More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VIBHAR_06936 on replicon NC_009784
Organism: Vibrio harveyi ATCC BAA-1116



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009784  VIBHAR_06936  hypothetical protein  100 
 
 
340 aa  700    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0283  LacI family transcriptional regulator  42.07 
 
 
342 aa  257  2e-67  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.881799  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2467  LacI family transcription regulator  40.9 
 
 
336 aa  243  1.9999999999999999e-63  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2858  LacI family transcription regulator  39.64 
 
 
343 aa  234  1.0000000000000001e-60  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.640321  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_04075  galactose operon repressor  38.11 
 
 
333 aa  223  4e-57  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37.58 
 
 
334 aa  219  7e-56  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.54 
 
 
332 aa  213  2.9999999999999995e-54  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1129  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.3 
 
 
334 aa  203  3e-51  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3176  transcriptional regulator, LacI family  35.97 
 
 
334 aa  201  9.999999999999999e-51  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.143935  normal  0.494014 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1214  LacI family transcription regulator  35.97 
 
 
334 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.692885  normal  0.113089 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1181  alanine racemase  35.97 
 
 
334 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.0331058  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.98 
 
 
337 aa  199  3.9999999999999996e-50  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1314  transcriptional regulator, LacI family protein  34.04 
 
 
352 aa  199  7e-50  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0881  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.38 
 
 
325 aa  197  2.0000000000000003e-49  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.188257  normal  0.666839 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.43 
 
 
333 aa  196  6e-49  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2609  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 
342 aa  195  8.000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.64 
 
 
339 aa  193  3e-48  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.35 
 
 
341 aa  192  6e-48  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  34.85 
 
 
334 aa  192  6e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1145  LacI family transcription regulator  33.99 
 
 
333 aa  191  1e-47  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 
341 aa  191  2e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.74 
 
 
336 aa  191  2e-47  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2388  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 
341 aa  191  2e-47  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.282493  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1396  LacI family transcription regulator  33 
 
 
332 aa  191  2e-47  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.188133  hitchhiker  0.000600717 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3243  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.14 
 
 
340 aa  191  2e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000054765 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2672  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.55 
 
 
341 aa  190  2.9999999999999997e-47  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.807137  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  34.43 
 
 
348 aa  189  4e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3344  HTH-type transcriptional regulator AscG  34.14 
 
 
339 aa  190  4e-47  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.718161  normal  0.0271899 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 
335 aa  189  5e-47  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.86 
 
 
341 aa  189  5.999999999999999e-47  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  35.85 
 
 
341 aa  189  8e-47  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.22 
 
 
334 aa  187  2e-46  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3834  LacI family transcription regulator  33.98 
 
 
336 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3228  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.84 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000212172 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3180  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.84 
 
 
339 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3162  HTH-type transcriptional regulator AscG  33.84 
 
 
340 aa  187  3e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3471  transcriptional regulator, LacI family  33.66 
 
 
337 aa  187  3e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.413963  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3620  transcriptional regulator, LacI family  33.98 
 
 
337 aa  187  3e-46  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.223441  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.92 
 
 
341 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.92 
 
 
341 aa  186  5e-46  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.92 
 
 
341 aa  186  5e-46  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  31.71 
 
 
333 aa  185  8e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  32.85 
 
 
340 aa  184  1.0000000000000001e-45  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  33.43 
 
 
331 aa  185  1.0000000000000001e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0754  transcriptional regulator, LacI family  33.01 
 
 
337 aa  184  2.0000000000000003e-45  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.143705  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3283  LacI family transcription regulator  32.33 
 
 
338 aa  184  2.0000000000000003e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0285  alanine racemase  36 
 
 
337 aa  183  3e-45  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.32 
 
 
343 aa  183  4.0000000000000006e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 
332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  33.84 
 
 
332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  34.14 
 
 
332 aa  182  7e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  33.99 
 
 
386 aa  182  7e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0870  LacI family transcription regulator  36.06 
 
 
328 aa  182  7e-45  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 
332 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  33.53 
 
 
332 aa  182  8.000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 
337 aa  181  1e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1873  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.76 
 
 
341 aa  181  1e-44  Escherichia coli E24377A  Bacteria  unclonable  0.00000000000326079  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01629  DNA-binding transcriptional repressor, hypoxanthine-binding  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.847977  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1738  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  1.20958e-17  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1982  transcriptional regulator, LacI family  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0168569  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2372  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000002203  normal  0.181026 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1857  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000046163  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0008  transcriptional regulator, LacI family  35.91 
 
 
337 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1538  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0686294  normal  0.0781462 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01618  hypothetical protein  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.850711  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1971  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  180  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000994316 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4219  transcriptional repressor RbsR  33.23 
 
 
332 aa  180  2.9999999999999997e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.817954  normal  0.878921 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0566  transcriptional regulator, LacI family  36.34 
 
 
328 aa  180  2.9999999999999997e-44  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 
333 aa  179  4e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  35.45 
 
 
333 aa  180  4e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1913  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  decreased coverage  0.000592501  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.54 
 
 
330 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1563  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.00208837  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1789  DNA-binding transcriptional repressor PurR  32.48 
 
 
341 aa  179  4.999999999999999e-44  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0286691 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3179  transcriptional regulator, LacI family  34.96 
 
 
355 aa  179  4.999999999999999e-44  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.588941  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  32.62 
 
 
329 aa  179  4.999999999999999e-44  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1526  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.44 
 
 
341 aa  179  4.999999999999999e-44  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.580264  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.54 
 
 
328 aa  179  5.999999999999999e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1600  LacI family transcription regulator  36.78 
 
 
328 aa  179  7e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2320  LacI family transcriptional regulator  36.12 
 
 
340 aa  179  7e-44  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.316441  normal  0.202359 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0734  transcriptional regulator, LacI family  33.12 
 
 
336 aa  179  9e-44  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  31.68 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  31.68 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  32.22 
 
 
333 aa  178  1e-43  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1744  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.12 
 
 
341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  decreased coverage  0.0000285436  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  31.68 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  31.68 
 
 
330 aa  178  1e-43  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1540  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.12 
 
 
341 aa  178  1e-43  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000065632  normal 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1601  alanine racemase  34.62 
 
 
337 aa  178  1e-43  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.520299  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3709  galactose operon repressor  32.33 
 
 
333 aa  177  2e-43  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.536559  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 
343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 
343 aa  177  2e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1631  LacI family transcription regulator  34.57 
 
 
381 aa  177  2e-43  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.213128  normal  0.697087 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0007  transcriptional regulator, LacI family  34.5 
 
 
337 aa  177  2e-43  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2403  transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 
379 aa  177  2e-43  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  hitchhiker  0.00011763  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 
343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  33.53 
 
 
343 aa  177  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013521  Sked_11530  transcriptional regulator, LacI family  34.73 
 
 
331 aa  177  3e-43  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00809623 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1550  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.59 
 
 
328 aa  177  3e-43  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000390905  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  31.37 
 
 
330 aa  177  3e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>