e-60  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  38.07 
 
 		 346 aa  232  9e-60  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1005  transcriptional regulator, LacI family  35.35 
 
 		 336 aa  231  1e-59  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.436284  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 346 aa  231  1e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  40.73 
 
 		 332 aa  231  1e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 342 aa  231  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  40.12 
 
 		 353 aa  229  4e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  36.36 
 
 		 340 aa  229  6e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  38.37 
 
 		 332 aa  228  1e-58  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  38.97 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0710  transcriptional regulator, LacI family  41.34 
 
 		 334 aa  228  2e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0832389  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  38.39 
 
 		 338 aa  226  4e-58  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  36.06 
 
 		 340 aa  226  4e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4711  LacI family transcription regulator  39.26 
 
 		 334 aa  225  8e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_01040  transcriptional regulator  38.44 
 
 		 336 aa  225  9e-58  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  38.32 
 
 		 339 aa  223  3e-57  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0299  transcriptional regulator protein  38.48 
 
 		 365 aa  223  3e-57  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  36.36 
 
 		 340 aa  223  3e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  36.06 
 
 		 340 aa  223  4e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  39.33 
 
 		 326 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0501  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.39 
 
 		 335 aa  222  7e-57  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0579669  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  34.94 
 
 		 340 aa  222  8e-57  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2782  transcriptional regulator, LacI family  37.09 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.76 
 
 		 339 aa  219  5e-56  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  38.25 
 
 		 339 aa  219  7.999999999999999e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3984  transcriptional regulator, LacI family  38.15 
 
 		 336 aa  218  8.999999999999998e-56  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  38.64 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 337 aa  217  2e-55  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3131  transcriptional regulator, LacI family  39.7 
 
 		 334 aa  216  2.9999999999999998e-55  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.159166  hitchhiker  0.005841 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0187  transcriptional regulator, LacI family  39.16 
 
 		 339 aa  214  9.999999999999999e-55  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.83 
 
 		 333 aa  212  7e-54  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_38350  transcriptional regulator  39.23 
 
 		 343 aa  212  7e-54  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  36.59 
 
 		 338 aa  211  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3606  LacI family transcription regulator  38.15 
 
 		 355 aa  211  2e-53  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2029  transcriptional regulator, LacI family  40.18 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0812  ribose operon repressor, putative  35.35 
 
 		 343 aa  209  4e-53  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.460177  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3367  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.16 
 
 		 330 aa  210  4e-53  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00871192 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.06 
 
 		 336 aa  209  4e-53  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0728  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 337 aa  209  6e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.3979  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5754  transcriptional regulator, LacI family  38.62 
 
 		 348 aa  209  6e-53  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.597528  normal  0.0761262 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3653  hypothetical protein  37.43 
 
 		 353 aa  209  6e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.101524 
 
 
-
 
NC_007488  RSP_3939  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 354 aa  209  7e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  37.88 
 
 		 357 aa  209  8e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.03 
 
 		 334 aa  208  1e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3620  transcriptional regulator, LacI family  38.18 
 
 		 342 aa  207  3e-52  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  34.53 
 
 		 332 aa  206  6e-52  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 341 aa  205  8e-52  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  35.74 
 
 		 338 aa  205  1e-51  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  34.23 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3220  ribose operon repressor  35.17 
 
 		 336 aa  205  1e-51  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.396432  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5347  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.993623  normal  0.389225 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  36.62 
 
 		 343 aa  204  2e-51  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  34.83 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00486  transcriptional regulator LacI family  38.84 
 
 		 331 aa  204  2e-51  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1482  transcriptional regulator, LacI family  34.63 
 
 		 337 aa  204  2e-51  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1744  transcriptional regulator, LacI family  33.24 
 
 		 336 aa  203  3e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  36.09 
 
 		 329 aa  204  3e-51  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.91 
 
 		 333 aa  203  3e-51  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0907  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 341 aa  203  3e-51  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.625918  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4293  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  39.12 
 
 		 342 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.719683 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5883  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.55 
 
 		 356 aa  203  4e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.92391 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  38.41 
 
 		 332 aa  202  5e-51  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5940  transcriptional regulator, LacI family  35.76 
 
 		 347 aa  202  5e-51  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.146898  normal  0.555591 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.73 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  34.64 
 
 		 337 aa  202  6e-51  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>