More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_2954 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  97.32 
 
 		 336 aa  679    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  100 
 
 		 336 aa  695    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  76.67 
 
 		 339 aa  521  1e-147  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  74.85 
 
 		 340 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  74.85 
 
 		 340 aa  520  1e-146  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  74.85 
 
 		 340 aa  520  1e-146  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.77 
 
 		 343 aa  498  1e-140  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  72.07 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  72.07 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  72.97 
 
 		 338 aa  498  1e-140  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.77 
 
 		 343 aa  499  1e-140  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  70.48 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  70.48 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  70.48 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  70.48 
 
 		 342 aa  481  1e-135  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.82 
 
 		 337 aa  482  1e-135  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0761  DNA-binding transcriptional regulator GalR  71.52 
 
 		 348 aa  484  1e-135  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.533461  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  70.18 
 
 		 342 aa  479  1e-134  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.97 
 
 		 340 aa  374  1e-103  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.36 
 
 		 346 aa  372  1e-102  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  55.76 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.06 
 
 		 346 aa  369  1e-101  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.06 
 
 		 332 aa  369  1e-101  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.06 
 
 		 340 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  55.76 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  55.76 
 
 		 335 aa  369  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  55.76 
 
 		 340 aa  369  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  56.06 
 
 		 340 aa  370  1e-101  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  55.32 
 
 		 345 aa  367  1e-100  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  55.62 
 
 		 332 aa  358  9e-98  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  55.02 
 
 		 332 aa  356  2.9999999999999997e-97  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  53.64 
 
 		 346 aa  353  2.9999999999999997e-96  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  45.4 
 
 		 342 aa  302  5.000000000000001e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.5 
 
 		 335 aa  282  5.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.2 
 
 		 335 aa  282  6.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.5 
 
 		 335 aa  281  8.000000000000001e-75  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.77 
 
 		 340 aa  281  9e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.2 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  43.2 
 
 		 335 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00229  putative GalR repressor of contiguous operon, likely to bind a galactoside  43.94 
 
 		 351 aa  278  1e-73  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  44.41 
 
 		 334 aa  277  2e-73  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  42.86 
 
 		 338 aa  272  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 338 aa  272  5.000000000000001e-72  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  40.84 
 
 		 335 aa  269  4e-71  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  41.39 
 
 		 345 aa  265  7e-70  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2679  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 337 aa  259  3e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  41.34 
 
 		 332 aa  256  5e-67  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  41.14 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  41.14 
 
 		 334 aa  246  3e-64  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  36.97 
 
 		 332 aa  245  9e-64  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  39.82 
 
 		 333 aa  235  8e-61  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  39.39 
 
 		 334 aa  235  9e-61  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  36.06 
 
 		 333 aa  231  9e-60  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  35.26 
 
 		 334 aa  229  7e-59  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  38.37 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  35.87 
 
 		 333 aa  225  7e-58  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.98 
 
 		 342 aa  223  4e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.98 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 		 334 aa  222  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  35.98 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  35.98 
 
 		 334 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  35.67 
 
 		 352 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  35.45 
 
 		 333 aa  220  1.9999999999999999e-56  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  35.89 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  35.44 
 
 		 337 aa  211  1e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  34.74 
 
 		 337 aa  210  3e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  37.99 
 
 		 327 aa  210  3e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  34.94 
 
 		 336 aa  209  4e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 337 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 342 aa  208  9e-53  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.06 
 
 		 336 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  37.65 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.65 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  38.08 
 
 		 342 aa  207  1e-52  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.65 
 
 		 328 aa  208  1e-52  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  35.91 
 
 		 337 aa  206  5e-52  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  34.04 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  36.81 
 
 		 332 aa  205  1e-51  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  35.61 
 
 		 350 aa  203  3e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  35.61 
 
 		 337 aa  203  3e-51  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  34.14 
 
 		 338 aa  203  3e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  36.28 
 
 		 337 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  36.28 
 
 		 337 aa  202  5e-51  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  36.28 
 
 		 337 aa  201  9.999999999999999e-51  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  32.93 
 
 		 341 aa  201  1.9999999999999998e-50  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  35.31 
 
 		 337 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.83 
 
 		 342 aa  201  1.9999999999999998e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  35.54 
 
 		 350 aa  201  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>