More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_2039 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009636  Smed_2039  regulatory protein LacI  100 
 
 		 345 aa  687    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  0.671678 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5753  regulatory protein LacI  51.64 
 
 		 335 aa  311  1e-83  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0380737  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1949  transcriptional regulator, LacI family  43.24 
 
 		 351 aa  259  6e-68  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.987558  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0036  LacI family transcription regulator  43.15 
 
 		 354 aa  256  4e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1455  regulatory protein, LacI  42.99 
 
 		 356 aa  238  8e-62  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.729958  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0437  LacI family transcription regulator  41.24 
 
 		 351 aa  238  8e-62  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7226  transcriptional regulator, LacI family  41.28 
 
 		 351 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.201609  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2712  LacI family transcription regulator  42.86 
 
 		 342 aa  225  1e-57  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3990  LacI family transcription regulator  38.42 
 
 		 349 aa  213  5.999999999999999e-54  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2792  regulatory protein LacI  38.01 
 
 		 345 aa  186  8e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.527889 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3413  transcriptional regulator, LacI family  37.13 
 
 		 340 aa  184  3e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.603952  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3711  transcriptional regulator, LacI family  36.73 
 
 		 340 aa  183  5.0000000000000004e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.535125  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6779  LacI family transcription regulator  35.59 
 
 		 343 aa  181  1e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.156917 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3285  LacI family transcription regulator  38.99 
 
 		 377 aa  179  8e-44  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00795711 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3413  regulatory protein LacI  36.96 
 
 		 343 aa  175  8e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3911  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 357 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.830145 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3017  transcriptional regulator, LacI family  35.28 
 
 		 350 aa  170  3e-41  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0238556  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3834  transcriptional regulator LacI family  36.55 
 
 		 346 aa  167  2e-40  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0515953  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0549  LacI family transcription regulator  35.76 
 
 		 343 aa  166  4e-40  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.140598  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0614  LacI family transcription regulator  37.54 
 
 		 353 aa  166  8e-40  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0551  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 340 aa  164  2.0000000000000002e-39  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0698  LacI family transcription regulator  34.6 
 
 		 342 aa  161  2e-38  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2736  LacI family transcription regulator  37.74 
 
 		 363 aa  160  4e-38  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.871299  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6011  LacI family transcription regulator  38.51 
 
 		 354 aa  157  3e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.459329  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2072  LacI family transcription regulator  36.62 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.538239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2683  LacI family transcription regulator  36.62 
 
 		 354 aa  155  1e-36  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26190  LacI regulatory protein  32.95 
 
 		 340 aa  153  4e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2712  LacI family transcription regulator  36 
 
 		 354 aa  150  4e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.539864  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50220  LacI regulatory protein  34.83 
 
 		 379 aa  145  7.0000000000000006e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3305  LacI family transcription regulator  33.23 
 
 		 350 aa  143  5e-33  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3591  regulatory protein LacI  36.12 
 
 		 339 aa  142  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.75735  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2322  regulatory protein, LacI  34.39 
 
 		 357 aa  142  8e-33  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3771  transcriptional regulator, LacI family  32.44 
 
 		 341 aa  141  9.999999999999999e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.613992  normal  0.844233 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5639  transcriptional regulator, LacI family  33.88 
 
 		 339 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.17246  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6372  LacI family transcription regulator  32.66 
 
 		 339 aa  140  3.9999999999999997e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.787329  normal  0.731979 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0917  regulatory protein LacI  33.01 
 
 		 330 aa  138  2e-31  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2615  regulatory protein, LacI  32.84 
 
 		 336 aa  137  4e-31  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.546445  normal  1 
 
 
-
 
NC_012858  Rleg_7182  transcriptional regulator, LacI family  31.91 
 
 		 342 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0798243  normal  0.0583699 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2053  LacI family transcription regulator  31.76 
 
 		 345 aa  134  1.9999999999999998e-30  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3354  transcriptional regulator, LacI family  34.31 
 
 		 343 aa  134  1.9999999999999998e-30  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0982128  normal  0.108787 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3966  regulatory protein, LacI  32.44 
 
 		 336 aa  133  5e-30  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6027  transcriptional regulator, LacI family  30.03 
 
 		 342 aa  133  6e-30  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0254846  normal  0.41211 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_5008  regulatory protein LacI  30.43 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0284302 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2405  transcriptional regulator, LacI family  33.22 
 
 		 366 aa  127  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1060  LacI family transcription regulator  30 
 
 		 352 aa  125  9e-28  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.234055  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2767  transcriptional regulator, LacI family  31.85 
 
 		 347 aa  125  1e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.948388  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2766  LacI family transcription regulator  32.04 
 
 		 336 aa  125  1e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5026  transcriptional regulator, LacI family  30.69 
 
 		 348 aa  123  4e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3483  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 342 aa  122  9e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.617656 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3532  LacI family transcription regulator  29.86 
 
 		 339 aa  122  9e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.895947 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4043  transcriptional regulator, LacI family  28.26 
 
 		 373 aa  121  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2492  LacI family transcription regulator  33.02 
 
 		 333 aa  122  9.999999999999999e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.804528  normal  0.861336 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1050  transcriptional regulator, LacI family  31.18 
 
 		 346 aa  120  3.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.190777  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2296  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 333 aa  119  9.999999999999999e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.413122  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1685  regulatory protein, LacI  30.1 
 
 		 334 aa  115  1.0000000000000001e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0347621  normal  0.588931 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7811  transcriptional regulator, LacI family  30.1 
 
 		 342 aa  114  3e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_3746  regulatory protein LacI  30.23 
 
 		 345 aa  105  1e-21  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.503845  normal  0.0129962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4170  LacI family transcription regulator  28.09 
 
 		 368 aa  103  5e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09440  regulatory protein LacI  25.8 
 
 		 364 aa  94.7  2e-18  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00329545  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1852  regulatory protein, LacI  29.45 
 
 		 337 aa  94.4  3e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.206748 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5744  putative ABC transporter, periplasmic solute-binding protein  32.91 
 
 		 323 aa  86.7  6e-16  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0908  LacI family transcription regulator  24.3 
 
 		 357 aa  79.7  0.00000000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0876501  normal  0.0330797 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2264  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.24 
 
 		 345 aa  78.2  0.0000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000000366985  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0833  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.2 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0810  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.2 
 
 		 323 aa  78.2  0.0000000000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.869205  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0444  LacI family transcription regulator  25.61 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.104683 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2902  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  28.02 
 
 		 349 aa  75.9  0.0000000000009  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4879  transcriptional regulator, LacI family  26.28 
 
 		 354 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.77144  normal  0.328602 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3158  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.39 
 
 		 337 aa  74.3  0.000000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1643  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.42 
 
 		 338 aa  72  0.00000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00121645  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.12 
 
 		 317 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000221092 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1537  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.01 
 
 		 343 aa  69.7  0.00000000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2910  transcriptional regulator, LacI family  29.39 
 
 		 333 aa  68.6  0.0000000001  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0171477 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0438  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  25.91 
 
 		 331 aa  68.6  0.0000000002  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.681459  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0157  transcriptional regulator, LacI family  20.71 
 
 		 344 aa  67.8  0.0000000002  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1668  ABC transporter sugar-binding protein  23.72 
 
 		 331 aa  67.8  0.0000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2203  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  29.92 
 
 		 336 aa  66.6  0.0000000005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  0.0000000348221  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09540  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.42 
 
 		 320 aa  66.6  0.0000000006  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0566218  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4318  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.51 
 
 		 322 aa  66.6  0.0000000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0871118  normal  0.0590725 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2906  Monosaccharide-transporting ATPase  25.38 
 
 		 308 aa  66.2  0.0000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  0.0655902 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3307  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.38 
 
 		 337 aa  66.2  0.0000000007  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  27.04 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4898  D-ribose transporter subunit RbsB  29.23 
 
 		 296 aa  64.3  0.000000003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00612951  hitchhiker  0.000000869292 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2446  ABC-type sugar transport system periplasmic component-like protein  30 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000007  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0237495  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_13150  transcriptional regulator, LacI family  25.7 
 
 		 344 aa  62.8  0.000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  29.52 
 
 		 326 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02611  hypothetical protein  26.02 
 
 		 316 aa  62.4  0.00000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0923  monosaccharide-transporting ATPase  26.84 
 
 		 289 aa  62  0.00000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4704  sugar ABC transporter, periplasmic sugar-binding protein  27.45 
 
 		 382 aa  62.4  0.00000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.51682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0149  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.98 
 
 		 322 aa  62.4  0.00000001  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02650  D-ribose-binding periplasmic protein  26.02 
 
 		 357 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1794  monosaccharide-transporting ATPase  26.46 
 
 		 295 aa  61.2  0.00000002  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.37883  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19190  transcriptional regulator, LacI family  25.33 
 
 		 346 aa  61.6  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.329704  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5320  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  23.89 
 
 		 315 aa  62  0.00000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.940655  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3001  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  26.76 
 
 		 343 aa  61.6  0.00000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3102  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  27.49 
 
 		 326 aa  61.2  0.00000002  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.75738  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  25.65 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0413  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  24.74 
 
 		 312 aa  60.8  0.00000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.000000162891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3061  transcriptional regulator, LacI family  29.86 
 
 		 326 aa  60.8  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1438  transcriptional regulator, LacI family  29.59 
 
 		 337 aa  60.8  0.00000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>