More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rcas_2456 on replicon NC_009767
Organism: Roseiflexus castenholzii DSM 13941



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009767  Rcas_2456  LacI family transcription regulator  100 
 
 
352 aa  693    Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  89.05 
 
 
339 aa  588  1e-167  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.669064  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5343  transcriptional regulator, LacI family  50.44 
 
 
346 aa  317  3e-85  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.629268  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1710  LacI family transcription regulator  48.66 
 
 
344 aa  313  2.9999999999999996e-84  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2029  transcriptional regulator, LacI family  46.59 
 
 
343 aa  287  2e-76  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.259814  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0141  transcriptional regulator, LacI family  49.7 
 
 
352 aa  276  5e-73  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6728  transcriptional regulator, LacI family  49.55 
 
 
330 aa  273  3e-72  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.30676 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1201  transcriptional regulator, LacI family  45.71 
 
 
369 aa  245  6.999999999999999e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_1039  transcriptional regulator, LacI family  42.77 
 
 
335 aa  242  7e-63  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal  0.763087 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3360  transcriptional regulator, LacI family  47.68 
 
 
341 aa  242  9e-63  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.706922  normal  0.566269 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6720  transcriptional regulator, LacI family  42.06 
 
 
374 aa  237  2e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.396206  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_06650  transcriptional regulator, LacI family  43.14 
 
 
355 aa  230  3e-59  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.742485  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  40.65 
 
 
333 aa  227  2e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0629  LacI family transcription regulator  36.17 
 
 
339 aa  225  7e-58  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.409769  normal 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0922  regulatory protein LacI  43.86 
 
 
358 aa  220  1.9999999999999999e-56  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.000135771  normal  0.0875703 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  39.58 
 
 
332 aa  219  6e-56  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.53 
 
 
336 aa  214  9.999999999999999e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  36.92 
 
 
342 aa  214  1.9999999999999998e-54  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_28980  transcriptional regulator  41.38 
 
 
373 aa  209  6e-53  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  40.57 
 
 
346 aa  206  7e-52  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  40.57 
 
 
346 aa  205  8e-52  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2000  LacI family transcription regulator  40.2 
 
 
346 aa  205  1e-51  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.121919  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  36.34 
 
 
334 aa  204  1e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  37.98 
 
 
343 aa  204  2e-51  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_5756  transcriptional regulator, LacI family  39.76 
 
 
347 aa  203  3e-51  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  40.2 
 
 
346 aa  202  6e-51  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  38.66 
 
 
347 aa  202  9e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1628  LacI family transcription regulator  40.06 
 
 
343 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4748  LacI family transcription regulator  39.54 
 
 
343 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.395057 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1586  LacI family transcription regulator  41.12 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.122412  normal  0.650271 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1129  LacI family transcription regulator  41.12 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  41.45 
 
 
343 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1609  LacI family transcription regulator  41.12 
 
 
343 aa  199  3.9999999999999996e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0684889  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  41.45 
 
 
343 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  34.02 
 
 
342 aa  199  7e-50  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0134  transcriptional regulator, LacI family  37.97 
 
 
360 aa  199  7e-50  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  41.1 
 
 
333 aa  199  9e-50  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  38.12 
 
 
339 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  36.42 
 
 
348 aa  198  1.0000000000000001e-49  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  40 
 
 
343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0580  LacI family response repressor  37.27 
 
 
352 aa  197  2.0000000000000003e-49  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  40.3 
 
 
353 aa  197  3e-49  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  39.67 
 
 
343 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  39.67 
 
 
343 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  39.67 
 
 
343 aa  196  8.000000000000001e-49  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  34.99 
 
 
335 aa  195  8.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2994  DNA-binding transcriptional regulator GalS  36.58 
 
 
332 aa  195  1e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  34.12 
 
 
336 aa  194  1e-48  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  33.64 
 
 
334 aa  194  2e-48  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  36.69 
 
 
343 aa  194  3e-48  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  35.59 
 
 
337 aa  193  3e-48  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2281  transcriptional regulator, LacI family  36.8 
 
 
334 aa  194  3e-48  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  33.83 
 
 
341 aa  193  3e-48  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2426  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.3 
 
 
340 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.656004  normal  0.991172 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0888  transcriptional regulator, LacI family  41.79 
 
 
349 aa  193  4e-48  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2540  DNA-binding transcriptional regulator GalS  39.3 
 
 
340 aa  193  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.182428  normal  0.113132 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2382  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.98 
 
 
340 aa  192  7e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.824252 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2430  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.98 
 
 
340 aa  192  9e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.688486  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2337  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.98 
 
 
340 aa  192  1e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02080  DNA-binding transcriptional repressor  38.54 
 
 
346 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.451006  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  37.06 
 
 
340 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02039  hypothetical protein  38.54 
 
 
346 aa  191  1e-47  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.361585  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1507  transcriptional regulator, LacI family  38.54 
 
 
346 aa  191  2e-47  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.85 
 
 
346 aa  191  2e-47  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.912253  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2298  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.54 
 
 
346 aa  191  2e-47  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00335365 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002667  Galactose operon repressor  38.41 
 
 
332 aa  191  2e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1497  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.54 
 
 
346 aa  191  2e-47  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2285  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.54 
 
 
346 aa  191  2e-47  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.17 
 
 
336 aa  190  2.9999999999999997e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.37 
 
 
340 aa  190  2.9999999999999997e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.73 
 
 
333 aa  189  4e-47  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0402  transcriptional regulator, LacI family  33.04 
 
 
339 aa  190  4e-47  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000159796  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2751  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.1 
 
 
340 aa  189  5e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03325  transcriptional regulator  38.08 
 
 
332 aa  189  8e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1562  DNA-binding transcriptional regulator GalS  37.76 
 
 
345 aa  189  9e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.49 
 
 
341 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.49 
 
 
341 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.49 
 
 
341 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.49 
 
 
341 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2446  DNA-binding transcriptional regulator GalS  38.22 
 
 
346 aa  188  1e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  36.72 
 
 
336 aa  188  1e-46  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.49 
 
 
341 aa  188  1e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.27 
 
 
342 aa  188  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1685  transcriptional regulator, LacI family  36.49 
 
 
337 aa  187  2e-46  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.27 
 
 
342 aa  188  2e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37.5 
 
 
334 aa  187  2e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.04 
 
 
330 aa  186  4e-46  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2681  LacI family transcription regulator  35.85 
 
 
335 aa  186  4e-46  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  36.44 
 
 
337 aa  186  4e-46  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.09 
 
 
355 aa  186  4e-46  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  37.64 
 
 
338 aa  186  6e-46  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  37.61 
 
 
339 aa  186  6e-46  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1790  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.75 
 
 
337 aa  186  6e-46  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.00351385  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1062  DNA-binding transcriptional regulator GalS  35.4 
 
 
346 aa  186  7e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  33.53 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  33.53 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 
341 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  33.53 
 
 
343 aa  184  2.0000000000000003e-45  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>