More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PC1_3471 on replicon NC_012917
Organism: Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  100 
 
 		 337 aa  700    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  93.77 
 
 		 337 aa  665    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  72.75 
 
 		 337 aa  513  1e-144  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  70.96 
 
 		 336 aa  501  1e-141  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  70.36 
 
 		 336 aa  498  1e-140  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  60.83 
 
 		 338 aa  441  1e-123  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  61.49 
 
 		 340 aa  434  1e-121  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  61.19 
 
 		 339 aa  431  1e-120  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  60.9 
 
 		 340 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  60.9 
 
 		 339 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  60.9 
 
 		 339 aa  429  1e-119  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  49.25 
 
 		 337 aa  318  7.999999999999999e-86  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  47.46 
 
 		 337 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3162  transcriptional regulator AscG  45.32 
 
 		 337 aa  297  2e-79  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0975  transcriptional regulator, LacI family  45.32 
 
 		 337 aa  296  3e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.818441  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0998  LacI family transcription regulator  45.32 
 
 		 337 aa  296  3e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00190797 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3965  transcriptional regulator AscG  45.02 
 
 		 350 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02564  DNA-binding transcriptional repressor  45.02 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2999  transcriptional regulator AscG  45.02 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02529  hypothetical protein  45.02 
 
 		 337 aa  294  1e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2838  transcriptional regulator AscG  45.02 
 
 		 350 aa  293  3e-78  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.106461 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2850  transcriptional regulator AscG  45.02 
 
 		 337 aa  293  3e-78  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0708  HTH-type transcriptional regulator, LacI family  44.11 
 
 		 336 aa  291  2e-77  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3187  LacI family transcription regulator  44.35 
 
 		 337 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2142  transcriptional regulator, LacI family  43.75 
 
 		 341 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0577  LacI family transcription regulator  43.92 
 
 		 344 aa  282  5.000000000000001e-75  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.868296  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1823  transcriptional regulator, LacI family  44.51 
 
 		 339 aa  282  6.000000000000001e-75  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.33943  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1164  LacI family transcription regulator  44.24 
 
 		 344 aa  275  1.0000000000000001e-72  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2483  transcriptional regulator, LacI family  42.86 
 
 		 341 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.467118  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1916  LacI family transcription regulator  38.97 
 
 		 335 aa  245  9.999999999999999e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  39.53 
 
 		 332 aa  244  1.9999999999999999e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  39.19 
 
 		 332 aa  241  1e-62  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.48 
 
 		 332 aa  229  4e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  39.34 
 
 		 334 aa  229  6e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  39.57 
 
 		 342 aa  228  8e-59  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002440  transcriptional regulator LacI family  34.76 
 
 		 332 aa  226  5.0000000000000005e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0100228  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 		 334 aa  223  3e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.35 
 
 		 334 aa  223  4e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  36.56 
 
 		 333 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3616  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 345 aa  222  6e-57  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.427646 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  38.96 
 
 		 336 aa  222  9e-57  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 		 334 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  37.05 
 
 		 334 aa  221  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1788  HTH-type transcriptional regulator GalR  37.39 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  35.65 
 
 		 352 aa  220  3e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1667  HTH-type transcriptional regulator GalR  37.39 
 
 		 335 aa  220  3e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1669  HTH-type transcriptional regulator GalR  37.09 
 
 		 335 aa  219  7e-56  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1732  HTH-type transcriptional regulator GalR  37.09 
 
 		 335 aa  218  2e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03798  galactose operon repressor  37.3 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0905  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 340 aa  216  2.9999999999999998e-55  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.153001  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4592  LacI family transcription regulator  38.89 
 
 		 327 aa  216  2.9999999999999998e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1610  HTH-type transcriptional regulator GalR  36.8 
 
 		 335 aa  216  4e-55  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.578137  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 332 aa  216  4e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1965  LacI family transcription regulator  37.95 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.31848  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1855  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.95 
 
 		 338 aa  214  1.9999999999999998e-54  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03620  hypothetical protein  34.45 
 
 		 332 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  37 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3524  transcriptional regulator, LacI family  34.51 
 
 		 336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.154418  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.35 
 
 		 342 aa  213  4.9999999999999996e-54  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  35.65 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1078  transcriptional regulator, LacI family  37.35 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00527595 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0552  transcriptional regulator for galactose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.43 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3331  regulatory protein LacI  37.35 
 
 		 334 aa  211  1e-53  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1324  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.05 
 
 		 336 aa  209  7e-53  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2954  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.05 
 
 		 336 aa  209  7e-53  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.03 
 
 		 336 aa  206  5e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0686  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 		 334 aa  205  1e-51  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000244214 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3249  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.91 
 
 		 340 aa  203  4e-51  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000735815 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.91 
 
 		 340 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0972  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.91 
 
 		 340 aa  203  4e-51  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  36.14 
 
 		 333 aa  202  7e-51  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  35.41 
 
 		 342 aa  201  9.999999999999999e-51  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  34.85 
 
 		 333 aa  200  1.9999999999999998e-50  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3711  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.05 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.37 
 
 		 332 aa  201  1.9999999999999998e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3952  LacI family sugar-binding transcriptional regulator  37.05 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0240  LacI family transcription regulator  37.05 
 
 		 328 aa  201  1.9999999999999998e-50  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4106  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.36 
 
 		 343 aa  200  3e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.73393  hitchhiker  0.000026097 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 		 332 aa  199  3.9999999999999996e-50  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0853  transcriptional regulator, LacI family  36.03 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0745  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 337 aa  199  5e-50  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2985  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.03 
 
 		 343 aa  199  5e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3832  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.23 
 
 		 339 aa  199  5e-50  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02685  DNA-binding transcriptional repressor  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3025  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0878  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2984  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02646  hypothetical protein  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3157  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.69 
 
 		 343 aa  199  7.999999999999999e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.674454  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3160  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.706978  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3226  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000639669 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 333 aa  197  2.0000000000000003e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3178  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3278  DNA-binding transcriptional regulator GalR  35.57 
 
 		 338 aa  197  2.0000000000000003e-49  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3241  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 342 aa  197  2.0000000000000003e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000512141 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3342  DNA-binding transcriptional regulator GalR  36.24 
 
 		 342 aa  196  4.0000000000000005e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0205886 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2083  LacI family transcription regulator  33.77 
 
 		 342 aa  194  1e-48  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1608  HTH-type transcriptional regulator GalR  35.33 
 
 		 340 aa  195  1e-48  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.656083  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  34.53 
 
 		 386 aa  194  1e-48  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  34.34 
 
 		 346 aa  194  2e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>