More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_0294 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  695    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  70.45 
 
 		 335 aa  500  1e-140  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  46.53 
 
 		 334 aa  302  6.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  45.48 
 
 		 335 aa  301  1e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  46.85 
 
 		 332 aa  295  1e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  42.81 
 
 		 332 aa  273  4.0000000000000004e-72  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  41.37 
 
 		 335 aa  258  8e-68  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  40.24 
 
 		 352 aa  257  2e-67  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  37.88 
 
 		 335 aa  248  1e-64  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.86 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.25 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.93 
 
 		 342 aa  244  1.9999999999999999e-63  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  38.55 
 
 		 335 aa  242  5e-63  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.83 
 
 		 342 aa  237  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.83 
 
 		 342 aa  237  3e-61  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  233  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  38.92 
 
 		 335 aa  231  1e-59  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.83 
 
 		 335 aa  230  3e-59  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  37.83 
 
 		 337 aa  229  4e-59  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  37.27 
 
 		 349 aa  227  3e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.45 
 
 		 330 aa  226  3e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.97 
 
 		 330 aa  225  7e-58  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 343 aa  225  7e-58  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.25 
 
 		 343 aa  225  7e-58  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.05 
 
 		 341 aa  225  7e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.93 
 
 		 347 aa  218  8.999999999999998e-56  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.93 
 
 		 347 aa  215  8e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  33.84 
 
 		 337 aa  214  9.999999999999999e-55  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.08 
 
 		 336 aa  213  3.9999999999999995e-54  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  35.92 
 
 		 348 aa  212  7.999999999999999e-54  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  37.04 
 
 		 356 aa  209  4e-53  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 339 aa  208  1e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  36.67 
 
 		 359 aa  207  2e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 343 aa  204  1e-51  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.04 
 
 		 339 aa  204  1e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  33.53 
 
 		 335 aa  204  2e-51  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.33 
 
 		 356 aa  203  3e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  35.65 
 
 		 334 aa  202  5e-51  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  34.33 
 
 		 338 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  33.73 
 
 		 339 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  36.28 
 
 		 323 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  32.63 
 
 		 335 aa  199  5e-50  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1459  LacI family transcription regulator  34.73 
 
 		 340 aa  199  6e-50  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 		 336 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.53 
 
 		 344 aa  198  1.0000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0559  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 337 aa  197  3e-49  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 342 aa  196  6e-49  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.73 
 
 		 341 aa  196  6e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  32.82 
 
 		 355 aa  195  1e-48  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  33.74 
 
 		 357 aa  194  1e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  34.04 
 
 		 338 aa  193  3e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  32.7 
 
 		 334 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 336 aa  193  4e-48  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  33.55 
 
 		 334 aa  191  1e-47  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.43 
 
 		 342 aa  191  2e-47  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  33.84 
 
 		 326 aa  189  5.999999999999999e-47  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  34.12 
 
 		 342 aa  189  7e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  31.72 
 
 		 332 aa  186  4e-46  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  32.45 
 
 		 337 aa  186  4e-46  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0457  transcriptional regulator, LacI family  33.23 
 
 		 353 aa  186  5e-46  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.532528  normal  0.622739 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  31.72 
 
 		 332 aa  186  6e-46  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  32.05 
 
 		 346 aa  185  1.0000000000000001e-45  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  33.33 
 
 		 336 aa  184  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  33.02 
 
 		 333 aa  184  1.0000000000000001e-45  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0343  transcriptional regulator, LacI family  33.86 
 
 		 327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0578  LacI family transcription regulator  34.24 
 
 		 323 aa  184  3e-45  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  31.36 
 
 		 337 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  33.83 
 
 		 332 aa  182  5.0000000000000004e-45  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3708  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 343 aa  182  6e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.36497  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_09530  transcriptional regulator, LacI family  33.65 
 
 		 340 aa  182  9.000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00123183  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3410  transcriptional regulator, LacI family  34.85 
 
 		 343 aa  182  9.000000000000001e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06943  hypothetical protein  33.55 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.94 
 
 		 338 aa  181  2e-44  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1922  LacI family transcription regulator  33.14 
 
 		 339 aa  181  2e-44  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.704174  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4264  alanine racemase  34.78 
 
 		 343 aa  181  2e-44  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.884026  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0575  ribose operon repressor  33.33 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0574  ribose operon repressor  33.94 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4642  ribose operon repressor  33.64 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.317022  unclonable  5.22733e-26 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0793  ribose operon repressor  33.94 
 
 		 323 aa  180  2.9999999999999997e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00165994  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1556  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  32.24 
 
 		 333 aa  180  2.9999999999999997e-44  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.0687903  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1618  LacI family transcription regulator  32.24 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.010762  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  33.02 
 
 		 333 aa  179  4.999999999999999e-44  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0732  ribose operon repressor  33.94 
 
 		 323 aa  179  7e-44  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3061  transcriptional regulator, LacI family  32.01 
 
 		 326 aa  179  9e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  31.4 
 
 		 336 aa  178  1e-43  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  34.19 
 
 		 334 aa  178  1e-43  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  31.71 
 
 		 326 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  177  2e-43  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1032  DNA-binding transcriptional repressor PurR  31.95 
 
 		 333 aa  177  2e-43  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.872659  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  31.4 
 
 		 325 aa  177  2e-43  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>