More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tpet_1556 on replicon NC_009486
Organism: Thermotoga petrophila RKU-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  100 
 
 		 333 aa  668    Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  99.4 
 
 		 333 aa  666    Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0418  alanine racemase  54.85 
 
 		 338 aa  384  1e-105  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.923997  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0832  LacI family transcription regulator  56.12 
 
 		 346 aa  379  1e-104  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  42.38 
 
 		 335 aa  260  2e-68  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  40.12 
 
 		 336 aa  259  6e-68  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1736  transcriptional regulator, LacI family  41.74 
 
 		 333 aa  251  1e-65  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.00000000004003  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  37.12 
 
 		 332 aa  243  3e-63  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  38.72 
 
 		 333 aa  243  5e-63  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23020  transcriptional regulator, LacI family  40.6 
 
 		 336 aa  241  1e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000406909  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14510  transcriptional regulator, LacI family  40.12 
 
 		 333 aa  239  2.9999999999999997e-62  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000207214  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  37.31 
 
 		 334 aa  233  3e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0296  degradation activator  35.78 
 
 		 331 aa  233  5e-60  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  37.61 
 
 		 348 aa  232  8.000000000000001e-60  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  39.33 
 
 		 331 aa  231  1e-59  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_00440  transcriptional regulator, LacI family  39.02 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  40.54 
 
 		 342 aa  230  2e-59  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1262  LacI family transcription regulator  36.75 
 
 		 347 aa  230  3e-59  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  unclonable  0.00000000000350604  unclonable  0.0000000118995 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0582  alanine racemase  37.05 
 
 		 337 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.000000548778  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  37.12 
 
 		 336 aa  228  1e-58  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000337  ribose operon repressor  37.08 
 
 		 340 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  36.7 
 
 		 334 aa  227  2e-58  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  37.39 
 
 		 336 aa  226  4e-58  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.34 
 
 		 336 aa  226  5.0000000000000005e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2699  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 339 aa  225  1e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  38.84 
 
 		 328 aa  224  2e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  37.24 
 
 		 342 aa  223  3e-57  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  33.23 
 
 		 334 aa  222  8e-57  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0892  LacI family transcription regulator  35.67 
 
 		 391 aa  222  9e-57  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.23 
 
 		 334 aa  221  9e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.31 
 
 		 330 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2457  ribose operon repressor  35.78 
 
 		 340 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.683116  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1725  transcriptional regulator, LacI family  36.75 
 
 		 338 aa  221  1.9999999999999999e-56  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  34.15 
 
 		 336 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0952  LacI family transcription regulator  37.16 
 
 		 341 aa  219  3.9999999999999997e-56  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_13230  transcriptional regulator  37.43 
 
 		 353 aa  219  6e-56  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.161567  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  37.27 
 
 		 338 aa  218  7.999999999999999e-56  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2154  LacI transcriptional regulator  35.98 
 
 		 338 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0306626  normal  0.912687 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1014  transcriptional regulatory DNA-binding repressor transcription regulator protein  34.43 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.106948  normal  0.302245 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  36.47 
 
 		 353 aa  218  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2170  LacI family transcription regulator  38.01 
 
 		 366 aa  217  2e-55  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.626121  normal  0.28501 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  36.14 
 
 		 333 aa  217  2e-55  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_4170  transcriptional repressor RbsR  37.69 
 
 		 341 aa  217  2e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  unclonable  0.0000181496  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  32.93 
 
 		 333 aa  216  2.9999999999999998e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1234  LacI family transcription regulator  34.65 
 
 		 343 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.50127  normal  0.134178 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1862  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 341 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.171232  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2572  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 341 aa  216  5e-55  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.407544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1755  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 341 aa  216  5e-55  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.00265778  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  36.47 
 
 		 330 aa  216  5e-55  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1683  DNA-binding transcriptional repressor PurR  34.85 
 
 		 341 aa  216  5.9999999999999996e-55  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3233  alanine racemase  35.17 
 
 		 340 aa  216  5.9999999999999996e-55  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.16314  normal  0.588082 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0944  transcriptional regulator, LacI family  33.93 
 
 		 346 aa  215  7e-55  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.12331  normal  0.110635 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1400  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.2 
 
 		 332 aa  215  7e-55  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.665266  normal  0.0917942 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3489  LacI family transcription regulator  35.78 
 
 		 340 aa  215  8e-55  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.253603  normal  0.255541 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  36.47 
 
 		 330 aa  215  8e-55  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  36.47 
 
 		 330 aa  215  8e-55  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  38.48 
 
 		 337 aa  215  8e-55  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  35.71 
 
 		 340 aa  215  8e-55  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4283  LacI family transcription regulator  34.76 
 
 		 341 aa  215  8e-55  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0879  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 346 aa  215  9e-55  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0496177  normal  0.310275 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  35.89 
 
 		 339 aa  214  9.999999999999999e-55  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  36.47 
 
 		 330 aa  214  9.999999999999999e-55  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_15580  transcriptional regulator, LacI family  36.47 
 
 		 336 aa  214  1.9999999999999998e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  36.17 
 
 		 330 aa  214  1.9999999999999998e-54  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.64 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39300  ribose operon repressor RbsR  34.25 
 
 		 337 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00488223  normal  0.347554 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1367  ribose operon repressor  34.76 
 
 		 333 aa  214  1.9999999999999998e-54  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390962  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  37 
 
 		 334 aa  214  1.9999999999999998e-54  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2022  ribose operon repressor RbsR  34.76 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.662423  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2472  ribose operon repressor RbsR  34.76 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1857  ribose operon repressor RbsR  34.76 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1870  ribose operon repressor RbsR  34.76 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.585666  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4121  transcriptional regulator, LacI family  36.08 
 
 		 343 aa  213  2.9999999999999995e-54  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.944766 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.94 
 
 		 337 aa  213  2.9999999999999995e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1959  LacI family transcription regulator  35.17 
 
 		 340 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.108871  normal  0.0393336 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3343  ribose operon repressor RbsR  34.86 
 
 		 337 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.142594  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18230  transcriptional regulator, LacI family  35.56 
 
 		 386 aa  212  7e-54  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.94 
 
 		 341 aa  211  1e-53  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  36.17 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  36.17 
 
 		 330 aa  211  1e-53  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0413  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 358 aa  211  1e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4896  transcriptional repressor RbsR  35.67 
 
 		 333 aa  211  1e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  decreased coverage  0.000156613  hitchhiker  0.000000782419 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3333  transcriptional regulator, LacI family  35.58 
 
 		 329 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4639  transcriptional regulator, LacI family  36.17 
 
 		 357 aa  211  2e-53  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.496087  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4278  transcriptional repressor RbsR  36.86 
 
 		 332 aa  211  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.134192  normal  0.933942 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0831  LacI family transcription regulator  35.08 
 
 		 326 aa  210  3e-53  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  0.0569804  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0911  transcriptional regulator, LacI family  33.94 
 
 		 332 aa  210  3e-53  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2370  ribose operon repressor  34.76 
 
 		 338 aa  209  4e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.373688  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4098  transcriptional repressor RbsR  36.86 
 
 		 332 aa  209  4e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.396512  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0163  transcriptional regulator, LacI family  37.76 
 
 		 330 aa  209  5e-53  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.0000297035  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01255  putative LacI-family transcriptional regulator  32.34 
 
 		 341 aa  209  5e-53  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4113  transcriptional repressor RbsR  36.86 
 
 		 332 aa  209  5e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.493547  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1525  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.420738  normal  1 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  34.36 
 
 		 332 aa  209  6e-53  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1506  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 343 aa  209  6e-53  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  31.91 
 
 		 335 aa  209  6e-53  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4169  transcriptional repressor RbsR  36.86 
 
 		 332 aa  209  7e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.451515  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.94 
 
 		 341 aa  209  8e-53  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2260  transcriptional regulator, LacI family  33.43 
 
 		 346 aa  208  9e-53  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.167374  normal  0.588495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>