More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_0121 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_0121  LacI family transcription regulator  100 
 
 		 335 aa  694    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0425024  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0294  LacI family transcription regulator  70.45 
 
 		 335 aa  500  1e-140  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.28119  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2691  LacI family transcription regulator  43.71 
 
 		 335 aa  305  7e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00429  transcriptional repressor, LacI family protein  45.05 
 
 		 334 aa  302  5.000000000000001e-81  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0768  LacI family transcription regulator  45.81 
 
 		 332 aa  301  9e-81  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0915061  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3272  LacI family transcription regulator  40.54 
 
 		 352 aa  262  6e-69  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00726  DNA-binding transcriptional regulator CytR  39.1 
 
 		 335 aa  255  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2250  DNA-binding transcriptional regulator CytR  38.86 
 
 		 335 aa  253  4.0000000000000004e-66  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0506  LacI family transcription regulator  39.7 
 
 		 332 aa  253  5.000000000000001e-66  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.549777  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001746  transcriptional (co)regulator CytR  39.16 
 
 		 335 aa  247  2e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4613  LacI family transcription regulator  37.98 
 
 		 335 aa  240  2e-62  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.406396 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0415  LacI family transcription regulator  36.78 
 
 		 335 aa  230  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.280412  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_4101  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.65 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0115  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.65 
 
 		 342 aa  230  3e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1072  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  37.58 
 
 		 330 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0985  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.75 
 
 		 339 aa  228  1e-58  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4790  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.44 
 
 		 342 aa  227  2e-58  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000120208 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2742  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.54 
 
 		 335 aa  227  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4470  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03819  DNA-binding transcriptional dual regulator  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5391  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.64 
 
 		 330 aa  223  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.504328  normal  0.696689 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_4051  transcriptional regulator, LacI family  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4166  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.53 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4084  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03768  hypothetical protein  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4416  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.53 
 
 		 343 aa  223  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.506908  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4376  DNA-binding transcriptional regulator CytR  36.53 
 
 		 341 aa  223  3e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.76111 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1637  LacI family transcription regulator  37.39 
 
 		 337 aa  223  4.9999999999999996e-57  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.455476 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4424  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4340  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.302828  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4426  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2952  transcriptional regulator, LacI family  36.04 
 
 		 337 aa  221  9.999999999999999e-57  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4310  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4494  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.44 
 
 		 341 aa  221  9.999999999999999e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0168  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.28 
 
 		 347 aa  218  1e-55  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0182  DNA-binding transcriptional regulator CytR  35.28 
 
 		 347 aa  217  2.9999999999999998e-55  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2904  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  36.53 
 
 		 339 aa  214  9.999999999999999e-55  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0416  LacI family transcription regulator  35.84 
 
 		 349 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.339437  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_4039  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.24 
 
 		 341 aa  212  7.999999999999999e-54  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1856  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.42 
 
 		 342 aa  212  9e-54  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.945809  hitchhiker  0.0011577 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1243  LacI family transcription regulator  36.23 
 
 		 339 aa  210  2e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1050  transcriptional regulator, LacI family  38.32 
 
 		 335 aa  211  2e-53  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.107431  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0161  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  34.95 
 
 		 336 aa  207  2e-52  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3795  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.93 
 
 		 356 aa  207  2e-52  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2680  alanine racemase  35.44 
 
 		 338 aa  207  3e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.769144  normal  0.967228 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04570  transcriptional regulator, LacI family  33.74 
 
 		 335 aa  206  5e-52  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0116  DNA-binding transcriptional regulator CytR  34.53 
 
 		 356 aa  205  1e-51  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1324  LacI family transcription regulator  35.22 
 
 		 336 aa  204  2e-51  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0131249  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2690  transcriptional regulator, LacI family  34.58 
 
 		 355 aa  203  4e-51  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4573  LacI family transcription regulator  35.26 
 
 		 326 aa  201  9.999999999999999e-51  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0936264  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1983  HTH-type transcriptional repressor PurR (purine nucleotide synthesis repressor)  34.38 
 
 		 333 aa  201  1.9999999999999998e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.991617  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2024  LacI family transcription regulator  33.63 
 
 		 348 aa  199  7e-50  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_20880  transcriptional regulator, LacI family  32.83 
 
 		 343 aa  197  2.0000000000000003e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01581  transcriptional regulator  35.35 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003941  transcriptional regulator LacI family protein  35.48 
 
 		 334 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2863  putative catabolite control protein A  32.93 
 
 		 332 aa  196  4.0000000000000005e-49  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.953072  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2548  catabolite control protein A, putative  32.93 
 
 		 332 aa  196  5.000000000000001e-49  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0262  LacI family transcription regulator  33.64 
 
 		 344 aa  195  8.000000000000001e-49  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04200  transcriptional regulator, LacI family  33.14 
 
 		 341 aa  195  8.000000000000001e-49  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0961  transcriptional regulator, LacI family  36.61 
 
 		 359 aa  194  1e-48  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4766  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  35.12 
 
 		 336 aa  194  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.148883  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4116  alanine racemase  35.06 
 
 		 334 aa  192  7e-48  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1708  transcriptional regulator, LacI family  31.72 
 
 		 342 aa  191  1e-47  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  unclonable  0.0000000000920501  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2273  LacI family transcription regulator  34.91 
 
 		 333 aa  192  1e-47  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0311079  hitchhiker  0.000018406 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3676  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 323 aa  190  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.259551 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2245  LacI family transcription regulator  35.35 
 
 		 338 aa  189  8e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.115687  normal  1 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7452  LacI family transcription regulator  32.83 
 
 		 357 aa  188  9e-47  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.390478  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3973  transcriptional repressor RbsR  32.74 
 
 		 338 aa  188  1e-46  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000131921  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4165  transcriptional repressor RbsR  32.33 
 
 		 330 aa  186  4e-46  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0172446  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0520  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.23 
 
 		 338 aa  186  6e-46  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  hitchhiker  0.0000174135 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4199  LacI family transcription regulator  34.12 
 
 		 353 aa  186  6e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4270  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000205239  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4122  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.305602  normal  0.0911869 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5190  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  185  9e-46  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00327915  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22540  transcriptional regulator, LacI family  34.45 
 
 		 332 aa  185  1.0000000000000001e-45  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4241  transcriptional repressor RbsR  32.02 
 
 		 330 aa  184  3e-45  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.327464  hitchhiker  0.00680444 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0409  transcriptional regulator, LacI family  32.94 
 
 		 342 aa  183  3e-45  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.521683  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1063  LacI family transcription regulator  32.01 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.741114 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2197  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  30.33 
 
 		 337 aa  183  4.0000000000000006e-45  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0113721  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1273  transcriptional regulator, LacI family  32.02 
 
 		 326 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03639  DNA-binding transcriptional repressor of ribose metabolism  32.02 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00237415  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03584  hypothetical protein  32.02 
 
 		 330 aa  182  6e-45  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00148852  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4523  transcriptional repressor RbsR  32.9 
 
 		 331 aa  182  7e-45  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220391  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4628  transcriptional regulator, LacI family  35.14 
 
 		 332 aa  182  1e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.656687 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19800  transcriptional regulator, LacI family  33.63 
 
 		 336 aa  182  1e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06141  hypothetical protein  30.75 
 
 		 336 aa  181  1e-44  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0006  ribose operon repressor  33.44 
 
 		 334 aa  181  1e-44  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.038565  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4233  transcriptional repressor RbsR  33.55 
 
 		 328 aa  181  2e-44  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00129115  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2511  LacI family transcriptional regulator  30.75 
 
 		 346 aa  180  2e-44  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.743819  normal  0.949472 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0345  transcriptional regulator for D-ribose, periplasmic binding protein, LacI family protein  32.13 
 
 		 334 aa  181  2e-44  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3061  transcriptional regulator, LacI family  31.42 
 
 		 326 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1870  periplasmic binding protein/LacI transcriptional regulator  33.45 
 
 		 337 aa  179  4.999999999999999e-44  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.796705  normal  0.714887 
 
 
-
 
NC_007103  pE33L466_0304  degradation activator  32.33 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0828  transcriptional regulator, LacI family  35.05 
 
 		 332 aa  179  4.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0226  LacI family transcription regulator  32.25 
 
 		 336 aa  179  4.999999999999999e-44  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04250  transcriptional regulator, LacI family  31.44 
 
 		 337 aa  179  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.335349  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2311  transcriptional regulator, LacI family  28.61 
 
 		 335 aa  178  1e-43  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  unclonable  0.00000000106518  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1715  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.23 
 
 		 341 aa  178  1e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.117715  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1397  LacI family transcription regulator  31.27 
 
 		 340 aa  178  1e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00620296 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2195  DNA-binding transcriptional repressor PurR  33.04 
 
 		 341 aa  177  2e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.578042  hitchhiker  0.00000679153 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>